More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0886 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  100 
 
 
280 aa  573  1.0000000000000001e-163  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  45.32 
 
 
273 aa  250  2e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3307  IclR family transcriptional regulator  46.42 
 
 
269 aa  239  5e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2698  IclR family transcriptional regulator  45.66 
 
 
280 aa  238  8e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.505501  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6211  IclR family transcriptional regulator  48.09 
 
 
282 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.253024 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  42.97 
 
 
295 aa  231  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  45.15 
 
 
284 aa  228  9e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  49.59 
 
 
279 aa  226  4e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3031  regulatory protein, IclR  42.86 
 
 
276 aa  218  7e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  42.59 
 
 
273 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0202  regulatory proteins, IclR  41.35 
 
 
276 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1550  IclR family transcriptional regulator  41.35 
 
 
276 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  41.13 
 
 
275 aa  204  2e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  41.85 
 
 
274 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4597  transcriptional repressor IclR  41.85 
 
 
274 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4399  transcriptional repressor IclR  41.85 
 
 
274 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241135  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  41.85 
 
 
274 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4434  transcriptional repressor IclR  41.85 
 
 
274 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  40.74 
 
 
274 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  40.74 
 
 
274 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  40.74 
 
 
274 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  40.74 
 
 
274 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  40.74 
 
 
274 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  40.74 
 
 
274 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  40.74 
 
 
274 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  40.74 
 
 
274 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
284 aa  194  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  37.78 
 
 
277 aa  192  4e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  38.24 
 
 
276 aa  192  5e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0221  transcriptional repressor IclR  42.57 
 
 
275 aa  192  7e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0850662 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00456  DNA-binding transcriptional repressor  38.78 
 
 
271 aa  188  8e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.832726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3106  transcriptional regulator, IclR family  38.78 
 
 
271 aa  188  8e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0580  DNA-binding transcriptional repressor AllR  38.78 
 
 
271 aa  188  8e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3116  DNA-binding transcriptional repressor AllR  38.78 
 
 
271 aa  188  8e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.129581 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00461  hypothetical protein  38.78 
 
 
271 aa  188  8e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  37.5 
 
 
280 aa  188  8e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0543  DNA-binding transcriptional repressor AllR  38.78 
 
 
271 aa  188  8e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  37.5 
 
 
280 aa  188  8e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  38.75 
 
 
277 aa  188  8e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  37.5 
 
 
280 aa  188  8e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  38.89 
 
 
277 aa  186  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0440  DNA-binding transcriptional repressor AllR  38.4 
 
 
271 aa  186  3e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0717823  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  39.19 
 
 
276 aa  186  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0607  DNA-binding transcriptional repressor AllR  38.78 
 
 
256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0549  DNA-binding transcriptional repressor AllR  38.78 
 
 
256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0115  transcriptional regulator, IclR family  37.2 
 
 
279 aa  175  7e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  35.92 
 
 
265 aa  174  9.999999999999999e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
276 aa  172  6.999999999999999e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  34.52 
 
 
277 aa  163  3e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  32.68 
 
 
259 aa  163  4.0000000000000004e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  33.47 
 
 
263 aa  160  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0563  DNA-binding transcriptional repressor AllR  35.58 
 
 
272 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0481  transcriptional regulator IclR  35.29 
 
 
284 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0565  DNA-binding transcriptional repressor AllR  35.58 
 
 
272 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.988218 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0624  DNA-binding transcriptional repressor AllR  35.58 
 
 
272 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0570  DNA-binding transcriptional repressor AllR  35.58 
 
 
272 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  35.89 
 
 
256 aa  160  3e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  31.47 
 
 
263 aa  157  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.55 
 
 
263 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  32.55 
 
 
263 aa  157  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
263 aa  157  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  32.55 
 
 
263 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  32.55 
 
 
263 aa  157  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  32.55 
 
 
263 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  32.55 
 
 
263 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
268 aa  157  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
267 aa  155  5.0000000000000005e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  32.55 
 
 
263 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  32.67 
 
 
263 aa  155  6e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  31.87 
 
 
263 aa  154  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
263 aa  154  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  30.89 
 
 
257 aa  152  7e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  32.16 
 
 
263 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  32.16 
 
 
263 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  32.16 
 
 
263 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  32.16 
 
 
263 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  32.16 
 
 
263 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
263 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  32.27 
 
 
263 aa  150  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  32.27 
 
 
263 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  30.68 
 
 
263 aa  150  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1841  IclR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
261 aa  150  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
260 aa  149  5e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  31.35 
 
 
262 aa  147  3e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  34.41 
 
 
260 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  34.84 
 
 
283 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  25.5 
 
 
256 aa  143  4e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1249  transcriptional regulator, IclR family  37.55 
 
 
262 aa  142  7e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.775121  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2510  transcriptional regulator, IclR family  32.74 
 
 
308 aa  142  9e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00153166  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4374  transcriptional regulator, IclR family  33.05 
 
 
250 aa  141  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0433228  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  30.93 
 
 
260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  30.86 
 
 
260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5758  IclR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  31.45 
 
 
261 aa  140  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  29.74 
 
 
290 aa  139  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  30.97 
 
 
254 aa  139  3.9999999999999997e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  28.51 
 
 
265 aa  139  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  29.44 
 
 
252 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  30.51 
 
 
260 aa  138  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3711  transcriptional regulator, IclR family  36.73 
 
 
257 aa  137  2e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.498866 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>