More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2752 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_2752  histone-like DNA-binding protein  100 
 
 
91 aa  179  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2207  histone family protein DNA-binding protein  81.32 
 
 
91 aa  150  8e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.976216  normal  0.483194 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2799  histone family protein DNA-binding protein  81.32 
 
 
91 aa  149  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0087  histone family protein DNA-binding protein  76.92 
 
 
91 aa  142  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2107  histone family protein DNA-binding protein  59.34 
 
 
90 aa  110  8.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000844989  hitchhiker  0.00906741 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1957  histone-like DNA-binding protein  61.11 
 
 
91 aa  108  2.0000000000000002e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000024611  normal  0.388646 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  62.64 
 
 
90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  61.54 
 
 
90 aa  107  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000552537  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0500  histone family protein DNA-binding protein  60.44 
 
 
90 aa  107  5e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000759527 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  61.11 
 
 
90 aa  107  6e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1686  DNA-binding protein HU-beta, NS1(HU-1)  62.22 
 
 
90 aa  106  9.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.460310000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0201  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 
91 aa  106  1e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000429798  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 
94 aa  106  1e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2463  histone family protein DNA-binding protein  60.44 
 
 
90 aa  105  3e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0228112  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0324  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 
90 aa  103  6e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064189  normal  0.0110025 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1364  histone family protein DNA-binding protein  59.34 
 
 
90 aa  103  8e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2424  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 
91 aa  103  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394497  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0362  histone-like DNA-binding protein  58.89 
 
 
91 aa  102  1e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1900  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 
90 aa  102  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0802524 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0238  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 
91 aa  103  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1090  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 
90 aa  102  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1653  histone-like DNA-binding protein  56.82 
 
 
90 aa  102  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000047794  unclonable  0.0000440637 
 
 
 
NC_011662  Tmz1t_2014  histone family protein DNA-binding protein  61.11 
 
 
90 aa  102  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000105311  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1870  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 
91 aa  101  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0130937 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0550  DNA-binding protein HU-beta  61.54 
 
 
92 aa  101  4e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.169626  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1430  histone family protein DNA-binding protein  56.04 
 
 
90 aa  100  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000153062  normal  0.144736 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1474  putative DNA-binding protein HU-beta  55.68 
 
 
90 aa  100  6e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000997119  hitchhiker  0.0000985943 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0493  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 
90 aa  100  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0500  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 
90 aa  100  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.332585  normal  0.0268714 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0491  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 
90 aa  100  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0126716  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0554  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 
90 aa  100  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00736621  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0510  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 
90 aa  100  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0507646  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  60 
 
 
90 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03877  HU, DNA-binding transcriptional regulator, alpha subunit  57.14 
 
 
90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.380115  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 
90 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3994  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 
90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5469  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.14 
 
 
90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.129609  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4543  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.14 
 
 
90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.440082  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 
90 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4577  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.14 
 
 
90 aa  99.4  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.511964 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 
90 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 
90 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  60 
 
 
90 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4025  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.14 
 
 
90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0158227 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 
90 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 
90 aa  99.4  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4234  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.14 
 
 
90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4491  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.14 
 
 
90 aa  99.8  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0852675  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2673  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 
91 aa  99.4  1e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.156087  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 
90 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4503  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.14 
 
 
90 aa  99.4  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0164141 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4448  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.14 
 
 
90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.302586  hitchhiker  0.00101008 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4501  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.14 
 
 
90 aa  99.4  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.358882  normal  0.0495174 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2873  transcriptional regulator HU subunit beta  57.78 
 
 
90 aa  99.8  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03830  hypothetical protein  57.14 
 
 
90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.485291  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4381  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.14 
 
 
90 aa  99.4  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.842423 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3065  transcriptional regulator HU subunit beta  57.78 
 
 
90 aa  100  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4414  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.14 
 
 
90 aa  99.4  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.18011  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0907  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 
90 aa  99  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0908162  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3710  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.14 
 
 
90 aa  99  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273113  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1626  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 
90 aa  99  2e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000133039  hitchhiker  0.00000000638901 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0470  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 
94 aa  99  2e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3864  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.14 
 
 
90 aa  99.4  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78216  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0765  nucleoid protein Hbs  56.67 
 
 
91 aa  99  2e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000296782  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1181  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 
92 aa  99  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.42545  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 
90 aa  98.2  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1035  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 
90 aa  98.2  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.00000557803  hitchhiker  0.00000000462139 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0914  DNA-binding protein HU  56.67 
 
 
90 aa  98.2  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.196839  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1637  DNA-binding protein HU  57.14 
 
 
90 aa  97.8  4e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00420342  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1420  DNA-binding protein HU  57.14 
 
 
90 aa  97.8  4e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.190218  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1434  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 
90 aa  97.8  4e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.087278  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1392  DNA-binding protein HU  57.14 
 
 
90 aa  97.8  4e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.011833  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1392  DNA-binding protein HU  57.14 
 
 
90 aa  97.8  4e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000512711  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1531  DNA-binding protein HU  57.14 
 
 
90 aa  97.8  4e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.259543  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0213  transcriptional regulator HU subunit alpha  56.04 
 
 
90 aa  98.2  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00855152  normal  0.0112419 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3779  DNA-binding protein HU  57.14 
 
 
90 aa  97.8  4e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000354145  normal  0.961445 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0687  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 
91 aa  98.2  4e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.105584  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1673  DNA-binding protein HU  57.14 
 
 
90 aa  97.8  4e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000325838  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1566  DNA-binding protein HU  57.14 
 
 
90 aa  97.8  4e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1604  DNA-binding protein HU  57.14 
 
 
90 aa  97.8  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000159132 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1233  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 
90 aa  97.8  4e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0133564  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0355  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 
94 aa  97.4  5e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00204011  normal  0.390975 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4407  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 
94 aa  97.4  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000192025  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3132  DNA-binding protein HU  56.67 
 
 
94 aa  97.4  6e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246817  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  56.67 
 
 
90 aa  97.4  6e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2058  histone-like DNA-binding protein  54.95 
 
 
90 aa  97.4  6e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.954956  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3261  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 
90 aa  97.4  6e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1051  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 
90 aa  97.4  6e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.593082  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0894  nucleoid DNA-binding protein  56.67 
 
 
91 aa  97.4  6e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  8.08972e-16  hitchhiker  0.000000000000265027 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 
90 aa  97.1  7e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0004  DNA-binding protein HU-alpha  56.67 
 
 
126 aa  97.1  8e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3231  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 
90 aa  96.7  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3051  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 
90 aa  96.7  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488463  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3089  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 
90 aa  96.7  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.42002e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 
90 aa  96.3  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2913  DNA-binding protein HU, form B  56.67 
 
 
92 aa  96.3  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.5361  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1629  DNA-binding protein HU, form B  56.67 
 
 
92 aa  96.3  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0004  DNA-binding protein HU-alpha  56.67 
 
 
92 aa  96.3  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0004  DNA-binding protein HU-alpha  56.67 
 
 
92 aa  96.3  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  60.44 
 
 
90 aa  95.9  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>