More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1317 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1317  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 91 aa  180  6e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0201  histone family protein DNA-binding protein  71.43 
 
 		 91 aa  129  2.0000000000000002e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000429798  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0362  histone-like DNA-binding protein  72.22 
 
 		 91 aa  126  1.0000000000000001e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  67.42 
 
 		 94 aa  125  2.0000000000000002e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0238  histone family protein DNA-binding protein  68.54 
 
 		 91 aa  125  3e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1957  histone-like DNA-binding protein  68.89 
 
 		 91 aa  124  5e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000024611  normal  0.388646 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2673  histone family protein DNA-binding protein  72.09 
 
 		 91 aa  124  6e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.156087  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0324  histone family protein DNA-binding protein  62.92 
 
 		 90 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064189  normal  0.0110025 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  55.81 
 
 		 90 aa  95.9  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0687  histone family protein DNA-binding protein  56.98 
 
 		 91 aa  95.1  3e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.105584  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3781  HU family DNA-binding protein  56.98 
 
 		 90 aa  94.7  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.0095051  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  55.81 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0500  transcriptional regulator HU subunit beta  58.14 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.332585  normal  0.0268714 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0554  transcriptional regulator HU subunit beta  58.14 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00736621  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  55.81 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  55.81 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0510  transcriptional regulator HU subunit beta  58.14 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0507646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  55.81 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0493  transcriptional regulator HU subunit beta  58.14 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  55.81 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  55.81 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  55.81 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  55.81 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0491  transcriptional regulator HU subunit beta  58.14 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0126716  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  56.98 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  56.98 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  56.98 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  56.98 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  56.98 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  56.98 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1956  nucleoid protein Hbs  55.81 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.582961  normal  0.45981 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  56.98 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004041  DNA-binding protein HU-beta  56.98 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  56.98 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  56.98 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2658  histone family protein DNA-binding protein  54.65 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000180426  normal  0.730265 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2505  histone family protein DNA-binding protein  54.65 
 
 		 90 aa  92  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791734  normal  0.581146 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2058  histone-like DNA-binding protein  54.65 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.954956  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2107  histone family protein DNA-binding protein  54.12 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000844989  hitchhiker  0.00906741 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1686  DNA-binding protein HU-beta, NS1(HU-1)  52.33 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.460310000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1509  DNA-binding protein HU-beta  56.98 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000490467  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1873  HU family DNA-binding protein  55.81 
 
 		 91 aa  90.9  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.972501  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01420  nucleoid DNA-binding protein  55.81 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0658  histone-like DNA-binding protein  52.33 
 
 		 90 aa  90.5  7e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0907  transcriptional regulator HU subunit beta  54.65 
 
 		 90 aa  90.5  8e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0908162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  54.65 
 
 		 90 aa  90.5  8e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1544  histone family protein DNA-binding protein  54.65 
 
 		 90 aa  90.1  8e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000007734  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0133  histone family protein DNA-binding protein  53.49 
 
 		 91 aa  89.4  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116647  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1633  histone family protein DNA-binding protein  54.65 
 
 		 90 aa  89.7  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3065  nucleoid protein Hbs  54.65 
 
 		 90 aa  89.4  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.135138  normal  0.394857 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3229  histone family protein DNA-binding protein  53.49 
 
 		 91 aa  90.1  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4407  histone family protein DNA-binding protein  53.49 
 
 		 94 aa  89.4  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000192025  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  53.49 
 
 		 90 aa  89.7  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2593  histone family protein DNA-binding protein  53.49 
 
 		 91 aa  89.7  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173721  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3532  histone family protein DNA-binding protein  51.16 
 
 		 90 aa  89.4  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1926  histone family protein DNA-binding protein  51.16 
 
 		 92 aa  89.7  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000201993  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0470  histone family protein DNA-binding protein  53.49 
 
 		 94 aa  90.1  1e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1227  HU family DNA-binding protein  52.33 
 
 		 90 aa  89.4  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000165625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  54.65 
 
 		 90 aa  89.4  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  55.81 
 
 		 90 aa  89.4  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0822  DNA-binding protein HU-beta  54.65 
 
 		 98 aa  89  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.172487  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3132  DNA-binding protein HU  53.49 
 
 		 94 aa  88.6  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246817  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1098  histone family protein DNA-binding protein  54.65 
 
 		 101 aa  88.6  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00970005  hitchhiker  0.00000236625 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0600  histone family protein DNA-binding protein  58.14 
 
 		 90 aa  88.2  3e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0791658  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0355  histone-like DNA-binding protein  51.65 
 
 		 94 aa  88.6  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00204011  normal  0.390975 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2492  histone-like DNA-binding protein  52.33 
 
 		 90 aa  88.6  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00401844  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2678  histone family protein DNA-binding protein  53.49 
 
 		 90 aa  88.6  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3231  transcriptional regulator HU subunit beta  53.49 
 
 		 90 aa  87.8  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0532  histone-like protein  52.33 
 
 		 94 aa  88.2  4e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3089  transcriptional regulator HU subunit beta  53.49 
 
 		 90 aa  87.8  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.42002e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3051  transcriptional regulator HU subunit beta  53.49 
 
 		 90 aa  87.8  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0600  histone family protein DNA-binding protein  51.16 
 
 		 90 aa  87.8  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2802  DNA-binding protein HU  51.65 
 
 		 91 aa  87.8  4e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000141643  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2488  DNA-binding protein HU  51.65 
 
 		 91 aa  87.8  4e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.0000000000405619  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  54.65 
 
 		 90 aa  88.2  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1090  histone family protein DNA-binding protein  51.16 
 
 		 90 aa  87.8  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0500  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 		 90 aa  87.4  5e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000759527 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1181  histone family protein DNA-binding protein  45.05 
 
 		 92 aa  87.8  5e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.42545  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1789  histone family protein DNA-binding protein  52.33 
 
 		 90 aa  87.4  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.970942  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1364  histone family protein DNA-binding protein  53.49 
 
 		 90 aa  87.4  6e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1641  DNA-binding protein HU  54.65 
 
 		 94 aa  87.4  6e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.02248e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0430  histone family protein DNA-binding protein  51.16 
 
 		 90 aa  87.4  6e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.719598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1666  histone family protein DNA-binding protein  53.49 
 
 		 90 aa  87.4  6e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1900  histone family protein DNA-binding protein  48.84 
 
 		 90 aa  87.4  6e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0802524 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0508  DNA-binding protein HU  54.65 
 
 		 94 aa  87.4  6e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000377509  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2752  histone-like DNA-binding protein  51.72 
 
 		 91 aa  87.4  7e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1187  histone family protein DNA-binding protein  53.49 
 
 		 90 aa  86.7  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2621  histone family protein DNA-binding protein  53.49 
 
 		 90 aa  86.7  9e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348082  normal  0.0833374 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1014  histone family protein DNA-binding protein  54.65 
 
 		 90 aa  86.7  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2292  nucleoid protein Hbs  54.65 
 
 		 90 aa  86.7  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.315371 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4353  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  86.7  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_28  DNA-binding protein HU-alpha  54.65 
 
 		 91 aa  86.3  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3943  histone family protein DNA-binding protein  48.84 
 
 		 90 aa  86.7  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.37618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  86.7  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3731  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  86.7  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0507  histone family protein DNA-binding protein  48.84 
 
 		 90 aa  86.7  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0267079  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1866  histone family protein DNA-binding protein  51.16 
 
 		 90 aa  86.7  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0187787  hitchhiker  0.00274705 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2697  histone family protein DNA-binding protein  53.49 
 
 		 105 aa  86.3  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.651283 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1251  histone family protein DNA-binding protein  53.09 
 
 		 91 aa  86.3  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0902596  normal  0.20081 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2903  histone family protein DNA-binding protein  53.09 
 
 		 91 aa  86.3  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00933352  normal  0.626047 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>