More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_09623 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_09623  probable DNA-binding protein HU  100 
 
 		 90 aa  177  2.9999999999999997e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.355669  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0139  histone family protein DNA-binding protein  80 
 
 		 90 aa  144  6e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1967  histone family protein DNA-binding protein  61.11 
 
 		 92 aa  118  1.9999999999999998e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00606172  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1544  histone family protein DNA-binding protein  62.22 
 
 		 90 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000007734  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2678  histone family protein DNA-binding protein  61.11 
 
 		 90 aa  111  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2492  histone-like DNA-binding protein  61.11 
 
 		 90 aa  110  5e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00401844  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2593  histone family protein DNA-binding protein  61.11 
 
 		 91 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173721  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2505  histone family protein DNA-binding protein  61.11 
 
 		 90 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791734  normal  0.581146 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2658  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000180426  normal  0.730265 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  106  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  106  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  106  8.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  106  8.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  106  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  106  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  106  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  106  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1674  histone-like DNA-binding protein  61.11 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.171237 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0016  nucleoid protein HU beta subunit  55.56 
 
 		 90 aa  105  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4704  histone-like DNA-binding protein  53.33 
 
 		 93 aa  105  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  104  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1926  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 92 aa  103  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000201993  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1826  hypothetical protein  55.06 
 
 		 92 aa  103  5e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1822  hypothetical protein  55.06 
 
 		 92 aa  103  5e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  59.55 
 
 		 90 aa  104  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0548  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  103  7e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3261  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 		 90 aa  103  8e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1051  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 		 90 aa  103  8e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.593082  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0548  HU family DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  103  9e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1666  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  103  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0658  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  103  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3532  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  103  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0547  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  102  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0324  histone family protein DNA-binding protein  55.06 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064189  normal  0.0110025 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3781  HU family DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.0095051  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4353  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3731  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3482  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1956  nucleoid protein Hbs  55.56 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.582961  normal  0.45981 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1181  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.42545  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0600  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1745  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.693876  hitchhiker  0.00044049 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  101  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  101  4e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3065  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  100  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0508  DNA-binding protein HU  52.22 
 
 		 94 aa  100  5e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000377509  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1227  HU family DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  100  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000165625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2621  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  100  5e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348082  normal  0.0833374 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1187  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  100  5e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1641  DNA-binding protein HU  52.22 
 
 		 94 aa  100  5e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.02248e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1412  histone-like DNA-binding protein  57.3 
 
 		 91 aa  100  7e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000277772  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  55.56 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  55.56 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1430  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000153062  normal  0.144736 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1468  DNA-binding protein HU beta subunit  54.44 
 
 		 91 aa  100  9e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1789  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  100  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.970942  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03877  HU, DNA-binding transcriptional regulator, alpha subunit  58.43 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.380115  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3994  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5469  transcriptional regulator HU subunit alpha  58.43 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.129609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4448  transcriptional regulator HU subunit alpha  58.43 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.302586  hitchhiker  0.00101008 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0507  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0267079  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4543  transcriptional regulator HU subunit alpha  58.43 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.440082  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2873  transcriptional regulator HU subunit beta  54.44 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03830  hypothetical protein  58.43 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.485291  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  100  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4025  transcriptional regulator HU subunit alpha  58.43 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0158227 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4491  transcriptional regulator HU subunit alpha  58.43 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0852675  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3761  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.768478 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4234  transcriptional regulator HU subunit alpha  58.43 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3065  nucleoid protein Hbs  55.56 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.135138  normal  0.394857 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1717  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000293556  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3817  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.531766  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3325  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  100  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3943  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.37618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1918  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 91 aa  98.6  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000897645  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3493  DNA-binding protein HU  55.56 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.175993  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41210  DNA-binding protein HU  55.56 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0758892  normal  0.416187 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4407  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 		 94 aa  99  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000192025  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3132  DNA-binding protein HU  55.06 
 
 		 94 aa  98.2  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246817  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0493  transcriptional regulator HU subunit beta  54.44 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0510  transcriptional regulator HU subunit beta  54.44 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0507646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0554  transcriptional regulator HU subunit beta  54.44 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00736621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0500  transcriptional regulator HU subunit beta  54.44 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.332585  normal  0.0268714 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0355  histone-like DNA-binding protein  55.06 
 
 		 94 aa  98.2  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00204011  normal  0.390975 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0491  transcriptional regulator HU subunit beta  54.44 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0126716  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1098  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 101 aa  98.6  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00970005  hitchhiker  0.00000236625 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1633  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0907  transcriptional regulator HU subunit beta  54.44 
 
 		 90 aa  98.2  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0908162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4414  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.3 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.18011  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4501  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.3 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.358882  normal  0.0495174 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>