More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1266 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1266  DNA-binding protein HU family  100 
 
 		 93 aa  181  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1084  histone-like DNA-binding protein  95.7 
 
 		 93 aa  174  5e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.66671 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0975  histone family protein DNA-binding protein  91.4 
 
 		 93 aa  169  9e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1013  histone family protein DNA-binding protein  91.4 
 
 		 93 aa  169  9e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0981  histone family protein DNA-binding protein  91.4 
 
 		 93 aa  169  9e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4242  histone family protein DNA-binding protein  89.25 
 
 		 93 aa  166  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0984  histone-like DNA-binding protein  90.32 
 
 		 93 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1168  putative DNA binding protein  81.52 
 
 		 93 aa  145  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12900  putative DNA binding protein  80.43 
 
 		 93 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2651  histone family protein DNA-binding protein  73.91 
 
 		 92 aa  140  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.532078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2029  histone family protein DNA-binding protein  43.62 
 
 		 95 aa  82.8  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3218  DNA-binding protein HU alpha subunit  48.35 
 
 		 91 aa  80.5  0.000000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.585838 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2795  histone family protein DNA-binding protein  46.67 
 
 		 95 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0055  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 95 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0808808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1388  DNA-binding protein HU, form N  45.56 
 
 		 95 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.082303  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2724  histone-like DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.032856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1912  histone family protein DNA-binding protein  45.98 
 
 		 88 aa  77.4  0.00000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  45.56 
 
 		 90 aa  77.8  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3288  DNA-binding protein HU  47.78 
 
 		 96 aa  77.4  0.00000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.36981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  46.67 
 
 		 90 aa  77  0.00000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0009  histone-like DNA-binding protein  43.82 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.101373 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2801  histone-like DNA-binding protein  43.33 
 
 		 97 aa  77  0.00000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1806  histone family protein DNA-binding protein  50.68 
 
 		 92 aa  77  0.00000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.109803 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0822  DNA-binding protein HU-beta  47.78 
 
 		 98 aa  76.6  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.172487  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1873  HU family DNA-binding protein  45.56 
 
 		 91 aa  75.9  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.972501  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2063  HU family DNA-binding protein  45.56 
 
 		 91 aa  75.5  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.832344  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1317  histone family protein DNA-binding protein  45.88 
 
 		 91 aa  75.5  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3781  HU family DNA-binding protein  44.44 
 
 		 90 aa  75.1  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.0095051  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2337  histone-like DNA-binding protein  45.56 
 
 		 90 aa  75.1  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000498066  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  75.1  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0440  histone family protein DNA-binding protein  40.66 
 
 		 91 aa  74.7  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0658  histone-like DNA-binding protein  44.44 
 
 		 90 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3532  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1538  DNA-binding protein HU  47.78 
 
 		 91 aa  74.3  0.0000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000676058  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1251  histone family protein DNA-binding protein  43.21 
 
 		 91 aa  74.3  0.0000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0902596  normal  0.20081 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2903  histone family protein DNA-binding protein  43.21 
 
 		 91 aa  74.3  0.0000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00933352  normal  0.626047 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0860  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  73.9  0.0000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0124999  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3731  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 		 90 aa  73.9  0.0000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1014  histone family protein DNA-binding protein  46.67 
 
 		 90 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2292  nucleoid protein Hbs  46.67 
 
 		 90 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.315371 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0430  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.719598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3943  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.37618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1909  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 90 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.715849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4159  histone family protein DNA-binding protein  38.46 
 
 		 91 aa  73.2  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1187  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 90 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2621  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 90 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348082  normal  0.0833374 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0507  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0267079  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3761  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.768478 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3325  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3817  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.531766  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1633  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 90 aa  72.4  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3065  nucleoid protein Hbs  45.56 
 
 		 90 aa  72  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.135138  normal  0.394857 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0548  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  72  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  72.4  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0548  HU family DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2799  histone family protein DNA-binding protein  45.05 
 
 		 91 aa  72  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2697  histone family protein DNA-binding protein  43.48 
 
 		 105 aa  72  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.651283 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1666  histone family protein DNA-binding protein  44.44 
 
 		 90 aa  71.6  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0188  histone family protein DNA-binding protein  43.82 
 
 		 94 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0125  histone-like DNA-binding protein  40.43 
 
 		 95 aa  72  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2219  histone family protein DNA-binding protein  46.58 
 
 		 92 aa  71.6  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.789532  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0576  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  72  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2320  histone family protein DNA-binding protein  43.68 
 
 		 91 aa  72  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313993 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0170  histone family protein DNA-binding protein  43.82 
 
 		 94 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000201093 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2673  histone family protein DNA-binding protein  42.7 
 
 		 91 aa  72  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.156087  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00213  DNA-binding protein  46.67 
 
 		 101 aa  71.2  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4353  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0600  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 		 90 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0547  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1035  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.00000557803  hitchhiker  0.00000000462139 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0914  DNA-binding protein HU  42.22 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.196839  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1250  histone family protein DNA-binding protein  38.89 
 
 		 91 aa  71.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0133  histone family protein DNA-binding protein  42.86 
 
 		 91 aa  70.9  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116647  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3132  DNA-binding protein HU  42.7 
 
 		 94 aa  70.9  0.000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246817  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0600  histone family protein DNA-binding protein  44.44 
 
 		 90 aa  70.9  0.000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0791658  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0355  histone-like DNA-binding protein  42.7 
 
 		 94 aa  70.9  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00204011  normal  0.390975 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1098  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 101 aa  70.9  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00970005  hitchhiker  0.00000236625 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3482  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2752  histone-like DNA-binding protein  43.33 
 
 		 91 aa  70.5  0.000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1341  histone family protein DNA-binding protein  38.89 
 
 		 91 aa  70.5  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4704  histone-like DNA-binding protein  42.86 
 
 		 93 aa  70.5  0.000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1870  histone family protein DNA-binding protein  39.33 
 
 		 91 aa  70.5  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0130937 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2207  histone family protein DNA-binding protein  43.96 
 
 		 91 aa  70.5  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.976216  normal  0.483194 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2846  DNA-binding protein HU-alpha  45.56 
 
 		 90 aa  70.5  0.000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00368421  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0907  transcriptional regulator HU subunit beta  45.56 
 
 		 90 aa  70.5  0.000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0908162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002182  DNA-binding protein HU-alpha  46.67 
 
 		 90 aa  70.1  0.000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.131368  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5182  histone family protein DNA-binding protein  59.62 
 
 		 92 aa  69.7  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.022675  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1714  DNA-binding protein HU-beta  42.22 
 
 		 90 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.606946  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  43.82 
 
 		 90 aa  69.7  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1789  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  70.1  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.970942  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  38.89 
 
 		 94 aa  70.1  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2463  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  69.7  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0228112  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4407  histone family protein DNA-binding protein  42.7 
 
 		 94 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000192025  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  44.44 
 
 		 90 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0493  transcriptional regulator HU subunit beta  44.44 
 
 		 90 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  44.44 
 
 		 90 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1608  histone-like DNA-binding protein  42.7 
 
 		 96 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.49082e-20  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  69.3  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  44.44 
 
 		 90 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>