More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_3884 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3884  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 
272 aa  565  1e-160  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3687  transcriptional regulator, IclR family  99.26 
 
 
272 aa  560  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3928  IclR family transcriptional regulator  91.18 
 
 
272 aa  503  1e-141  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0136  transcriptional regulator, IclR family  75.19 
 
 
282 aa  431  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3990  hth-type tranScriptional regulator yiaj  76.63 
 
 
266 aa  431  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.776659  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3897  IclR family transcriptional regulator  75.19 
 
 
282 aa  431  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0140  IclR family transcriptional regulator  75.19 
 
 
282 aa  431  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3881  hth-type tranScriptional regulator yiaj  76.63 
 
 
266 aa  431  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4051  HTH-type transcriptional regulator YiaJ  76.63 
 
 
266 aa  431  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.726111 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3945  HTH-type transcriptional regulator YiaJ  76.63 
 
 
266 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.650339 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03426  predicted DNA-binding transcriptional repressor  75.19 
 
 
282 aa  430  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3865  HTH-type transcriptional regulator  76.63 
 
 
266 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03377  hypothetical protein  75.19 
 
 
282 aa  430  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3778  IclR family transcriptional regulator  76.36 
 
 
270 aa  427  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4071  IclR family transcriptional regulator  75.97 
 
 
270 aa  424  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3948  transcriptional regulator, IclR family  75.97 
 
 
270 aa  423  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0516  transcriptional regulator, IclR family  75.56 
 
 
272 aa  421  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0758  IclR family transcriptional regulator  58.85 
 
 
262 aa  310  2e-83  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00765311  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3614  transcriptional regulator, IclR family  57.31 
 
 
268 aa  293  2e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.149687  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0668  transcriptional regulator, IclR family  37.1 
 
 
257 aa  163  3e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000062061  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  35.32 
 
 
259 aa  144  2e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  33.6 
 
 
261 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  32.28 
 
 
284 aa  140  3e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
262 aa  138  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  32.13 
 
 
256 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  33.33 
 
 
256 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  32.3 
 
 
280 aa  134  9.999999999999999e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1946  transcriptional regulator, IclR family  35.55 
 
 
270 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1776  IclR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
270 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2099  IclR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
257 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.734801  normal  0.3554 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2324  IclR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
259 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0866935  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3106  IclR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
270 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.184655 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4860  IclR family transcriptional regulator  33.08 
 
 
274 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4923  regulatory proteins, IclR  32.72 
 
 
266 aa  129  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.877822  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2886  IclR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
256 aa  129  6e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.187395 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1723  regulatory proteins, IclR  34.65 
 
 
259 aa  128  8.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.270095  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1309  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
262 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0050  IclR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
257 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.676674 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  31.52 
 
 
257 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3624  regulatory proteins, IclR  34.88 
 
 
286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  29.72 
 
 
257 aa  126  3e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  31.98 
 
 
254 aa  126  5e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2347  IclR family transcriptional regulator  33.46 
 
 
263 aa  125  7e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  30 
 
 
272 aa  125  8.000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  28.51 
 
 
252 aa  125  8.000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  32.54 
 
 
276 aa  125  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1608  transcriptional regulator, IclR family  33.07 
 
 
265 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0247666  normal  0.511449 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1936  transcriptional regulator, IclR family  33.07 
 
 
265 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00885833 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  33.06 
 
 
267 aa  124  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0740  regulatory protein IclR  34.25 
 
 
277 aa  124  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  32.77 
 
 
255 aa  123  3e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1610  transcription regulator protein  32.27 
 
 
266 aa  123  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5478  transcriptional regulator, IclR family  34.12 
 
 
249 aa  122  4e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0340  IclR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
260 aa  123  4e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  27.44 
 
 
263 aa  122  5e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3087  transcriptional regulator, TrmB  30.53 
 
 
267 aa  122  5e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.515072  normal  0.390338 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1205  IclR family transcriptional regulator  31.87 
 
 
261 aa  122  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0230361  normal  0.161906 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2376  transcriptional regulator, IclR family  32.4 
 
 
281 aa  122  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.157038  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  30 
 
 
260 aa  122  8e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7726  IclR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
261 aa  122  8e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  31.91 
 
 
262 aa  122  8e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.82 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  29.82 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  31.2 
 
 
274 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  29.82 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  31.2 
 
 
274 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  31.2 
 
 
274 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1714  IclR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
270 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.760018  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  32.4 
 
 
280 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0668  regulatory proteins, IclR  27.64 
 
 
242 aa  121  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0128525  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  32.4 
 
 
280 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  31.2 
 
 
274 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  31.85 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  31.2 
 
 
274 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  28.92 
 
 
276 aa  121  9.999999999999999e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  29.82 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  29.82 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  29.82 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  32.4 
 
 
280 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  30 
 
 
260 aa  121  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  31.2 
 
 
274 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2223  IclR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
270 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3097  IclR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
270 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.070392  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  31.2 
 
 
274 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1495  IclR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
270 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.684109  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  31.2 
 
 
274 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2739  IclR regulatory protein  32.67 
 
 
270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1869  IclR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32806  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  30.53 
 
 
277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0221  transcriptional repressor IclR  31.2 
 
 
275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2606  IclR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.339666  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2661  IclR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  29.82 
 
 
263 aa  120  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  30.26 
 
 
263 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  30.26 
 
 
263 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1465  IclR family transcriptional regulator  32 
 
 
268 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0393345  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51350  transcriptional regulator protein DgoR  32.43 
 
 
261 aa  120  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  30.26 
 
 
263 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>