More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3555 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3231  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 92 aa  182  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3555  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 92 aa  182  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3359  histone-like DNA-binding protein HU-beta (NS1)  97.83 
 
 		 92 aa  179  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3392  HU family DNA-binding protein  87.91 
 
 		 92 aa  163  9e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000680811  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3538  HU family DNA-binding protein  89.01 
 
 		 92 aa  162  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00490432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6397  DNA-binding protein Hu-beta  81.32 
 
 		 144 aa  157  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2026  histone family protein DNA-binding protein  59.34 
 
 		 106 aa  107  6e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000760647  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1743  histone family protein DNA-binding protein  58.24 
 
 		 106 aa  105  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3933  histone family protein DNA-binding protein  60.44 
 
 		 92 aa  105  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4504  DNA-binding protein HU-alpha  60.44 
 
 		 92 aa  105  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.806931 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  59.34 
 
 		 90 aa  104  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3067  histone family protein DNA-binding protein  59.34 
 
 		 92 aa  104  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0353619 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0084  histone family protein DNA-binding protein  58.24 
 
 		 92 aa  102  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0066  histone family protein DNA-binding protein  58.24 
 
 		 92 aa  102  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3247  histone-like DNA-binding protein  58.24 
 
 		 92 aa  102  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0065  histone family protein DNA-binding protein  58.24 
 
 		 92 aa  102  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0005  histone-like DNA-binding protein  58.24 
 
 		 92 aa  102  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.129264  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0055  histone family protein DNA-binding protein  58.24 
 
 		 92 aa  102  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0065  histone family protein DNA-binding protein  58.24 
 
 		 92 aa  102  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2386  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 94 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405821  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2521  DNA-binding protein HU-beta  57.78 
 
 		 94 aa  102  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0944475  normal  0.0105947 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0004  DNA-binding protein HU-alpha  57.14 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2972  DNA-binding protein HU-alpha  57.14 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2913  DNA-binding protein HU, form B  57.14 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.5361  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0004  DNA-binding protein HU-alpha  57.14 
 
 		 126 aa  102  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1629  DNA-binding protein HU, form B  57.14 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2793  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 94 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3397  DNA-binding protein HU, form B  57.14 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.218557  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0004  DNA-binding protein HU-alpha  57.14 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  57.14 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  53.85 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2658  histone family protein DNA-binding protein  56.04 
 
 		 90 aa  98.2  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000180426  normal  0.730265 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1674  histone-like DNA-binding protein  53.85 
 
 		 90 aa  97.8  5e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.171237 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2621  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 90 aa  95.9  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348082  normal  0.0833374 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1187  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 90 aa  95.9  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  52.75 
 
 		 90 aa  96.7  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2303  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 		 90 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0561689  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  53.85 
 
 		 90 aa  95.9  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1633  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 90 aa  95.9  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4682  histone family protein DNA-binding protein  53.26 
 
 		 92 aa  95.9  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0505442  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1789  histone family protein DNA-binding protein  53.85 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.970942  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0956  DNA-binding protein HU-alpha  53.26 
 
 		 92 aa  95.9  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3466  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 		 90 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360259  hitchhiker  0.000212777 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4039  HU family DNA-binding protein  61.54 
 
 		 93 aa  95.1  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3065  nucleoid protein Hbs  52.75 
 
 		 90 aa  94.7  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.135138  normal  0.394857 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4749  histone-like DNA-binding protein  61.54 
 
 		 93 aa  95.1  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.188687 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0201  histone family protein DNA-binding protein  53.26 
 
 		 91 aa  95.1  3e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000429798  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7326  histone family protein DNA-binding protein  51.09 
 
 		 92 aa  94.7  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.076405 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1905  histone family protein DNA-binding protein  53.85 
 
 		 90 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173408  hitchhiker  0.000216257 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2492  histone-like DNA-binding protein  53.85 
 
 		 90 aa  94.4  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00401844  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  51.65 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  51.65 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  51.65 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  51.65 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0213  transcriptional regulator HU subunit alpha  55.56 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00855152  normal  0.0112419 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  51.65 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2593  histone family protein DNA-binding protein  53.26 
 
 		 91 aa  94.4  5e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173721  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  51.65 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  51.65 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  51.65 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  51.65 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0648  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 91 aa  94  6e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000417185  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0226  transcriptional regulator HU subunit alpha  55.56 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0975648  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0222  transcriptional regulator HU subunit alpha  55.56 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.390191  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  51.65 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3710  transcriptional regulator HU subunit alpha  55.56 
 
 		 90 aa  93.6  8e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273113  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1430  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  93.6  8e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000153062  normal  0.144736 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0290  transcriptional regulator HU subunit alpha  55.56 
 
 		 90 aa  93.6  9e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0031706  hitchhiker  0.00995537 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2505  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 90 aa  93.6  9e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791734  normal  0.581146 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1412  histone-like DNA-binding protein  56.18 
 
 		 91 aa  93.6  9e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000277772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2678  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1544  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000007734  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1227  HU family DNA-binding protein  53.85 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000165625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  51.65 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3051  transcriptional regulator HU subunit beta  50.55 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3089  transcriptional regulator HU subunit beta  50.55 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.42002e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  52.17 
 
 		 94 aa  92.8  1e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3231  transcriptional regulator HU subunit beta  50.55 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0500  transcriptional regulator HU subunit beta  50.55 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.332585  normal  0.0268714 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2697  histone family protein DNA-binding protein  50.55 
 
 		 105 aa  92  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.651283 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0907  transcriptional regulator HU subunit beta  50.55 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0908162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4491  transcriptional regulator HU subunit alpha  54.44 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0852675  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0510  transcriptional regulator HU subunit beta  50.55 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0507646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4448  transcriptional regulator HU subunit alpha  54.44 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.302586  hitchhiker  0.00101008 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4025  transcriptional regulator HU subunit alpha  54.44 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0158227 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4503  transcriptional regulator HU subunit alpha  54.44 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0164141 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5469  transcriptional regulator HU subunit alpha  54.44 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.129609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4381  transcriptional regulator HU subunit alpha  54.44 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.842423 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4543  transcriptional regulator HU subunit alpha  54.44 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.440082  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2107  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000844989  hitchhiker  0.00906741 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0491  transcriptional regulator HU subunit beta  50.55 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0126716  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>