More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8149 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  100 
 
 
266 aa  525  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.51 
 
 
267 aa  192  4e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  37.85 
 
 
273 aa  169  5e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8156  ABC transporter  38.33 
 
 
264 aa  168  9e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  37.45 
 
 
273 aa  167  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.93 
 
 
282 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.66 
 
 
264 aa  167  2e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.93 
 
 
282 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 
275 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  36.93 
 
 
282 aa  167  2e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1063  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.49 
 
 
258 aa  167  2e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000694719  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.87 
 
 
256 aa  167  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1928  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.45 
 
 
259 aa  167  2e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.420428  hitchhiker  0.000000201518 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0237  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  37.75 
 
 
276 aa  166  4e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.78 
 
 
256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.4 
 
 
275 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1847  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.3 
 
 
254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0489966  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2866  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  39.43 
 
 
257 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  40.17 
 
 
256 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  40.17 
 
 
256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  38.59 
 
 
288 aa  161  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  36.32 
 
 
264 aa  161  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  35.39 
 
 
266 aa  161  1e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.74 
 
 
261 aa  160  2e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.260601  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  39.56 
 
 
244 aa  160  3e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 
268 aa  159  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.303148  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1637  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  42.11 
 
 
268 aa  160  3e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  34.75 
 
 
266 aa  160  3e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.29 
 
 
265 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.98 
 
 
266 aa  159  5e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.62 
 
 
264 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.98 
 
 
266 aa  159  5e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  35.62 
 
 
264 aa  158  8e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
272 aa  158  8e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
272 aa  158  8e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  35.83 
 
 
271 aa  158  8e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1479  ABC transporter, permease protein  33.89 
 
 
260 aa  158  9e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0195961  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.57 
 
 
266 aa  158  1e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  34.57 
 
 
266 aa  158  1e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  34.57 
 
 
266 aa  158  1e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  34.57 
 
 
266 aa  158  1e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  34.57 
 
 
266 aa  158  1e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.57 
 
 
266 aa  158  1e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01122  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  40 
 
 
264 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2523  Ornithine carbamoyltransferase  40 
 
 
264 aa  157  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000122553  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2201  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  40 
 
 
264 aa  157  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381737  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1244  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  40 
 
 
264 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0760675  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01130  hypothetical protein  40 
 
 
264 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1247  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  40 
 
 
264 aa  157  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0802676  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2002  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  40 
 
 
264 aa  157  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.818334 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0343  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.08 
 
 
256 aa  157  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2479  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  40 
 
 
264 aa  157  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0237436  normal  0.58915 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1502  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  40 
 
 
264 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000827524  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1961  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.83 
 
 
259 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1323  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.83 
 
 
259 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00883478 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2145  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.83 
 
 
259 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00722859 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1338  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.83 
 
 
259 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.116682 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1300  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.83 
 
 
259 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.715844 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1037  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  39.21 
 
 
256 aa  156  4e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000490693  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.85 
 
 
268 aa  156  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.344703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
264 aa  155  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.47 
 
 
275 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1405  ornithine carbamoyltransferase  37.34 
 
 
256 aa  154  1e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.386311  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2993  ornithine carbamoyltransferase  38.43 
 
 
279 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.62 
 
 
272 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  38.39 
 
 
256 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.89 
 
 
275 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.43 
 
 
273 aa  153  2e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  35.22 
 
 
273 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  38.39 
 
 
256 aa  153  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.89 
 
 
275 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.91 
 
 
264 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.533361  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0870  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  40.17 
 
 
270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.41546  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3520  ornithine carbamoyltransferase  35.77 
 
 
272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.238195 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 
273 aa  153  4e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
278 aa  152  4e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  36.93 
 
 
256 aa  152  4e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  36.14 
 
 
293 aa  152  5e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1012  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  38.72 
 
 
262 aa  152  7e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.783092  normal  0.343359 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.82 
 
 
272 aa  152  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.58 
 
 
284 aa  152  8e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.153237 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.08 
 
 
274 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  34.01 
 
 
272 aa  151  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
259 aa  150  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.958438 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1860  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  40.53 
 
 
258 aa  150  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.165984  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.17 
 
 
282 aa  151  1e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3018  ornithine carbamoyltransferase  37.6 
 
 
279 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2145  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  40.97 
 
 
258 aa  151  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
279 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
279 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.26863  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.75 
 
 
264 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.334886  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1159  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  37.56 
 
 
255 aa  150  2e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000268862  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3046  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
279 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.2 
 
 
264 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2908  ornithine carbamoyltransferase  37.19 
 
 
279 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.98 
 
 
266 aa  149  4e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
272 aa  149  4e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  37.4 
 
 
259 aa  149  5e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  37.4 
 
 
259 aa  149  5e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.65 
 
 
264 aa  149  5e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>