More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3538 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3538  HU family DNA-binding protein  100 
 
 		 92 aa  181  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00490432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3392  HU family DNA-binding protein  95.65 
 
 		 92 aa  175  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000680811  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3359  histone-like DNA-binding protein HU-beta (NS1)  89.01 
 
 		 92 aa  162  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3555  histone family protein DNA-binding protein  89.01 
 
 		 92 aa  162  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3231  histone family protein DNA-binding protein  89.01 
 
 		 92 aa  162  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6397  DNA-binding protein Hu-beta  85.71 
 
 		 144 aa  162  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2026  histone family protein DNA-binding protein  56.52 
 
 		 106 aa  102  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000760647  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  59.34 
 
 		 90 aa  102  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2521  DNA-binding protein HU-beta  58.24 
 
 		 94 aa  99.8  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0944475  normal  0.0105947 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2386  histone family protein DNA-binding protein  58.24 
 
 		 94 aa  99.8  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2793  histone family protein DNA-binding protein  58.24 
 
 		 94 aa  99.8  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1743  histone family protein DNA-binding protein  55.43 
 
 		 106 aa  99.8  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0004  DNA-binding protein HU-alpha  55.43 
 
 		 126 aa  98.2  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3067  histone family protein DNA-binding protein  56.52 
 
 		 92 aa  97.8  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0353619 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0004  DNA-binding protein HU-alpha  55.43 
 
 		 92 aa  97.8  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2972  DNA-binding protein HU-alpha  55.43 
 
 		 92 aa  97.8  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2913  DNA-binding protein HU, form B  55.43 
 
 		 92 aa  97.8  5e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.5361  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0004  DNA-binding protein HU-alpha  55.43 
 
 		 92 aa  97.8  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3397  DNA-binding protein HU, form B  55.43 
 
 		 92 aa  97.8  5e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.218557  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1629  DNA-binding protein HU, form B  55.43 
 
 		 92 aa  97.8  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0065  histone family protein DNA-binding protein  55.43 
 
 		 92 aa  96.7  9e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0066  histone family protein DNA-binding protein  55.43 
 
 		 92 aa  96.7  9e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3247  histone-like DNA-binding protein  55.43 
 
 		 92 aa  96.7  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0084  histone family protein DNA-binding protein  55.43 
 
 		 92 aa  96.7  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0005  histone-like DNA-binding protein  55.43 
 
 		 92 aa  96.7  9e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.129264  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0055  histone family protein DNA-binding protein  55.43 
 
 		 92 aa  96.7  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0065  histone family protein DNA-binding protein  55.43 
 
 		 92 aa  96.7  9e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4504  DNA-binding protein HU-alpha  54.35 
 
 		 92 aa  95.9  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.806931 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3933  histone family protein DNA-binding protein  54.35 
 
 		 92 aa  95.9  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  53.85 
 
 		 90 aa  94.7  3e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7326  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 92 aa  94.4  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.076405 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1789  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 90 aa  93.6  9e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.970942  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1714  DNA-binding protein HU-beta  50.55 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.606946  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  52.75 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4039  HU family DNA-binding protein  60.87 
 
 		 93 aa  93.2  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3065  nucleoid protein Hbs  51.65 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.135138  normal  0.394857 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4749  histone-like DNA-binding protein  60.87 
 
 		 93 aa  93.2  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.188687 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2303  histone family protein DNA-binding protein  53.85 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0561689  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4682  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 92 aa  92.8  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0505442  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0648  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 91 aa  92  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000417185  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3466  histone family protein DNA-binding protein  53.85 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360259  hitchhiker  0.000212777 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1544  histone family protein DNA-binding protein  51.65 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000007734  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0956  DNA-binding protein HU-alpha  52.75 
 
 		 92 aa  92.8  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2107  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000844989  hitchhiker  0.00906741 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1364  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1674  histone-like DNA-binding protein  51.65 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.171237 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2658  histone family protein DNA-binding protein  51.65 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000180426  normal  0.730265 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4266  histone family protein DNA-binding protein  52.17 
 
 		 93 aa  91.7  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.598481  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2014  histone family protein DNA-binding protein  50.55 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000105311  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  50.55 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1905  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173408  hitchhiker  0.000216257 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  50.55 
 
 		 94 aa  90.9  6e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1633  histone family protein DNA-binding protein  50.55 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1430  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000153062  normal  0.144736 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  49.45 
 
 		 90 aa  90.5  7e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1098  histone family protein DNA-binding protein  47.25 
 
 		 101 aa  89.7  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00970005  hitchhiker  0.00000236625 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2505  histone family protein DNA-binding protein  50.55 
 
 		 90 aa  90.1  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791734  normal  0.581146 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2621  histone family protein DNA-binding protein  51.65 
 
 		 90 aa  89.7  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348082  normal  0.0833374 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  50.55 
 
 		 90 aa  89.7  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1412  histone-like DNA-binding protein  53.93 
 
 		 91 aa  89.4  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000277772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1187  histone family protein DNA-binding protein  51.65 
 
 		 90 aa  89.7  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1118  HU family DNA-binding protein  50.55 
 
 		 91 aa  89.7  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000128568  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3132  DNA-binding protein HU  48.89 
 
 		 94 aa  88.6  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246817  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1826  hypothetical protein  46.74 
 
 		 92 aa  89.4  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1822  hypothetical protein  46.74 
 
 		 92 aa  89.4  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  89.4  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0355  histone-like DNA-binding protein  48.89 
 
 		 94 aa  89  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00204011  normal  0.390975 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0576  histone family protein DNA-binding protein  51.65 
 
 		 90 aa  89  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0500  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  89.4  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000759527 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2678  histone family protein DNA-binding protein  49.45 
 
 		 90 aa  89  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000589622  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  47.25 
 
 		 90 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  47.25 
 
 		 90 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  47.25 
 
 		 90 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  47.25 
 
 		 90 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  47.25 
 
 		 90 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  47.25 
 
 		 90 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  47.25 
 
 		 90 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  47.25 
 
 		 90 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  47.25 
 
 		 90 aa  88.6  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1227  HU family DNA-binding protein  50.55 
 
 		 90 aa  88.2  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000165625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2248  histone-like DNA-binding protein  49.45 
 
 		 112 aa  88.6  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.117837  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2292  nucleoid protein Hbs  49.45 
 
 		 90 aa  88.6  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.315371 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2492  histone-like DNA-binding protein  49.45 
 
 		 90 aa  88.2  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00401844  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1745  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 90 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.693876  hitchhiker  0.00044049 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  50.55 
 
 		 90 aa  88.2  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  88.6  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1014  histone family protein DNA-binding protein  49.45 
 
 		 90 aa  88.6  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2207  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 91 aa  88.2  4e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.976216  normal  0.483194 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2593  histone family protein DNA-binding protein  48.91 
 
 		 91 aa  87.8  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173721  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3781  HU family DNA-binding protein  49.45 
 
 		 90 aa  87.8  5e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.0095051  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23600  histone-like DNA-binding protein  50.55 
 
 		 90 aa  87.4  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3261  transcriptional regulator HU subunit beta  47.25 
 
 		 90 aa  87.8  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>