More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4818 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4818  regulatory proteins, IclR  100 
 
 		 279 aa  526  1e-148  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.189718  normal  0.313773 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1440  regulatory protein IclR  53.01 
 
 		 282 aa  237  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21696  hitchhiker  0.00000381695 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3080  transcriptional regulator, IclR family  45.56 
 
 		 281 aa  211  7e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2805  regulatory protein IclR  51.72 
 
 		 302 aa  202  4e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.841401 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6076  transcriptional regulator, IclR family  46.33 
 
 		 286 aa  201  8e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3613  IclR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 277 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.446688  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0492  IclR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 302 aa  175  6e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4894  regulatory proteins, IclR  42.67 
 
 		 253 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3646  regulatory proteins, IclR  42.25 
 
 		 290 aa  168  9e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.146273 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0650  transcriptional regulator, IclR family  41.67 
 
 		 263 aa  165  6.9999999999999995e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2369  IclR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 280 aa  150  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4127  IclR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 273 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0121119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0840  IclR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0889831 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3971  IclR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 301 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.306814 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2525  transcriptional regulator, IclR family  36.08 
 
 		 279 aa  135  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0043  IclR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 257 aa  134  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3321  transcriptional regulator, IclR family  38.11 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0186986  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3204  IclR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 275 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2336  regulatory proteins, IclR  35.55 
 
 		 279 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.477637  normal  0.60997 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1602  IclR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 270 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2404  regulatory proteins, IclR  36.25 
 
 		 275 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.187611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4440  regulatory protein IclR  33.33 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3948  IclR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 288 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.026727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5378  IclR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 295 aa  122  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.60703 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3542  IclR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 295 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4726  IclR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3637  IclR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0792944  normal  0.338947 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5057  IclR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.864293  normal  0.0584294 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0309  transcriptional regulator, IclR family  33.98 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0890  IclR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2518  regulatory proteins, IclR  34.19 
 
 		 289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5934  regulatory protein, IclR  31.23 
 
 		 266 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6631  IclR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 281 aa  119  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000095727  normal  0.978308 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6503  IclR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 272 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3889  IclR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 272 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4262  IclR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 269 aa  113  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647357 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6293  IclR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 261 aa  112  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0751  IclR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 292 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4432  transcriptional regulator, IclR family  31.6 
 
 		 292 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.560872  normal  0.259471 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6282  regulatory protein, IclR  34.14 
 
 		 255 aa  105  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.302936  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4627  regulatory protein, IclR  35.62 
 
 		 285 aa  100  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1477  IclR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 255 aa  99.8  5e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2130  IclR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 255 aa  99.8  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.671477  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0813  IclR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 255 aa  99.8  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4612  IclR family transcriptional regulator family  36.2 
 
 		 285 aa  98.2  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4007  regulatory proteins, IclR  35.37 
 
 		 284 aa  97.8  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.556635  normal  0.160787 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0283  IclR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 257 aa  96.3  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0497  IclR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 255 aa  95.5  8e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1826  IclR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 255 aa  95.5  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0399  IclR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 255 aa  95.5  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.425473  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2734  IclR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 249 aa  94  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  7.16584e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2997  transcriptional regulator, IclR family  25.7 
 
 		 249 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000293237  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2324  regulatory protein IclR  28.76 
 
 		 250 aa  93.2  4e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000642248  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3031  transcriptional regulator, IclR family  26.51 
 
 		 249 aa  93.2  4e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000276549  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3033  IclR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 249 aa  92.8  5e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000487376  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2785  IclR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 249 aa  92.8  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253598  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2997  IclR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 249 aa  92.8  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000512601  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2715  IclR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 249 aa  92  8e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000240532  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2995  transcriptional regulator, IclR family  25.7 
 
 		 249 aa  92.4  8e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.71341e-17 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8178  Transcriptional regulator  26.8 
 
 		 255 aa  90.9  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340255  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2248  transcriptional regulator, IclR family  24.9 
 
 		 249 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000546627  hitchhiker  0.000278056 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8145  transcriptional regulator IclR family  30.12 
 
 		 271 aa  85.9  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.122254  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0905  regulatory proteins, IclR  33.2 
 
 		 241 aa  84  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.712353  normal  0.790003 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4464  regulatory protein, IclR  32.13 
 
 		 247 aa  82.4  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2470  regulatory protein IclR  29.25 
 
 		 251 aa  80.9  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  32.74 
 
 		 251 aa  78.2  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1720  IclR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.078554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  30.96 
 
 		 279 aa  77.8  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  33.77 
 
 		 276 aa  77  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1841  IclR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 261 aa  77  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5943  transcriptional regulator, IclR family  35.06 
 
 		 257 aa  77  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0160  transcriptional regulator, IclR family  32.76 
 
 		 244 aa  76.3  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  25.86 
 
 		 256 aa  75.5  0.0000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  27.44 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  27.44 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  27.44 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1550  IclR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 276 aa  73.2  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  27.44 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3031  regulatory protein, IclR  29.49 
 
 		 276 aa  73.6  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  27.44 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  27.44 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  27.44 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  27.44 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3039  IclR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 249 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1272  IclR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 249 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  26.32 
 
 		 261 aa  72.8  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1950  IclR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 249 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.400846  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2914  IclR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 249 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2234  IclR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 249 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2228  IclR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 249 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.713006  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0967  IclR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 249 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.225684  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1253  IclR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 249 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6634  IclR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 283 aa  72.4  0.000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0992864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4142  putative IclR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 258 aa  72.4  0.000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000218071  normal  0.711685 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0202  regulatory proteins, IclR  29.49 
 
 		 276 aa  72.4  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0652  IclR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 246 aa  72  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1774  IclR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 246 aa  72  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.227269  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0811  IclR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 246 aa  72  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7060  IclR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 280 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.579294  normal  0.280018 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  27.69 
 
 		 280 aa  70.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>