More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8178 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8178  Transcriptional regulator  100 
 
 		 255 aa  514  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340255  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4440  regulatory protein IclR  31.73 
 
 		 276 aa  136  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6503  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 272 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2525  transcriptional regulator, IclR family  32.1 
 
 		 279 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3204  IclR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2336  regulatory proteins, IclR  31.17 
 
 		 279 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.477637  normal  0.60997 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0751  IclR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 292 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4432  transcriptional regulator, IclR family  29.27 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.560872  normal  0.259471 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6631  IclR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 281 aa  125  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000095727  normal  0.978308 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0890  IclR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8145  transcriptional regulator IclR family  29.88 
 
 		 271 aa  122  7e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.122254  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0309  transcriptional regulator, IclR family  28.87 
 
 		 286 aa  119  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4726  IclR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3637  IclR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0792944  normal  0.338947 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5057  IclR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 292 aa  116  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.864293  normal  0.0584294 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3948  IclR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 288 aa  116  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.026727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5378  IclR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 295 aa  116  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.60703 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3542  IclR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1602  IclR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 270 aa  114  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4127  IclR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 273 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0121119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3080  transcriptional regulator, IclR family  29.41 
 
 		 281 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6293  IclR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 261 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5934  regulatory protein, IclR  24.3 
 
 		 266 aa  98.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3613  IclR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 277 aa  97.8  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.446688  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2404  regulatory proteins, IclR  25.62 
 
 		 275 aa  96.3  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.187611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3646  regulatory proteins, IclR  29.8 
 
 		 290 aa  94.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.146273 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6282  regulatory protein, IclR  29.55 
 
 		 255 aa  93.6  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.302936  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4262  IclR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 269 aa  92  8e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647357 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2518  regulatory proteins, IclR  25.61 
 
 		 289 aa  91.7  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0840  IclR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 271 aa  89.7  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0889831 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2470  regulatory protein IclR  27.23 
 
 		 251 aa  89.7  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2997  transcriptional regulator, IclR family  22.13 
 
 		 249 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000293237  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3033  IclR family transcriptional regulator  22.55 
 
 		 249 aa  85.5  7e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000487376  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3031  transcriptional regulator, IclR family  22.55 
 
 		 249 aa  85.5  7e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000276549  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2715  IclR family transcriptional regulator  22.55 
 
 		 249 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000240532  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2734  IclR family transcriptional regulator  22.13 
 
 		 249 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  7.16584e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2785  IclR family transcriptional regulator  22.13 
 
 		 249 aa  82.8  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253598  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2997  IclR family transcriptional regulator  22.13 
 
 		 249 aa  82.8  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000512601  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2995  transcriptional regulator, IclR family  22.13 
 
 		 249 aa  82.4  0.000000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.71341e-17 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2248  transcriptional regulator, IclR family  21.7 
 
 		 249 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000546627  hitchhiker  0.000278056 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2324  regulatory protein IclR  22.94 
 
 		 250 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000642248  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2369  IclR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 280 aa  80.5  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3971  IclR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 301 aa  78.6  0.00000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.306814 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 262 aa  78.2  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3321  transcriptional regulator, IclR family  27.23 
 
 		 289 aa  78.6  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0186986  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1795  IclR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 271 aa  77.4  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0248874  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6032  IclR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 279 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0492  IclR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2805  regulatory protein IclR  27.67 
 
 		 302 aa  75.5  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.841401 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  23.61 
 
 		 261 aa  75.5  0.0000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1186  transcriptional regulator, IclR family  23.68 
 
 		 264 aa  74.3  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134584  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 263 aa  74.3  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4894  regulatory proteins, IclR  29.02 
 
 		 253 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0179  IclR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0043  IclR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 257 aa  73.6  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4411  regulatory proteins, IclR  27.88 
 
 		 267 aa  73.6  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.547579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  22.91 
 
 		 261 aa  73.2  0.000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3884  transcriptional regulator, IclR family  24.57 
 
 		 272 aa  72.8  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0650  transcriptional regulator, IclR family  24.51 
 
 		 263 aa  72.8  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3687  transcriptional regulator, IclR family  24.57 
 
 		 272 aa  72.4  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1440  regulatory protein IclR  24.5 
 
 		 282 aa  72.4  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21696  hitchhiker  0.00000381695 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  26.24 
 
 		 254 aa  72.4  0.000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5123  transcriptional regulator, IclR family  27.47 
 
 		 255 aa  72.4  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2503  regulatory proteins, IclR  24.8 
 
 		 262 aa  72  0.000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7063  transcriptional regulator, IclR family  25.37 
 
 		 294 aa  72  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2216  regulatory proteins, IclR  24.09 
 
 		 250 aa  71.6  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.108456  normal  0.474426 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  21.4 
 
 		 256 aa  71.2  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3857  transcriptional regulator, IclR family  24.27 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8163  transcriptional regulator IclR family  25 
 
 		 249 aa  70.5  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0684047  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 272 aa  70.1  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4818  regulatory proteins, IclR  27.16 
 
 		 279 aa  70.1  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.189718  normal  0.313773 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2466  IclR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 262 aa  69.7  0.00000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2511  regulatory proteins, IclR  24.39 
 
 		 262 aa  69.7  0.00000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.433919 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  28.26 
 
 		 276 aa  69.3  0.00000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  25.52 
 
 		 290 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1796  IclR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 246 aa  69.3  0.00000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.043994  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4081  IclR family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 291 aa  68.9  0.00000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1583  IclR-type transcriptional regulator  23.31 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4237  IclR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 286 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  23.77 
 
 		 265 aa  67  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3889  IclR family transcriptional regulator  23.01 
 
 		 272 aa  67  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7726  IclR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 261 aa  66.6  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2335  transcriptional regulator, IclR family  25.35 
 
 		 249 aa  67  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  24.79 
 
 		 259 aa  66.2  0.0000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7055  transcriptional regulator, IclR family  25.87 
 
 		 324 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.444053  normal  0.38621 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0171  IclR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 324 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3928  IclR family transcriptional regulator  23.45 
 
 		 272 aa  65.5  0.0000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 267 aa  65.5  0.0000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  24.08 
 
 		 257 aa  65.5  0.0000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  24.59 
 
 		 258 aa  64.7  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3087  transcriptional regulator, TrmB  27.71 
 
 		 267 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.515072  normal  0.390338 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0373  IclR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 275 aa  64.7  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1092  IclR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 257 aa  64.3  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0515709 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3492  regulatory proteins, IclR  25 
 
 		 258 aa  64.3  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  23.72 
 
 		 254 aa  64.3  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6634  IclR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 283 aa  63.9  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0992864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4229  IclR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 318 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.423697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0668  regulatory proteins, IclR  24.64 
 
 		 242 aa  63.2  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0128525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5545  regulatory protein, IclR  25.82 
 
 		 251 aa  63.2  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>