More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2801 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2801  histone-like DNA-binding protein  100 
 
 		 97 aa  196  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0055  histone family protein DNA-binding protein  75.79 
 
 		 95 aa  149  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0808808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1388  DNA-binding protein HU, form N  75.79 
 
 		 95 aa  149  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.082303  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2795  histone family protein DNA-binding protein  74.74 
 
 		 95 aa  148  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3288  DNA-binding protein HU  75.53 
 
 		 96 aa  146  8e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.36981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0336  histone-like DNA-binding protein  77.66 
 
 		 96 aa  135  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.810596 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0405  histone family protein DNA-binding protein  71.28 
 
 		 99 aa  122  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.479786 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0984  histone-like DNA-binding protein  45.56 
 
 		 93 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1168  putative DNA binding protein  41.76 
 
 		 93 aa  77  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12900  putative DNA binding protein  41.76 
 
 		 93 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1266  DNA-binding protein HU family  43.33 
 
 		 93 aa  77  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2651  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 92 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.532078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1084  histone-like DNA-binding protein  42.22 
 
 		 93 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.66671 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4242  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 93 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0975  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 93 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1013  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 93 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0981  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 93 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0860  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 90 aa  72  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0124999  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4266  histone family protein DNA-binding protein  40.86 
 
 		 93 aa  70.5  0.000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.598481  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0022  DNA-binding protein HU  41.11 
 
 		 90 aa  70.1  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00102315  hitchhiker  0.000567997 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2724  histone-like DNA-binding protein  43.96 
 
 		 90 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.032856  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2063  HU family DNA-binding protein  41.76 
 
 		 91 aa  69.3  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.832344  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  45.56 
 
 		 90 aa  68.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0082  histone-like DNA-binding protein  40.86 
 
 		 98 aa  69.3  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  42.22 
 
 		 90 aa  68.6  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2752  histone-like DNA-binding protein  46.67 
 
 		 91 aa  68.2  0.00000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2320  histone family protein DNA-binding protein  42.86 
 
 		 91 aa  67.8  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313993 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1041  DNA-binding protein HU  44.94 
 
 		 90 aa  67.4  0.00000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.436255  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0822  DNA-binding protein HU-beta  44.44 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.172487  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1530  histone family protein DNA-binding protein  44.94 
 
 		 90 aa  67.4  0.00000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.277737  n/a   
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_16074  predicted protein  42.22 
 
 		 90 aa  67.4  0.00000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.73937  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1560  histone family protein DNA-binding protein  44.94 
 
 		 90 aa  67.4  0.00000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.768925  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  44.94 
 
 		 90 aa  67  0.00000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8047  histone family protein DNA-binding protein  39.13 
 
 		 232 aa  66.2  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.278826  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1873  HU family DNA-binding protein  42.22 
 
 		 91 aa  66.2  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.972501  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3065  transcriptional regulator HU subunit beta  42.22 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  65.9  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0914  DNA-binding protein HU  38.89 
 
 		 90 aa  65.1  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.196839  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23600  histone-like DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  65.1  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0470  histone family protein DNA-binding protein  43.82 
 
 		 94 aa  65.5  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1035  histone family protein DNA-binding protein  38.89 
 
 		 90 aa  65.1  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.00000557803  hitchhiker  0.00000000462139 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1745  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.693876  hitchhiker  0.00044049 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2303  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0561689  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3466  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360259  hitchhiker  0.000212777 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 		 90 aa  64.3  0.0000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1909  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.715849  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2873  transcriptional regulator HU subunit beta  41.11 
 
 		 90 aa  64.3  0.0000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1866  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 		 90 aa  63.9  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0187787  hitchhiker  0.00274705 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1870  histone family protein DNA-binding protein  41.57 
 
 		 91 aa  63.9  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0130937 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1014  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1533  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 		 90 aa  63.9  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.753498  normal  0.353479 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2292  nucleoid protein Hbs  42.22 
 
 		 90 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.315371 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1227  HU family DNA-binding protein  38.89 
 
 		 90 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000165625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004041  DNA-binding protein HU-beta  42.22 
 
 		 90 aa  63.5  0.0000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2053  nucleoid protein HU beta subunit  41.11 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000457213  normal  0.0670315 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1714  DNA-binding protein HU-beta  41.11 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.606946  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0084  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01420  nucleoid DNA-binding protein  41.11 
 
 		 90 aa  63.5  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1674  histone-like DNA-binding protein  38.89 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.171237 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0532  histone-like protein  42.7 
 
 		 94 aa  63.2  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3247  histone-like DNA-binding protein  41.11 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1064  DNA-binding protein HU  41.76 
 
 		 91 aa  63.2  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.203306  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4504  DNA-binding protein HU-alpha  41.11 
 
 		 92 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.806931 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3493  DNA-binding protein HU  41.11 
 
 		 90 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.175993  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2203  histone family protein DNA-binding protein  41.76 
 
 		 91 aa  63.2  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0471577  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0005  histone-like DNA-binding protein  41.11 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.129264  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3933  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 		 92 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1538  DNA-binding protein HU  43.33 
 
 		 91 aa  63.5  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000676058  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1905  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173408  hitchhiker  0.000216257 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  44.94 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0065  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0055  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41210  DNA-binding protein HU  41.11 
 
 		 90 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0758892  normal  0.416187 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0066  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0065  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2029  histone family protein DNA-binding protein  40.86 
 
 		 95 aa  62  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0576  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  62.8  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 		 90 aa  62.4  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2521  DNA-binding protein HU-beta  40.45 
 
 		 94 aa  62  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0944475  normal  0.0105947 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2386  histone family protein DNA-binding protein  40.45 
 
 		 94 aa  62  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2793  histone family protein DNA-binding protein  40.45 
 
 		 94 aa  62  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3296  nucleoid protein Hbs  38.46 
 
 		 202 aa  62.4  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.58524  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0362  histone-like DNA-binding protein  40.66 
 
 		 91 aa  62  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2014  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 90 aa  62.4  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000105311  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2658  histone family protein DNA-binding protein  38.89 
 
 		 90 aa  62  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000180426  normal  0.730265 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0491  transcriptional regulator HU subunit beta  41.11 
 
 		 90 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0126716  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0500  transcriptional regulator HU subunit beta  41.11 
 
 		 90 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.332585  normal  0.0268714 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0493  transcriptional regulator HU subunit beta  41.11 
 
 		 90 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2913  DNA-binding protein HU, form B  40 
 
 		 92 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.5361  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0004  DNA-binding protein HU-alpha  40 
 
 		 92 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>