More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4280 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  100 
 
 		 254 aa  516  1.0000000000000001e-145  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4433  regulatory proteins, IclR  56.52 
 
 		 254 aa  303  1.0000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3676  IclR family transcriptional regulator  49.4 
 
 		 260 aa  246  2e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5946  IclR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 266 aa  192  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0800  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 260 aa  192  6e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3835  transcriptional regulator, IclR family  42.11 
 
 		 271 aa  185  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.790714  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4215  transcriptional regulator, IclR family  38.4 
 
 		 258 aa  181  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.0022938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4595  IclR family transcriptional regulator  41 
 
 		 257 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4381  transcriptional regulator, IclR family  39.66 
 
 		 254 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6219  IclR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 254 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0868  IclR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 252 aa  172  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0700  IclR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 254 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.456524  decreased coverage  0.00240678 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13880  transcriptional regulatory protein, IclR family  39.58 
 
 		 267 aa  168  7e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176969  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4864  transcriptional regulator IclR  39.06 
 
 		 254 aa  167  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.727357  normal  0.5186 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4529  IclR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 273 aa  167  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.143169 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2006  IclR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 274 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0417  IclR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0284942  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1433  IclR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 255 aa  162  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3826  transcriptional regulator, IclR family  36.76 
 
 		 278 aa  159  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4000  regulatory proteins, IclR  36.33 
 
 		 294 aa  159  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.198619  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3754  regulatory protein, IclR  37.93 
 
 		 275 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0696  IclR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 250 aa  157  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.32521  hitchhiker  0.00513536 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4375  transcriptional regulator, IclR family  35.68 
 
 		 250 aa  156  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3350  transcriptional regulator IclR  37.76 
 
 		 260 aa  156  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.618767 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0296  transcriptional regulator IclR-like protein  35.2 
 
 		 252 aa  155  8e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1998  IclR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 250 aa  153  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6211  IclR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0905  IclR family transcriptional regulator  36 
 
 		 252 aa  152  5.9999999999999996e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.818194  normal  0.447729 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6222  IclR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 269 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1993  IclR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 275 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.080856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0697  IclR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 293 aa  149  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.734635  decreased coverage  0.00216711 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1512  IclR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 252 aa  149  4e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.388908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4376  transcriptional regulator, IclR family  38.71 
 
 		 278 aa  148  8e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1785  IclR family transcriptional regulator  35 
 
 		 272 aa  145  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0108149 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  35.74 
 
 		 256 aa  145  9e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4954  transcriptional regulator, IclR family  34.02 
 
 		 265 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6149  IclR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.508102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4521  IclR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 299 aa  135  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.948737 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  29.08 
 
 		 254 aa  131  7.999999999999999e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 262 aa  129  5.0000000000000004e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3360  IclR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 261 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233757  normal  0.0607813 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3307  IclR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  31.8 
 
 		 246 aa  126  3e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 246 aa  126  3e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 267 aa  126  4.0000000000000003e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 272 aa  126  4.0000000000000003e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  31.82 
 
 		 255 aa  124  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  33.63 
 
 		 265 aa  123  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 260 aa  123  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2596  IclR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 256 aa  123  4e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2114  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  30.77 
 
 		 261 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.247685  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3839  IclR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 264 aa  122  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0797  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  30.77 
 
 		 261 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1491  IclR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 285 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5247  IclR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 262 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1811  IclR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 285 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0382  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  30.38 
 
 		 261 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3857  transcriptional regulator, IclR family  35.83 
 
 		 287 aa  121  9.999999999999999e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0480  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  30.38 
 
 		 261 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4901  IclR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 275 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.182359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2997  IclR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 275 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5369  IclR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 275 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  34.31 
 
 		 276 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4718  IclR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 254 aa  119  3e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3768  IclR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 274 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  36.07 
 
 		 279 aa  120  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 260 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4893  transcriptional regulator, IclR family  33.06 
 
 		 262 aa  119  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  33.04 
 
 		 275 aa  119  4.9999999999999996e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0262  IclR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 275 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1265  IclR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 280 aa  119  7e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2225  Transcriptional regulator IclR  36.53 
 
 		 249 aa  118  7e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1249  transcriptional regulator  32.2 
 
 		 271 aa  118  9e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.568713  normal  0.308528 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2127  IclR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 285 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2514  IclR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 277 aa  117  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4348  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  30.67 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.974938  normal  0.0336257 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1375  pca regulon regulatory protein  30.67 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.162445 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  32.23 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1993  IclR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.321176  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  31.53 
 
 		 280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2370  IclR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 268 aa  116  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4439  IclR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 291 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00103527 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  30.83 
 
 		 267 aa  116  3.9999999999999997e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0712  transcriptional regulator, IclR family  33.96 
 
 		 265 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.93668  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  30.88 
 
 		 257 aa  115  6.9999999999999995e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  33.2 
 
 		 248 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2174  IclR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 274 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.598148  normal  0.303207 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0198  Transcriptional regulator IclR  31.65 
 
 		 265 aa  114  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.101079  normal  0.134776 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2873  IclR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 269 aa  115  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.394804 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 261 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38230  Transcriptional regulator PcaR  31.12 
 
 		 279 aa  114  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6211  IclR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 282 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.253024 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0370  IclR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.470614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1015  IclR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608912  hitchhiker  0.00000271522 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  32.2 
 
 		 280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2510  transcriptional regulator, IclR family  33.63 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00153166  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3036  IclR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4081  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  113  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>