More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_p0009 on replicon NC_009475
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009475  BBta_p0009  histone-like DNA-binding protein  100 
 
 		 130 aa  262  8.999999999999999e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.101373 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9178  HNS-type DNA binding protein  76.09 
 
 		 92 aa  144  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.654708  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8027  HNS-type DNA binding protein  72.83 
 
 		 92 aa  140  8e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7042  HNS-type DNA binding protein  75.82 
 
 		 92 aa  136  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.815664  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8123  HNS-type DNA binding protein  73.63 
 
 		 92 aa  134  5e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.029087  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4761  histone family protein DNA-binding protein  68.13 
 
 		 92 aa  133  8e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00588654  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4234  histone-like DNA-binding protein  77.17 
 
 		 92 aa  126  8.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.482395  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6198  histone family protein DNA-binding protein  65.93 
 
 		 92 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0309609  normal  0.013935 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5718  histone family protein DNA-binding protein  67.03 
 
 		 92 aa  124  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0779514  normal  0.621503 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5182  histone family protein DNA-binding protein  60.87 
 
 		 92 aa  113  8.999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.022675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2320  histone family protein DNA-binding protein  64.13 
 
 		 91 aa  113  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313993 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1806  histone family protein DNA-binding protein  57.61 
 
 		 92 aa  112  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.109803 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2219  histone family protein DNA-binding protein  58.7 
 
 		 92 aa  111  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.789532  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2632  histone-like DNA-binding protein  68.97 
 
 		 91 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1217  histone-like DNA-binding protein  70.11 
 
 		 91 aa  106  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.778852  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5141  histone family protein DNA-binding protein  60.44 
 
 		 92 aa  93.6  9e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.467193 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1251  histone family protein DNA-binding protein  43.68 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0902596  normal  0.20081 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2903  histone family protein DNA-binding protein  43.68 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00933352  normal  0.626047 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0975  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 93 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1013  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 93 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0981  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 93 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4159  histone family protein DNA-binding protein  45.88 
 
 		 91 aa  80.1  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4242  histone family protein DNA-binding protein  48.84 
 
 		 93 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1010  nucleoid protein Hbs  45.56 
 
 		 91 aa  78.2  0.00000000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.301873  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1266  DNA-binding protein HU family  43.82 
 
 		 93 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3781  HU family DNA-binding protein  47.13 
 
 		 90 aa  77  0.00000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.0095051  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl201  histone-like DNA-binding protein  46.15 
 
 		 90 aa  77  0.00000000000007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.25153  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1290  nucleoid protein Hbs  44.44 
 
 		 91 aa  77  0.00000000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00000854913  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0576  histone family protein DNA-binding protein  44.83 
 
 		 90 aa  77  0.00000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1035  histone family protein DNA-binding protein  45.98 
 
 		 90 aa  76.6  0.00000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.00000557803  hitchhiker  0.00000000462139 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  47.13 
 
 		 90 aa  77  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0914  DNA-binding protein HU  45.98 
 
 		 90 aa  76.6  0.00000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.196839  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1870  histone family protein DNA-binding protein  47.06 
 
 		 91 aa  76.6  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0130937 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  45.98 
 
 		 90 aa  76.3  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1090  histone family protein DNA-binding protein  45.05 
 
 		 90 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1969  integration host factor subunit alpha  41.49 
 
 		 113 aa  76.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.0019696  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12900  putative DNA binding protein  42.22 
 
 		 93 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1090  integration host factor subunit alpha  39.6 
 
 		 134 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2207  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 91 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.976216  normal  0.483194 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1897  integration host factor subunit alpha  39.6 
 
 		 134 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1718  integration host factor subunit alpha  39.6 
 
 		 134 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1168  putative DNA binding protein  42.22 
 
 		 93 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2589  integration host factor subunit alpha  39.6 
 
 		 134 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0969  integration host factor subunit alpha  39.6 
 
 		 134 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  43.02 
 
 		 94 aa  75.5  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0894  nucleoid DNA-binding protein  42.22 
 
 		 91 aa  75.9  0.0000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  8.08972e-16  hitchhiker  0.000000000000265027 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1533  integration host factor subunit alpha  39.6 
 
 		 134 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.612274  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0197  integration host factor subunit alpha  39.6 
 
 		 134 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.878199  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1741  integration host factor subunit alpha  39.6 
 
 		 134 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.394996  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1714  DNA-binding protein HU-beta  43.02 
 
 		 90 aa  75.1  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.606946  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0500  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 90 aa  74.7  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000759527 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2651  histone family protein DNA-binding protein  40.45 
 
 		 92 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.532078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  43.68 
 
 		 90 aa  74.7  0.0000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  44.83 
 
 		 90 aa  74.3  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1773  integration host factor subunit alpha  40.21 
 
 		 136 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.322922  normal  0.330159 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1084  histone-like DNA-binding protein  42.7 
 
 		 93 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.66671 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0362  histone-like DNA-binding protein  43.68 
 
 		 91 aa  74.3  0.0000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1994  integration host factor subunit alpha  41.3 
 
 		 113 aa  73.9  0.0000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.110028  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2203  histone family protein DNA-binding protein  45.45 
 
 		 91 aa  73.9  0.0000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0471577  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1909  integration host factor subunit alpha  41.3 
 
 		 113 aa  73.9  0.0000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1118  HU family DNA-binding protein  45.35 
 
 		 91 aa  73.6  0.0000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000128568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1377  integration host factor subunit alpha  41.49 
 
 		 136 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.377563  normal  0.528891 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1552  integration host factor, alpha subunit  41.49 
 
 		 117 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.54168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2750  integration host factor subunit alpha  41.49 
 
 		 136 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2063  HU family DNA-binding protein  43.18 
 
 		 91 aa  73.2  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.832344  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1175  histone-like DNA-binding protein  41.11 
 
 		 91 aa  72.8  0.000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000000211181  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3742  integration host factor, alpha subunit  40.86 
 
 		 100 aa  72.8  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.266099  normal  0.554438 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1584  histone family protein DNA-binding protein  43.02 
 
 		 91 aa  72.8  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.532726  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1405  integration host factor subunit alpha  40.43 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1365  integration host factor subunit alpha  40.43 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1481  integration host factor subunit alpha  40.43 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1873  HU family DNA-binding protein  42.53 
 
 		 91 aa  72.8  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.972501  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0835  integration host factor, alpha subunit  39.08 
 
 		 107 aa  72.4  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1458  integration host factor subunit alpha  40.43 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.763233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4621  integration host factor subunit alpha  40.43 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.15527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1064  DNA-binding protein HU  44.32 
 
 		 91 aa  72  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.203306  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0999  integration host factor subunit alpha  40.43 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1533  histone family protein DNA-binding protein  40.7 
 
 		 90 aa  72.4  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.753498  normal  0.353479 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1004  integration host factor, alpha subunit  39.08 
 
 		 107 aa  72  0.000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  44.83 
 
 		 90 aa  72  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2302  histone family protein DNA-binding protein  40.66 
 
 		 97 aa  71.6  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0087  histone family protein DNA-binding protein  44.44 
 
 		 91 aa  71.2  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1105  DNA-binding protein HU  44.32 
 
 		 91 aa  71.2  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.965912  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2379  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.18589  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2467  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.327101  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1872  histone family protein DNA-binding protein  41.3 
 
 		 94 aa  71.6  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000425439  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0575  DNA-binding protein HU 1  42.05 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000004  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0129135  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  44.83 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1488  histone-like DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15201  histone-like DNA-binding protein  41.38 
 
 		 91 aa  71.6  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.581406  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15071  histone-like DNA-binding protein  41.38 
 
 		 91 aa  71.6  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  46.51 
 
 		 90 aa  70.9  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2608  integration host factor, alpha subunit  39.56 
 
 		 99 aa  70.9  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2237  integration host factor, alpha subunit  39.56 
 
 		 99 aa  70.9  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0376768 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0085  nucleoid protein Hbs  43.75 
 
 		 91 aa  71.2  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0539634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3229  histone family protein DNA-binding protein  43.68 
 
 		 91 aa  70.9  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1530  histone family protein DNA-binding protein  43.75 
 
 		 90 aa  70.5  0.000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.277737  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0920  histone family protein DNA-binding protein  45.68 
 
 		 87 aa  70.9  0.000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.417728  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1957  histone-like DNA-binding protein  41.38 
 
 		 91 aa  70.9  0.000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000024611  normal  0.388646 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1560  histone family protein DNA-binding protein  43.75 
 
 		 90 aa  70.5  0.000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.768925  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>