More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2320 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2320  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 
91 aa  174  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0313993 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0009  histone-like DNA-binding protein  64.13 
 
 
130 aa  112  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.101373 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2219  histone family protein DNA-binding protein  64.13 
 
 
92 aa  112  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.789532  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5182  histone family protein DNA-binding protein  63.04 
 
 
92 aa  109  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.022675  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9178  HNS-type DNA binding protein  60.67 
 
 
92 aa  108  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.654708  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1217  histone-like DNA-binding protein  61.54 
 
 
91 aa  107  5e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.778852  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1806  histone family protein DNA-binding protein  59.78 
 
 
92 aa  106  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.109803 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2632  histone-like DNA-binding protein  60.44 
 
 
91 aa  104  4e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8027  HNS-type DNA binding protein  56.82 
 
 
92 aa  103  9e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6198  histone family protein DNA-binding protein  56.82 
 
 
92 aa  101  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0309609  normal  0.013935 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7042  HNS-type DNA binding protein  57.95 
 
 
92 aa  99.4  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.815664  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4761  histone family protein DNA-binding protein  54.55 
 
 
92 aa  100  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00588654  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5718  histone family protein DNA-binding protein  56.82 
 
 
92 aa  99.4  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0779514  normal  0.621503 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8123  HNS-type DNA binding protein  57.95 
 
 
92 aa  99  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.029087  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3723  DNA-binding protein HU-beta  56.67 
 
 
90 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.612497  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1750  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 
90 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.519537  normal  0.0235988 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3694  nucleoid protein HU beta subunit  56.67 
 
 
90 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.566059  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5141  histone family protein DNA-binding protein  61.11 
 
 
92 aa  95.1  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.467193 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 
90 aa  94.7  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0914  DNA-binding protein HU  52.22 
 
 
90 aa  94  6e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.196839  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1035  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 
90 aa  94  6e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.00000557803  hitchhiker  0.00000000462139 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  51.11 
 
 
90 aa  89.7  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4234  histone-like DNA-binding protein  56.32 
 
 
92 aa  89.7  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.482395  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2903  histone family protein DNA-binding protein  50.55 
 
 
91 aa  89.4  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00933352  normal  0.626047 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3781  HU family DNA-binding protein  54.44 
 
 
90 aa  89  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.0095051  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1251  histone family protein DNA-binding protein  50.55 
 
 
91 aa  89.4  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0902596  normal  0.20081 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  53.33 
 
 
90 aa  88.2  3e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3229  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 
91 aa  88.6  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  51.11 
 
 
90 aa  88.2  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2824  nucleoid protein Hbs  50.55 
 
 
91 aa  87.8  4e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.669113  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2054  histone family protein DNA-binding protein  50.55 
 
 
91 aa  87.8  4e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00333504  normal  0.0104655 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0576  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 
90 aa  87.8  4e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0860  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 
90 aa  87.8  5e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0124999  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  53.33 
 
 
90 aa  87.8  5e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  52.22 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  52.22 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0554  transcriptional regulator HU subunit beta  52.22 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00736621  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0510  transcriptional regulator HU subunit beta  52.22 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0507646  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  52.22 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  52.22 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  52.22 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 
90 aa  86.3  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0016  nucleoid protein HU beta subunit  53.33 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  52.22 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  52.22 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0500  transcriptional regulator HU subunit beta  52.22 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.332585  normal  0.0268714 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0493  transcriptional regulator HU subunit beta  52.22 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0491  transcriptional regulator HU subunit beta  52.22 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0126716  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  52.22 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0390  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 
90 aa  85.9  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000165854  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  52.22 
 
 
90 aa  85.9  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4159  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 
91 aa  85.1  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0799  histone-like DNA-binding protein  52.22 
 
 
90 aa  85.1  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0173855 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  53.33 
 
 
90 aa  85.1  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2873  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 
90 aa  84.7  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 
90 aa  84.7  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  48.31 
 
 
90 aa  84.7  4e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000552537  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1051  transcriptional regulator HU subunit beta  48.89 
 
 
90 aa  84.3  5e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.593082  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3261  transcriptional regulator HU subunit beta  48.89 
 
 
90 aa  84.3  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3065  transcriptional regulator HU subunit beta  48.89 
 
 
90 aa  84  6e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1826  hypothetical protein  44.44 
 
 
92 aa  84  7e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1822  hypothetical protein  44.44 
 
 
92 aa  84  7e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2337  histone-like DNA-binding protein  52.22 
 
 
90 aa  84  7e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000498066  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1118  HU family DNA-binding protein  52.22 
 
 
91 aa  84  7e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000128568  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1098  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 
101 aa  83.6  9e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00970005  hitchhiker  0.00000236625 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 
90 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1538  DNA-binding protein HU  48.89 
 
 
91 aa  83.2  0.000000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000676058  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  47.78 
 
 
90 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 
90 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4266  histone family protein DNA-binding protein  46.67 
 
 
93 aa  82.4  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.598481  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 
90 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2658  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 
90 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000180426  normal  0.730265 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 
90 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 
90 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2053  nucleoid protein HU beta subunit  50 
 
 
90 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000457213  normal  0.0670315 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 
90 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0956  DNA-binding protein HU-alpha  51.11 
 
 
92 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667832  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  47.19 
 
 
90 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 
90 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 
90 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0907  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 
90 aa  82.8  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0908162  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4682  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 
92 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0505442  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09623  probable DNA-binding protein HU  46.67 
 
 
90 aa  82  0.000000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.355669  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1090  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 
90 aa  81.6  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1745  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 
90 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.693876  hitchhiker  0.00044049 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3493  DNA-binding protein HU  50 
 
 
90 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.175993  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2203  histone family protein DNA-binding protein  48.35 
 
 
91 aa  81.6  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0471577  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1533  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 
90 aa  81.3  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.753498  normal  0.353479 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1544  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 
90 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000007734  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 
94 aa  81.6  0.000000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41210  DNA-binding protein HU  50 
 
 
90 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0758892  normal  0.416187 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_28  DNA-binding protein HU-alpha  47.78 
 
 
91 aa  81.3  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0201  histone family protein DNA-binding protein  46.07 
 
 
91 aa  80.9  0.000000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000429798  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1714  DNA-binding protein HU-beta  52.22 
 
 
90 aa  80.9  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.606946  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3051  transcriptional regulator HU subunit beta  47.78 
 
 
90 aa  81.3  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488463  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3231  transcriptional regulator HU subunit beta  47.78 
 
 
90 aa  81.3  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1912  histone family protein DNA-binding protein  48.28 
 
 
88 aa  81.3  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  45.56 
 
 
90 aa  81.3  0.000000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3089  transcriptional regulator HU subunit beta  47.78 
 
 
90 aa  81.3  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.42002e-19  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>