More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2055 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_2055  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 
108 aa  219  7e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.283238 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2330  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 
108 aa  219  7e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45414 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2016  histone family protein DNA-binding protein  97.22 
 
 
108 aa  213  8e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3967  histone family protein DNA-binding protein  84.26 
 
 
106 aa  182  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225814  normal  0.0228483 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6231  integration host factor, alpha subunit  90.72 
 
 
104 aa  181  3e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.75949  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7074  integration host factor, alpha subunit  90.62 
 
 
105 aa  179  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.15437  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4986  histone family protein DNA-binding protein  81.44 
 
 
105 aa  164  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.777024  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4386  integration host factor subunit alpha  77.14 
 
 
105 aa  161  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1587  integration host factor subunit alpha  70.09 
 
 
110 aa  148  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.526192  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3021  integration host factor subunit alpha  67.59 
 
 
118 aa  149  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312717  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4630  integration host factor subunit alpha  72.82 
 
 
119 aa  147  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00633863  normal  0.0311538 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2677  integration host factor subunit alpha  75.53 
 
 
108 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00137939  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2687  integration host factor subunit alpha  73.68 
 
 
123 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.48286  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2651  integration host factor subunit alpha  75.27 
 
 
123 aa  144  6e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.030982  normal  0.0609514 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1408  integration host factor subunit alpha  71 
 
 
106 aa  143  7.0000000000000006e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.422535  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2924  integration host factor, alpha subunit  75.27 
 
 
105 aa  140  8e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0242436  hitchhiker  0.000500218 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1668  integration host factor, alpha subunit  68.69 
 
 
105 aa  137  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0651  integration host factor, alpha subunit  72.34 
 
 
112 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00749057 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1287  integration host factor subunit alpha  68.69 
 
 
112 aa  137  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.921659  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1198  integration host factor subunit alpha  67.68 
 
 
112 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2518  integration host factor subunit alpha  69.39 
 
 
107 aa  137  6e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0778  integration host factor subunit alpha  69.39 
 
 
107 aa  136  7.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3378  integration host factor, alpha subunit  63.81 
 
 
125 aa  136  8.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.143005 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1631  integration host factor subunit alpha  67.68 
 
 
112 aa  136  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0771  integration host factor subunit alpha  69.39 
 
 
128 aa  136  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.801748  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1147  integration host factor subunit alpha  67.35 
 
 
111 aa  135  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.205645  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0830  integration host factor subunit alpha  65 
 
 
112 aa  134  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120813  normal  0.0891496 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3294  integration host factor, alpha subunit  62.38 
 
 
105 aa  130  5e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.13347 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1269  integration host factor subunit alpha  61 
 
 
100 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.272817 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2611  integration host factor subunit alpha  61 
 
 
100 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1913  integration host factor subunit alpha  61 
 
 
100 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.749601  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1522  integration host factor, alpha subunit  61.86 
 
 
101 aa  128  3e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00263552  normal  0.735039 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1721  integration host factor subunit alpha  58 
 
 
101 aa  124  6e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.20238 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3557  integration host factor subunit alpha  60.64 
 
 
100 aa  122  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1783  integration host factor subunit alpha  59.18 
 
 
100 aa  120  6e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.783563  normal  0.198181 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0913  integration host factor subunit alpha  57.14 
 
 
100 aa  120  6e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0639  integration host factor subunit alpha  61.22 
 
 
103 aa  120  8e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1863  integration host factor subunit alpha  58.16 
 
 
102 aa  119  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00832208  normal  0.529294 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1417  integration host factor, alpha subunit  54.17 
 
 
97 aa  115  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.097817  normal  0.411662 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0268  integration host factor, alpha subunit  56.84 
 
 
104 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2365  integration host factor subunit alpha  54.44 
 
 
98 aa  112  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3032  integration host factor subunit alpha  57.89 
 
 
100 aa  109  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.814183  normal  0.51505 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1739  histone family protein DNA-binding protein  55.24 
 
 
122 aa  106  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269584  decreased coverage  0.000883525 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1969  integration host factor subunit alpha  51.09 
 
 
113 aa  104  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.0019696  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1994  integration host factor subunit alpha  50.55 
 
 
113 aa  102  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.110028  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1909  integration host factor subunit alpha  50.55 
 
 
113 aa  102  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0376  histone family protein DNA-binding protein  52.58 
 
 
171 aa  102  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.611734  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3742  integration host factor, alpha subunit  53.19 
 
 
100 aa  102  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.266099  normal  0.554438 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2622  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 
92 aa  100  6e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.349381  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2224  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 
92 aa  100  8e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000923552 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1996  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 
92 aa  100  8e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1886  integration host factor, alpha subunit  50 
 
 
99 aa  99.4  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.067674 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0092  integration host factor, alpha subunit  50 
 
 
96 aa  97.4  5e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1424  integration host factor, alpha subunit  51.11 
 
 
93 aa  97.4  6e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000184784  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1417  histone-like DNA-binding protein  50 
 
 
91 aa  97.1  7e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000053245  normal  0.466182 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0433  integration host factor subunit alpha  48.89 
 
 
101 aa  97.1  8e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1521  integration host factor, alpha subunit  48.89 
 
 
91 aa  96.7  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.43426  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2302  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 
97 aa  96.3  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1308  integration host factor, alpha subunit  51.61 
 
 
96 aa  96.3  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.110729  normal  0.113899 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2837  integration host factor, alpha subunit  51.61 
 
 
96 aa  96.3  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0796  histone family protein DNA-binding protein  52.63 
 
 
118 aa  95.9  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0942374 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1146  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 
99 aa  95.5  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0580836  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1888  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 
93 aa  95.5  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000630839  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1456  integration host factor, alpha subunit  47.19 
 
 
99 aa  93.6  7e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.405955  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1731  integration host factor subunit alpha  49.44 
 
 
98 aa  93.6  9e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.074622  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0238  histone family protein DNA-binding protein  46.67 
 
 
91 aa  93.6  9e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1805  integration host factor, alpha subunit  46.67 
 
 
102 aa  92.8  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1583  integration host factor subunit alpha  46.67 
 
 
101 aa  92.4  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0846  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 
98 aa  91.7  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000670658  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0180  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 
91 aa  91.7  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75268  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2356  histone family protein DNA-binding protein  46.81 
 
 
94 aa  91.7  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1409  integration host factor subunit alpha  49.44 
 
 
103 aa  90.5  6e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0010312  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1792  integration host factor subunit alpha  45.56 
 
 
99 aa  90.5  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704445  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1472  integration host factor subunit alpha  49.44 
 
 
103 aa  90.5  6e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.213571  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1872  histone family protein DNA-binding protein  47.25 
 
 
94 aa  90.5  7e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000425439  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2066  histone family protein DNA-binding protein  49.46 
 
 
96 aa  90.1  8e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151573  normal  0.0307136 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0762  integration host factor subunit alpha  45.56 
 
 
101 aa  89.7  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.306695  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1997  integration host factor subunit alpha  43.62 
 
 
100 aa  89.7  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000120885  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01681  integration host factor subunit alpha  44.94 
 
 
99 aa  89  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00950044  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1930  integration host factor, alpha subunit  44.94 
 
 
99 aa  89  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000106762  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3475  integration host factor subunit alpha  46.07 
 
 
100 aa  88.6  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981005  hitchhiker  0.00278356 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2471  integration host factor subunit alpha  46.07 
 
 
100 aa  88.6  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2237  integration host factor, alpha subunit  46.15 
 
 
99 aa  89.4  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0376768 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1478  integration host factor subunit alpha  44.94 
 
 
99 aa  89  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2384  integration host factor, alpha subunit  46.07 
 
 
100 aa  89  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0917658  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01670  hypothetical protein  44.94 
 
 
99 aa  89  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00452626  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2168  integration host factor subunit alpha  46.07 
 
 
100 aa  89  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.895191  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2055  integration host factor subunit alpha  44.94 
 
 
100 aa  88.6  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.549761  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2608  integration host factor, alpha subunit  46.15 
 
 
99 aa  89.4  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1954  integration host factor subunit alpha  44.94 
 
 
99 aa  89  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.57207  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1931  integration host factor subunit alpha  44.94 
 
 
99 aa  89  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000683366  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1973  integration host factor subunit alpha  46.07 
 
 
100 aa  88.6  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0364622 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1937  integration host factor subunit alpha  46.07 
 
 
100 aa  89  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0682795  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3219  integration host factor subunit alpha  46.07 
 
 
100 aa  88.6  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1919  integration host factor subunit alpha  44.94 
 
 
99 aa  89  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.445655 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2430  integration host factor subunit alpha  44.94 
 
 
99 aa  89  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.446554  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28720  integration host factor subunit alpha  46.07 
 
 
100 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000206678  hitchhiker  0.00000000749265 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2150  integration host factor subunit alpha  43.82 
 
 
98 aa  88.6  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.872084  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2006  integration host factor subunit alpha  44.94 
 
 
99 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.608113 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1434  integration host factor subunit alpha  44.94 
 
 
99 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0289441 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>