More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8145 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8145  transcriptional regulator IclR family  100 
 
 		 271 aa  550  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.122254  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4440  regulatory protein IclR  54.18 
 
 		 276 aa  262  3e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3204  IclR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 275 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2525  transcriptional regulator, IclR family  45 
 
 		 279 aa  209  4e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3948  IclR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 288 aa  209  6e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.026727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2336  regulatory proteins, IclR  45.42 
 
 		 279 aa  208  8e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.477637  normal  0.60997 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4432  transcriptional regulator, IclR family  43.09 
 
 		 292 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.560872  normal  0.259471 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0751  IclR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 292 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5057  IclR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 292 aa  202  5e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.864293  normal  0.0584294 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0309  transcriptional regulator, IclR family  41.8 
 
 		 286 aa  201  9e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4726  IclR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 300 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3637  IclR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 300 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0792944  normal  0.338947 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6631  IclR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 281 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000095727  normal  0.978308 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0890  IclR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 304 aa  199  5e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5378  IclR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 295 aa  198  7e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.60703 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3542  IclR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 295 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6503  IclR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 272 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8178  Transcriptional regulator  29.88 
 
 		 255 aa  122  8e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340255  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4127  IclR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 273 aa  113  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0121119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3321  transcriptional regulator, IclR family  35.37 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0186986  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3971  IclR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 301 aa  112  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.306814 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5934  regulatory protein, IclR  29.53 
 
 		 266 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1602  IclR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 270 aa  108  6e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0043  IclR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 257 aa  108  8.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4612  IclR family transcriptional regulator family  32.16 
 
 		 285 aa  106  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2518  regulatory proteins, IclR  30.4 
 
 		 289 aa  103  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4627  regulatory protein, IclR  31.5 
 
 		 285 aa  102  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3080  transcriptional regulator, IclR family  31.2 
 
 		 281 aa  101  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3613  IclR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 277 aa  100  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.446688  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0492  IclR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 302 aa  95.5  7e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4007  regulatory proteins, IclR  32.44 
 
 		 284 aa  94.4  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.556635  normal  0.160787 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3889  IclR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 272 aa  93.6  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0650  transcriptional regulator, IclR family  30.17 
 
 		 263 aa  92  8e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6293  IclR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 261 aa  91.7  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2404  regulatory proteins, IclR  29.88 
 
 		 275 aa  90.5  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.187611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4262  IclR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 269 aa  88.6  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647357 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  29.41 
 
 		 256 aa  87  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2369  IclR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 280 aa  86.7  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  27.17 
 
 		 259 aa  86.3  5e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2470  regulatory protein IclR  26.67 
 
 		 251 aa  86.3  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1440  regulatory protein IclR  29.8 
 
 		 282 aa  85.5  8e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21696  hitchhiker  0.00000381695 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3646  regulatory proteins, IclR  28.87 
 
 		 290 aa  85.5  8e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.146273 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  27.73 
 
 		 261 aa  84  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3345  regulatory protein, IclR  28.64 
 
 		 269 aa  83.2  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1018  transcriptional regulator, IclR family  28.44 
 
 		 257 aa  80.9  0.00000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.142974  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 272 aa  80.9  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4894  regulatory proteins, IclR  28.63 
 
 		 253 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2335  transcriptional regulator, IclR family  28.51 
 
 		 249 aa  79.7  0.00000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  27.48 
 
 		 263 aa  79  0.00000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2805  regulatory protein IclR  31.91 
 
 		 302 aa  78.2  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.841401 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4820  transcriptional regulator, IclR family  27.9 
 
 		 279 aa  78.2  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0399  IclR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 255 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.425473  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1826  IclR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 255 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0497  IclR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8163  transcriptional regulator IclR family  27.98 
 
 		 249 aa  77.4  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0684047  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2872  transcriptional regulator, IclR family  27.85 
 
 		 255 aa  77  0.0000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  29.32 
 
 		 256 aa  77  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 268 aa  76.6  0.0000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0769  IclR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 260 aa  75.9  0.0000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0526753  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1885  IclR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 249 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  26.72 
 
 		 263 aa  75.5  0.0000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  27.95 
 
 		 290 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.72 
 
 		 263 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0813  IclR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 255 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 263 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1477  IclR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 255 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3857  transcriptional regulator, IclR family  28.87 
 
 		 287 aa  74.7  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  26.72 
 
 		 263 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  26.72 
 
 		 263 aa  75.5  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  26.72 
 
 		 263 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  26.72 
 
 		 263 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  26.72 
 
 		 263 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2130  IclR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 255 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.671477  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5545  regulatory protein, IclR  27.73 
 
 		 251 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2316  IclR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 246 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.812394  normal  0.959704 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  25.95 
 
 		 263 aa  73.9  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  26.72 
 
 		 263 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23190  putative transcriptional regulator  30.65 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00144138 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6282  regulatory protein, IclR  25.82 
 
 		 255 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.302936  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2885  IclR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  27.02 
 
 		 253 aa  73.9  0.000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  28.57 
 
 		 262 aa  73.2  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5543  regulatory protein, IclR  29.73 
 
 		 241 aa  72.8  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.452687  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1239  IclR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 252 aa  72.4  0.000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0796  IclR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 268 aa  72  0.000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5758  IclR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 292 aa  72  0.000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3974  transcriptional regulator, IclR family  28.52 
 
 		 266 aa  72  0.000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.482822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1993  IclR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 264 aa  72  0.000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.321176  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  26.34 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4374  transcriptional regulator, IclR family  24.29 
 
 		 250 aa  70.9  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0433228  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  27.76 
 
 		 254 aa  70.5  0.00000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 263 aa  70.5  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0283  IclR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 257 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5383  IclR family transcriptional regulator family  28.86 
 
 		 268 aa  69.7  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.388953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  28.98 
 
 		 269 aa  69.7  0.00000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0813  transcriptional regulator, IclR family  24.6 
 
 		 249 aa  69.7  0.00000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.225314  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  25.95 
 
 		 263 aa  68.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  25.95 
 
 		 263 aa  68.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4081  IclR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 291 aa  68.9  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  25.95 
 
 		 263 aa  68.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>