More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2651 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2651  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 92 aa  178  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.532078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1168  putative DNA binding protein  82.61 
 
 		 93 aa  155  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12900  putative DNA binding protein  82.61 
 
 		 93 aa  154  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0984  histone-like DNA-binding protein  76.09 
 
 		 93 aa  141  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1266  DNA-binding protein HU family  73.91 
 
 		 93 aa  140  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4242  histone family protein DNA-binding protein  73.91 
 
 		 93 aa  140  6e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0975  histone family protein DNA-binding protein  73.91 
 
 		 93 aa  139  9e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1013  histone family protein DNA-binding protein  73.91 
 
 		 93 aa  139  9e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0981  histone family protein DNA-binding protein  73.91 
 
 		 93 aa  139  9e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1084  histone-like DNA-binding protein  71.74 
 
 		 93 aa  137  7e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.66671 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3288  DNA-binding protein HU  48.89 
 
 		 96 aa  80.9  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.36981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2724  histone-like DNA-binding protein  57.35 
 
 		 90 aa  79.3  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.032856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2029  histone family protein DNA-binding protein  43.01 
 
 		 95 aa  79  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0822  DNA-binding protein HU-beta  46.67 
 
 		 98 aa  79.3  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.172487  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1806  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 92 aa  78.2  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.109803 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  45.56 
 
 		 90 aa  78.2  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  77.8  0.00000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4335  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 95 aa  76.6  0.00000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4203  histone-like DNA-binding protein  42.22 
 
 		 95 aa  76.6  0.00000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4358  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 95 aa  76.6  0.00000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.847271  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3132  DNA-binding protein HU  47.19 
 
 		 94 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246817  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0355  histone-like DNA-binding protein  47.19 
 
 		 94 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00204011  normal  0.390975 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1251  histone family protein DNA-binding protein  46.91 
 
 		 91 aa  76.6  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0902596  normal  0.20081 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2903  histone family protein DNA-binding protein  46.91 
 
 		 91 aa  76.6  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00933352  normal  0.626047 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0860  histone family protein DNA-binding protein  44.44 
 
 		 90 aa  75.9  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0124999  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  75.9  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2801  histone-like DNA-binding protein  45.56 
 
 		 97 aa  76.3  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1873  HU family DNA-binding protein  44.44 
 
 		 91 aa  75.1  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.972501  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  75.1  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2219  histone family protein DNA-binding protein  50.67 
 
 		 92 aa  75.1  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.789532  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0082  histone-like DNA-binding protein  42.7 
 
 		 98 aa  75.1  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3218  DNA-binding protein HU alpha subunit  44.44 
 
 		 91 aa  75.5  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.585838 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2063  HU family DNA-binding protein  43.33 
 
 		 91 aa  74.7  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.832344  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1909  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 90 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.715849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0009  histone-like DNA-binding protein  40.45 
 
 		 130 aa  74.7  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.101373 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1900  histone family protein DNA-binding protein  46.07 
 
 		 90 aa  74.7  0.0000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0802524 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1098  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 101 aa  74.3  0.0000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00970005  hitchhiker  0.00000236625 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3532  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 		 90 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0600  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 90 aa  74.3  0.0000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0791658  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2292  nucleoid protein Hbs  45.56 
 
 		 90 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.315371 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1014  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 90 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2053  nucleoid protein HU beta subunit  45.56 
 
 		 90 aa  73.6  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000457213  normal  0.0670315 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3493  DNA-binding protein HU  45.56 
 
 		 90 aa  73.9  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.175993  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41210  DNA-binding protein HU  45.56 
 
 		 90 aa  73.9  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0758892  normal  0.416187 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2947  prophage MuMc02, DNA-binding protein HU  43.82 
 
 		 95 aa  73.2  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.437492  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0907  transcriptional regulator HU subunit beta  45.56 
 
 		 90 aa  72.8  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0908162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1468  DNA-binding protein HU beta subunit  44.44 
 
 		 91 aa  72.8  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0188  histone family protein DNA-binding protein  43.82 
 
 		 94 aa  73.6  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1608  histone-like DNA-binding protein  44.94 
 
 		 96 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.49082e-20  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0170  histone family protein DNA-binding protein  43.82 
 
 		 94 aa  73.6  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000201093 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0016  nucleoid protein HU beta subunit  44.44 
 
 		 90 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  73.2  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1538  DNA-binding protein HU  45.56 
 
 		 91 aa  73.2  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000676058  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  44.44 
 
 		 90 aa  73.6  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4407  histone family protein DNA-binding protein  44.94 
 
 		 94 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000192025  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2303  histone family protein DNA-binding protein  44.44 
 
 		 90 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0561689  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4159  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 91 aa  72.4  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1250  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 91 aa  72.4  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0055  histone family protein DNA-binding protein  44.44 
 
 		 95 aa  72  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0808808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3466  histone family protein DNA-binding protein  44.44 
 
 		 90 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360259  hitchhiker  0.000212777 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1388  DNA-binding protein HU, form N  44.44 
 
 		 95 aa  72  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.082303  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2320  histone family protein DNA-binding protein  46.67 
 
 		 91 aa  72.4  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313993 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5182  histone family protein DNA-binding protein  48 
 
 		 92 aa  72  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.022675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2795  histone family protein DNA-binding protein  44.44 
 
 		 95 aa  72.4  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4352  histone family protein DNA-binding protein  38.04 
 
 		 123 aa  72.4  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.614172 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3065  nucleoid protein Hbs  46.15 
 
 		 90 aa  72  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.135138  normal  0.394857 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0658  histone-like DNA-binding protein  41.11 
 
 		 90 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4353  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3731  histone family protein DNA-binding protein  38.89 
 
 		 90 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2697  histone family protein DNA-binding protein  42.39 
 
 		 105 aa  72.8  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.651283 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00213  DNA-binding protein  44.44 
 
 		 101 aa  72.8  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  44.44 
 
 		 90 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0493  transcriptional regulator HU subunit beta  44.44 
 
 		 90 aa  71.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  44.44 
 
 		 90 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2846  DNA-binding protein HU-alpha  43.33 
 
 		 90 aa  71.6  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00368421  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0491  transcriptional regulator HU subunit beta  44.44 
 
 		 90 aa  71.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0126716  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  44.44 
 
 		 90 aa  72  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  44.44 
 
 		 90 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0500  transcriptional regulator HU subunit beta  44.44 
 
 		 90 aa  71.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.332585  normal  0.0268714 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0554  transcriptional regulator HU subunit beta  44.44 
 
 		 90 aa  71.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00736621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  44.44 
 
 		 90 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  44.44 
 
 		 90 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0600  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  44.44 
 
 		 90 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0510  transcriptional regulator HU subunit beta  44.44 
 
 		 90 aa  71.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0507646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  44.44 
 
 		 90 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  44.44 
 
 		 90 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1633  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  71.6  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1666  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  72  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1341  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 91 aa  72  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1714  DNA-binding protein HU-beta  43.33 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.606946  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1866  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0187787  hitchhiker  0.00274705 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3723  DNA-binding protein HU-beta  43.33 
 
 		 90 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.612497  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1187  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1750  histone-like DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.519537  normal  0.0235988 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2621  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348082  normal  0.0833374 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3694  nucleoid protein HU beta subunit  43.33 
 
 		 90 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.566059  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1533  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.753498  normal  0.353479 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1789  histone family protein DNA-binding protein  45.05 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.970942  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>