More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3288 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3288  DNA-binding protein HU  100 
 
 
96 aa  188  2e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.36981  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2801  histone-like DNA-binding protein  75.53 
 
 
97 aa  146  8e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0336  histone-like DNA-binding protein  79.17 
 
 
96 aa  146  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.810596 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2795  histone family protein DNA-binding protein  73.12 
 
 
95 aa  134  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1388  DNA-binding protein HU, form N  73.12 
 
 
95 aa  134  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.082303  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0055  histone family protein DNA-binding protein  73.12 
 
 
95 aa  134  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0808808  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0405  histone family protein DNA-binding protein  70.21 
 
 
99 aa  115  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.479786 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0984  histone-like DNA-binding protein  50 
 
 
93 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0082  histone-like DNA-binding protein  47.19 
 
 
98 aa  81.3  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2651  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 
92 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.532078  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1168  putative DNA binding protein  47.25 
 
 
93 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4242  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 
93 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0975  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 
93 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1266  DNA-binding protein HU family  47.78 
 
 
93 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12900  putative DNA binding protein  46.15 
 
 
93 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0981  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 
93 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1013  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 
93 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1084  histone-like DNA-binding protein  46.67 
 
 
93 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.66671 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0860  histone family protein DNA-binding protein  44.44 
 
 
90 aa  74.3  0.0000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0124999  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1227  HU family DNA-binding protein  41.11 
 
 
90 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000165625  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2724  histone-like DNA-binding protein  48.35 
 
 
90 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.032856  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2063  HU family DNA-binding protein  42.86 
 
 
91 aa  72  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.832344  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  41.11 
 
 
90 aa  72  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 
90 aa  72  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 
90 aa  72  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 
90 aa  72  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 
90 aa  72  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 
90 aa  72  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 
90 aa  72  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 
90 aa  72  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4358  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 
95 aa  71.6  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.847271  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4203  histone-like DNA-binding protein  42.22 
 
 
95 aa  71.6  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4335  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 
95 aa  71.6  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4352  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 
123 aa  71.2  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.614172 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1873  HU family DNA-binding protein  43.33 
 
 
91 aa  71.2  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.972501  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1743  histone family protein DNA-binding protein  44.44 
 
 
106 aa  70.9  0.000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2658  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 
90 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000180426  normal  0.730265 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0822  DNA-binding protein HU-beta  45.56 
 
 
98 aa  70.5  0.000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.172487  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2026  histone family protein DNA-binding protein  44.44 
 
 
106 aa  70.5  0.000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000760647  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0022  DNA-binding protein HU  41.11 
 
 
90 aa  70.1  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00102315  hitchhiker  0.000567997 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2505  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 
90 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791734  normal  0.581146 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2521  DNA-binding protein HU-beta  44.94 
 
 
94 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0944475  normal  0.0105947 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  44.44 
 
 
90 aa  69.7  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2793  histone family protein DNA-binding protein  44.94 
 
 
94 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2386  histone family protein DNA-binding protein  44.94 
 
 
94 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405821  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2014  histone family protein DNA-binding protein  46.67 
 
 
90 aa  69.3  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000105311  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 
90 aa  69.3  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2593  histone family protein DNA-binding protein  38.89 
 
 
91 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173721  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1098  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 
101 aa  68.2  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00970005  hitchhiker  0.00000236625 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  44.44 
 
 
90 aa  68.6  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2492  histone-like DNA-binding protein  37.78 
 
 
90 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00401844  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1538  DNA-binding protein HU  44.44 
 
 
91 aa  67.8  0.00000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000676058  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  42.7 
 
 
90 aa  67.8  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  38.89 
 
 
90 aa  67  0.00000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3231  histone family protein DNA-binding protein  42.86 
 
 
92 aa  67.4  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1172  histone-like DNA-binding protein  40 
 
 
90 aa  67  0.00000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.856335  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3555  histone family protein DNA-binding protein  42.86 
 
 
92 aa  67.4  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0648  histone family protein DNA-binding protein  43.82 
 
 
91 aa  67  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000417185  n/a   
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_16074  predicted protein  42.7 
 
 
90 aa  67  0.00000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.73937  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  41.11 
 
 
90 aa  67  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3359  histone-like DNA-binding protein HU-beta (NS1)  41.76 
 
 
92 aa  67  0.00000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4266  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 
93 aa  66.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.598481  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0510  transcriptional regulator HU subunit beta  41.11 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0507646  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3089  transcriptional regulator HU subunit beta  41.11 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.42002e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3302  histone family protein DNA-binding protein  43.16 
 
 
103 aa  66.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2752  histone-like DNA-binding protein  43.33 
 
 
91 aa  66.2  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0493  transcriptional regulator HU subunit beta  41.11 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0491  transcriptional regulator HU subunit beta  41.11 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0126716  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3231  transcriptional regulator HU subunit beta  41.11 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1544  histone family protein DNA-binding protein  37.78 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000007734  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0500  transcriptional regulator HU subunit beta  41.11 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.332585  normal  0.0268714 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0554  transcriptional regulator HU subunit beta  41.11 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00736621  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3051  transcriptional regulator HU subunit beta  41.11 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488463  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  41.11 
 
 
90 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03877  HU, DNA-binding transcriptional regulator, alpha subunit  42.7 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.380115  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 
90 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3994  histone family protein DNA-binding protein  42.7 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  41.11 
 
 
90 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3781  HU family DNA-binding protein  40 
 
 
90 aa  65.9  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.0095051  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  41.11 
 
 
90 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0133  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 
91 aa  65.9  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116647  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  41.11 
 
 
90 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  41.11 
 
 
90 aa  65.5  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5469  transcriptional regulator HU subunit alpha  42.7 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.129609  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4025  transcriptional regulator HU subunit alpha  42.7 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0158227 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2678  histone family protein DNA-binding protein  37.78 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4234  transcriptional regulator HU subunit alpha  42.7 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  41.11 
 
 
90 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2846  DNA-binding protein HU-alpha  44.44 
 
 
90 aa  65.9  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00368421  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  41.11 
 
 
90 aa  65.5  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4543  transcriptional regulator HU subunit alpha  42.7 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.440082  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03830  hypothetical protein  42.7 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.485291  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  41.11 
 
 
90 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4491  transcriptional regulator HU subunit alpha  42.7 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0852675  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4448  transcriptional regulator HU subunit alpha  42.7 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.302586  hitchhiker  0.00101008 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  41.11 
 
 
90 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  40 
 
 
90 aa  65.1  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3392  HU family DNA-binding protein  41.76 
 
 
92 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000680811  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0907  transcriptional regulator HU subunit beta  42.22 
 
 
90 aa  65.5  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0908162  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  37.78 
 
 
90 aa  65.1  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>