More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4682 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4682  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 92 aa  175  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0505442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0956  DNA-binding protein HU-alpha  100 
 
 		 92 aa  175  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7326  histone family protein DNA-binding protein  80.22 
 
 		 92 aa  142  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.076405 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0004  DNA-binding protein HU-alpha  72.22 
 
 		 126 aa  133  7.000000000000001e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0004  DNA-binding protein HU-alpha  72.22 
 
 		 92 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2972  DNA-binding protein HU-alpha  72.22 
 
 		 92 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6261  histone family protein DNA-binding protein  74.47 
 
 		 124 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.307105 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2913  DNA-binding protein HU, form B  72.22 
 
 		 92 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.5361  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0004  DNA-binding protein HU-alpha  72.22 
 
 		 92 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1629  DNA-binding protein HU, form B  72.22 
 
 		 92 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3397  DNA-binding protein HU, form B  72.22 
 
 		 92 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.218557  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0084  histone family protein DNA-binding protein  72.22 
 
 		 92 aa  131  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0065  histone family protein DNA-binding protein  72.22 
 
 		 92 aa  131  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3247  histone-like DNA-binding protein  72.22 
 
 		 92 aa  131  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0066  histone family protein DNA-binding protein  72.22 
 
 		 92 aa  131  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0005  histone-like DNA-binding protein  72.22 
 
 		 92 aa  131  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.129264  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0055  histone family protein DNA-binding protein  72.22 
 
 		 92 aa  131  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0065  histone family protein DNA-binding protein  72.22 
 
 		 92 aa  131  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3067  histone family protein DNA-binding protein  71.11 
 
 		 92 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0353619 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4504  DNA-binding protein HU-alpha  70 
 
 		 92 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.806931 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3933  histone family protein DNA-binding protein  70 
 
 		 92 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1035  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  107  7.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.00000557803  hitchhiker  0.00000000462139 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0914  DNA-binding protein HU  58.89 
 
 		 90 aa  107  7.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.196839  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3723  DNA-binding protein HU-beta  60 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.612497  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1750  histone-like DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.519537  normal  0.0235988 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1674  histone-like DNA-binding protein  61.11 
 
 		 90 aa  105  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.171237 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3694  nucleoid protein HU beta subunit  60 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.566059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  103  6e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3493  DNA-binding protein HU  58.89 
 
 		 90 aa  103  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.175993  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41210  DNA-binding protein HU  58.89 
 
 		 90 aa  103  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0758892  normal  0.416187 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1468  DNA-binding protein HU beta subunit  57.14 
 
 		 91 aa  102  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2053  nucleoid protein HU beta subunit  58.89 
 
 		 90 aa  103  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000457213  normal  0.0670315 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  102  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  58.89 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  58.89 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4266  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 93 aa  102  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.598481  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2026  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 106 aa  102  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000760647  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1743  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 106 aa  101  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  57.78 
 
 		 90 aa  102  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23600  histone-like DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  101  4e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3065  transcriptional regulator HU subunit beta  57.78 
 
 		 90 aa  100  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  58.89 
 
 		 90 aa  100  6e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  100  7e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0907  transcriptional regulator HU subunit beta  57.78 
 
 		 90 aa  100  7e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0908162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0510  transcriptional regulator HU subunit beta  57.78 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0507646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0500  transcriptional regulator HU subunit beta  57.78 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.332585  normal  0.0268714 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0491  transcriptional regulator HU subunit beta  57.78 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0126716  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1098  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 101 aa  100  8e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00970005  hitchhiker  0.00000236625 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0554  transcriptional regulator HU subunit beta  57.78 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00736621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0493  transcriptional regulator HU subunit beta  57.78 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3261  transcriptional regulator HU subunit beta  57.78 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1051  transcriptional regulator HU subunit beta  57.78 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.593082  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2873  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1714  DNA-binding protein HU-beta  55.56 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.606946  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3359  histone-like DNA-binding protein HU-beta (NS1)  54.35 
 
 		 92 aa  98.6  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0016  nucleoid protein HU beta subunit  56.67 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1412  histone-like DNA-binding protein  56.18 
 
 		 91 aa  98.6  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000277772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  55.56 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1745  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.693876  hitchhiker  0.00044049 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2303  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0561689  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3089  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.42002e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3231  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3466  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360259  hitchhiker  0.000212777 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0007  histone-like DNA-binding protein  61.18 
 
 		 98 aa  98.2  4e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3051  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1905  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173408  hitchhiker  0.000216257 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1118  HU family DNA-binding protein  58.89 
 
 		 91 aa  97.8  4e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000128568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2903  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 91 aa  97.4  5e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00933352  normal  0.626047 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1251  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 91 aa  97.4  5e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0902596  normal  0.20081 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0508  DNA-binding protein HU  54.44 
 
 		 94 aa  97.4  6e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000377509  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1641  DNA-binding protein HU  54.44 
 
 		 94 aa  97.4  6e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.02248e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2337  histone-like DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  97.4  6e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000498066  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  96.7  9e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3392  HU family DNA-binding protein  54.95 
 
 		 92 aa  96.7  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000680811  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  96.7  9e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  96.7  9e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  96.7  9e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  96.7  9e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  96.7  9e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  96.7  9e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  96.7  9e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3085  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 91 aa  95.9  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000115471  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1509  DNA-binding protein HU-beta  54.44 
 
 		 90 aa  96.7  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000490467  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1608  histone-like DNA-binding protein  56.18 
 
 		 96 aa  95.9  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.49082e-20  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2658  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  96.7  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000180426  normal  0.730265 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2846  DNA-binding protein HU-alpha  55.56 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00368421  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2014  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000105311  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1533  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.753498  normal  0.353479 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>