More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1553 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1553  histone-like DNA-binding protein  100 
 
 		 91 aa  178  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3229  histone family protein DNA-binding protein  81.32 
 
 		 91 aa  146  7e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0799  histone-like DNA-binding protein  77.78 
 
 		 90 aa  139  1.9999999999999998e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0173855 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1362  histone-like DNA-binding protein  71.11 
 
 		 90 aa  130  7.999999999999999e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.102123  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0045  histone family protein DNA-binding protein  68.89 
 
 		 90 aa  128  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000165888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2203  histone family protein DNA-binding protein  65.56 
 
 		 91 aa  119  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0471577  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1250  histone family protein DNA-binding protein  62.22 
 
 		 91 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0875  histone family protein DNA-binding protein  64.44 
 
 		 90 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.757232  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  65.17 
 
 		 90 aa  117  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  65.17 
 
 		 90 aa  117  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000552537  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1341  histone family protein DNA-binding protein  61.11 
 
 		 91 aa  116  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1172  histone-like DNA-binding protein  62.22 
 
 		 90 aa  116  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.856335  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1064  DNA-binding protein HU  63.33 
 
 		 91 aa  115  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.203306  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1105  DNA-binding protein HU  63.33 
 
 		 91 aa  114  3.9999999999999997e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.965912  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  64.44 
 
 		 90 aa  114  6.9999999999999995e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  64.44 
 
 		 90 aa  113  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1637  DNA-binding protein HU  65.17 
 
 		 90 aa  113  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00420342  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1420  DNA-binding protein HU  65.17 
 
 		 90 aa  113  8.999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.190218  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1392  DNA-binding protein HU  65.17 
 
 		 90 aa  113  8.999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.011833  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3779  DNA-binding protein HU  65.17 
 
 		 90 aa  113  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000354145  normal  0.961445 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1434  histone family protein DNA-binding protein  65.17 
 
 		 90 aa  113  8.999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.087278  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1392  DNA-binding protein HU  65.17 
 
 		 90 aa  113  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000512711  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1604  DNA-binding protein HU  65.17 
 
 		 90 aa  113  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000159132 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1673  DNA-binding protein HU  65.17 
 
 		 90 aa  113  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000325838  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1531  DNA-binding protein HU  65.17 
 
 		 90 aa  113  8.999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.259543  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1233  histone family protein DNA-binding protein  65.17 
 
 		 90 aa  113  8.999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0133564  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1566  DNA-binding protein HU  65.17 
 
 		 90 aa  113  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2014  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  111  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000105311  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  62.22 
 
 		 90 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3327  histone family protein DNA-binding protein  62.22 
 
 		 94 aa  108  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.372094  normal  0.0697763 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  61.11 
 
 		 90 aa  107  4.0000000000000004e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  61.11 
 
 		 90 aa  107  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0600  histone family protein DNA-binding protein  66.67 
 
 		 90 aa  107  7.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0791658  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1686  DNA-binding protein HU-beta, NS1(HU-1)  60 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.460310000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  60.67 
 
 		 90 aa  105  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_28  DNA-binding protein HU-alpha  56.67 
 
 		 91 aa  105  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1745  histone family protein DNA-binding protein  61.11 
 
 		 90 aa  104  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.693876  hitchhiker  0.00044049 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0135  histone family protein DNA-binding protein  61.11 
 
 		 91 aa  104  5e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267128  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2621  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  103  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348082  normal  0.0833374 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1187  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  103  6e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  62.22 
 
 		 90 aa  103  8e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1666  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  103  8e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0765  nucleoid protein Hbs  57.95 
 
 		 91 aa  103  9e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000296782  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1181  histone family protein DNA-binding protein  56.04 
 
 		 92 aa  103  9e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.42545  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1041  DNA-binding protein HU  58.43 
 
 		 90 aa  102  1e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.436255  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0920  histone family protein DNA-binding protein  62.79 
 
 		 87 aa  102  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.417728  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1956  nucleoid protein Hbs  57.78 
 
 		 90 aa  103  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.582961  normal  0.45981 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1412  histone-like DNA-binding protein  60.67 
 
 		 91 aa  103  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000277772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1530  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 		 90 aa  102  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.277737  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1909  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  102  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.715849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1560  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 		 90 aa  102  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.768925  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1674  histone-like DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.171237 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0470  histone family protein DNA-binding protein  59.55 
 
 		 94 aa  102  2e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1926  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 92 aa  102  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000201993  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  60 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2303  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  101  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0561689  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2053  nucleoid protein HU beta subunit  60 
 
 		 90 aa  101  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000457213  normal  0.0670315 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1275  histone family protein DNA-binding protein  53.85 
 
 		 91 aa  101  4e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000292942  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0083  DNA-binding protein HU (DNA-binding protein II)  53.93 
 
 		 90 aa  101  4e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1290  nucleoid protein Hbs  57.95 
 
 		 91 aa  101  4e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00000854913  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3466  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  101  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360259  hitchhiker  0.000212777 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0687  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 		 91 aa  100  5e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.105584  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  100  5e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2337  histone-like DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  101  5e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000498066  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2107  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  100  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000844989  hitchhiker  0.00906741 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0390  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  100  6e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000165854  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1633  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  100  6e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3008  histone family protein DNA-binding protein  53.85 
 
 		 91 aa  100  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.341575 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2697  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 105 aa  100  7e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.651283 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1763  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 		 90 aa  100  7e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.203917  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1905  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173408  hitchhiker  0.000216257 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1175  histone-like DNA-binding protein  59.09 
 
 		 91 aa  100  8e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000000211181  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0648  histone family protein DNA-binding protein  56.18 
 
 		 91 aa  100  9e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000417185  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3089  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.42002e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3231  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23600  histone-like DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3051  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2292  nucleoid protein Hbs  57.78 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.315371 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1014  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1789  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.970942  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  60 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3493  DNA-binding protein HU  60 
 
 		 90 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.175993  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41210  DNA-binding protein HU  60 
 
 		 90 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0758892  normal  0.416187 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3723  DNA-binding protein HU-beta  57.78 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.612497  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1750  histone-like DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.519537  normal  0.0235988 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3694  nucleoid protein HU beta subunit  57.78 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.566059  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43920  histone-like DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1608  histone-like DNA-binding protein  59.55 
 
 		 96 aa  99  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.49082e-20  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0085  nucleoid protein Hbs  57.3 
 
 		 91 aa  99  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0539634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0016  nucleoid protein HU beta subunit  56.67 
 
 		 90 aa  98.6  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3065  nucleoid protein Hbs  56.67 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.135138  normal  0.394857 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0532  histone-like protein  58.43 
 
 		 94 aa  98.6  2e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0201  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 		 91 aa  98.6  3e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000429798  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0508  DNA-binding protein HU  52.22 
 
 		 94 aa  98.2  3e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000377509  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1715  histone-like DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  98.2  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.236026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1641  DNA-binding protein HU  52.22 
 
 		 94 aa  98.2  3e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.02248e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1010  nucleoid protein Hbs  56.82 
 
 		 91 aa  98.6  3e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.301873  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2846  DNA-binding protein HU-alpha  54.44 
 
 		 90 aa  98.2  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00368421  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>