More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3836 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3836  nucleoid protein Hbs  100 
 
 		 91 aa  180  5.0000000000000004e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00753337  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1637  DNA-binding protein HU  61.8 
 
 		 90 aa  110  5e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00420342  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1420  DNA-binding protein HU  61.8 
 
 		 90 aa  110  5e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.190218  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1392  DNA-binding protein HU  61.8 
 
 		 90 aa  110  5e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.011833  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1392  DNA-binding protein HU  61.8 
 
 		 90 aa  110  5e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000512711  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1604  DNA-binding protein HU  61.8 
 
 		 90 aa  110  5e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000159132 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1531  DNA-binding protein HU  61.8 
 
 		 90 aa  110  5e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.259543  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1673  DNA-binding protein HU  61.8 
 
 		 90 aa  110  5e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000325838  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1566  DNA-binding protein HU  61.8 
 
 		 90 aa  110  5e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1434  histone family protein DNA-binding protein  61.8 
 
 		 90 aa  110  5e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.087278  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1233  histone family protein DNA-binding protein  61.8 
 
 		 90 aa  110  5e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0133564  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3779  DNA-binding protein HU  61.8 
 
 		 90 aa  110  5e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000354145  normal  0.961445 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1041  DNA-binding protein HU  58.43 
 
 		 90 aa  108  3e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.436255  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1560  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 		 90 aa  108  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.768925  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1530  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 		 90 aa  108  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.277737  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 		 90 aa  107  6e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000552537  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 		 90 aa  107  6e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  59.55 
 
 		 90 aa  107  8.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1763  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 		 90 aa  106  9.000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.203917  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2069  histone family protein DNA-binding protein  59.55 
 
 		 95 aa  106  9.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2184  histone family protein DNA-binding protein  56.18 
 
 		 90 aa  103  5e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.170143  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2342  DNA-binding protein HU  55.06 
 
 		 90 aa  103  8e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.868034  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2983  DNA-binding protein HU  55.06 
 
 		 90 aa  103  8e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  56.18 
 
 		 90 aa  103  9e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  57.3 
 
 		 90 aa  102  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5600  nucleoid protein HU alpha subunit  55.06 
 
 		 91 aa  102  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.375895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4401  nucleoid protein HU alpha subunit  56.18 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.177499 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2403  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000237544  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70600  HU family DNA-binding protein  56.18 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5472  DNA-binding protein HU family  55.06 
 
 		 111 aa  101  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2477  DNA-binding protein HU  53.93 
 
 		 90 aa  101  4e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2407  DNA-binding protein HU  53.93 
 
 		 90 aa  101  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.020348  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2213  DNA-binding protein HU  53.93 
 
 		 90 aa  101  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.519209  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2152  DNA-binding protein HU  53.93 
 
 		 90 aa  101  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0274093  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2136  DNA-binding protein HU  53.93 
 
 		 90 aa  101  4e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5027  histone-like DNA-binding protein  55.06 
 
 		 91 aa  101  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.705107 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0600  histone family protein DNA-binding protein  59.55 
 
 		 90 aa  101  4e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0791658  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2377  DNA-binding protein HU  53.93 
 
 		 90 aa  101  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2395  DNA-binding protein HU  53.93 
 
 		 90 aa  101  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1010  nucleoid protein Hbs  56.32 
 
 		 91 aa  100  9e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.301873  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3756  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000231467  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3574  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000204463  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3473  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.59147e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3486  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000148823  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6125  putative DNA-binding protein  55.06 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0183  DNA-binding protein HU 1  52.81 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000296943  hitchhiker  2.26878e-36 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3858  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000000587043  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3827  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000818253  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3778  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000704337  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1474  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000112809  hitchhiker  0.00000484208 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3740  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000145695 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  57.3 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0184  DNA-binding protein HU 1  52.81 
 
 		 90 aa  98.6  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48480  histone-like DNA-binding protein  53.93 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.707299  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3494  histone family protein DNA-binding protein  50.56 
 
 		 90 aa  98.6  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000668206  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  55.06 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0525  nucleoid protein Hbs  55.17 
 
 		 91 aa  99  2e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00046461  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5693  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 		 90 aa  98.2  3e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0471576  normal  0.0346696 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0075  histone family protein DNA-binding protein  50.56 
 
 		 91 aa  98.6  3e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  55.06 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  53.93 
 
 		 90 aa  98.2  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0765  nucleoid protein Hbs  56.32 
 
 		 91 aa  98.6  3e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000296782  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0470  histone family protein DNA-binding protein  56.18 
 
 		 94 aa  98.2  4e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0186  histone family protein DNA-binding protein  52.87 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0894  nucleoid DNA-binding protein  56.32 
 
 		 91 aa  97.8  4e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  8.08972e-16  hitchhiker  0.000000000000265027 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1608  histone-like DNA-binding protein  53.93 
 
 		 96 aa  97.4  6e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.49082e-20  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  55.06 
 
 		 90 aa  97.4  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3132  DNA-binding protein HU  53.93 
 
 		 94 aa  97.1  8e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246817  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0355  histone-like DNA-binding protein  53.93 
 
 		 94 aa  97.1  8e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00204011  normal  0.390975 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  52.81 
 
 		 90 aa  96.7  9e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1290  nucleoid protein Hbs  55.17 
 
 		 91 aa  96.3  1e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00000854913  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1175  histone-like DNA-binding protein  56.32 
 
 		 91 aa  96.3  1e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000000211181  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0860  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 		 90 aa  96.7  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0124999  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1181  histone family protein DNA-binding protein  50.56 
 
 		 92 aa  96.3  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.42545  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23600  histone-like DNA-binding protein  53.93 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0822  DNA-binding protein HU-beta  55.06 
 
 		 98 aa  95.5  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.172487  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0135  histone family protein DNA-binding protein  55.06 
 
 		 91 aa  95.9  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267128  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4407  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 		 94 aa  95.5  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000192025  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1926  histone family protein DNA-binding protein  50.56 
 
 		 92 aa  95.9  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000201993  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_28  DNA-binding protein HU-alpha  53.93 
 
 		 91 aa  95.5  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1538  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 91 aa  95.5  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000676058  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0532  histone-like protein  55.06 
 
 		 94 aa  95.9  2e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0115  histone family protein DNA-binding protein  50.55 
 
 		 95 aa  95.1  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.552761  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0070  nucleoid protein Hbs  46.07 
 
 		 92 aa  95.1  3e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0240129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2053  nucleoid protein HU beta subunit  53.93 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000457213  normal  0.0670315 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3493  DNA-binding protein HU  53.93 
 
 		 90 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.175993  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41210  DNA-binding protein HU  53.93 
 
 		 90 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0758892  normal  0.416187 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0074  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  94.4  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000000481156  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1275  histone family protein DNA-binding protein  54.02 
 
 		 91 aa  94.7  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000292942  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3008  histone family protein DNA-binding protein  54.02 
 
 		 91 aa  94.4  5e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.341575 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  51.69 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2658  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000180426  normal  0.730265 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>