More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A1981 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  100 
 
 
263 aa  537  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  100 
 
 
263 aa  537  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  100 
 
 
263 aa  537  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  100 
 
 
263 aa  537  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  100 
 
 
263 aa  537  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  95.82 
 
 
263 aa  517  1e-146  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  95.82 
 
 
263 aa  517  1e-146  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  95.82 
 
 
263 aa  517  1e-146  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  95.82 
 
 
263 aa  517  1e-146  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  95.82 
 
 
263 aa  517  1e-146  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  95.82 
 
 
263 aa  517  1e-146  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  95.82 
 
 
263 aa  517  1e-146  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  95.44 
 
 
263 aa  514  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  93.16 
 
 
263 aa  501  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  88.21 
 
 
263 aa  476  1e-133  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  86.69 
 
 
263 aa  467  1.0000000000000001e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  86.69 
 
 
263 aa  466  9.999999999999999e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  85.93 
 
 
263 aa  461  1e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  85.17 
 
 
263 aa  458  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  85.17 
 
 
263 aa  458  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  84.79 
 
 
263 aa  456  1e-127  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  79.85 
 
 
263 aa  435  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  65.15 
 
 
265 aa  358  7e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  59.69 
 
 
290 aa  330  1e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5758  IclR family transcriptional regulator  58.14 
 
 
292 aa  325  5e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0779  transcriptional regulator IclR  58.69 
 
 
278 aa  312  3.9999999999999997e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  38.06 
 
 
256 aa  188  5.999999999999999e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  42.34 
 
 
268 aa  184  1.0000000000000001e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  39.36 
 
 
259 aa  183  3e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  41.7 
 
 
252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0309456 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  40.49 
 
 
252 aa  176  3e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  35.34 
 
 
261 aa  176  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  37.75 
 
 
257 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  36.84 
 
 
252 aa  171  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
276 aa  169  3e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
254 aa  167  2e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  36.44 
 
 
260 aa  165  9e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
260 aa  161  8.000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  34.87 
 
 
265 aa  160  2e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0668  transcriptional regulator, IclR family  35.71 
 
 
257 aa  160  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000062061  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  36.65 
 
 
272 aa  158  8e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
260 aa  156  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  34.26 
 
 
277 aa  155  6e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  36.09 
 
 
260 aa  155  7e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
267 aa  154  1e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1885  IclR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
249 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0569  transcriptional regulator, IclR family  34.39 
 
 
251 aa  151  1e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  33.33 
 
 
260 aa  151  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  32.16 
 
 
280 aa  151  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  32.02 
 
 
262 aa  151  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  34 
 
 
256 aa  150  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2510  transcriptional regulator, IclR family  35.4 
 
 
308 aa  150  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00153166  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
267 aa  149  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
261 aa  149  5e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3546  regulatory protein, IclR  34.94 
 
 
265 aa  149  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000366663  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
260 aa  149  6e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  32.93 
 
 
260 aa  148  8e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  34.4 
 
 
257 aa  148  9e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
260 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  34.41 
 
 
246 aa  146  3e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  34.41 
 
 
246 aa  146  3e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5478  transcriptional regulator, IclR family  35.84 
 
 
249 aa  146  4.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2335  transcriptional regulator, IclR family  34.02 
 
 
249 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  34.13 
 
 
280 aa  144  2e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  32.94 
 
 
290 aa  142  6e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  30.71 
 
 
295 aa  142  7e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1912  IclR family transcriptional regulator  33.88 
 
 
283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1166  IclR family transcriptional regulator  36.25 
 
 
271 aa  140  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0724  transcriptional regulator, IclR family  35.39 
 
 
246 aa  139  4.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0508551 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3109  IclR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
257 aa  139  6e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  29.96 
 
 
275 aa  138  8.999999999999999e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  35.48 
 
 
265 aa  137  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0370  IclR family transcriptional regulator  36.09 
 
 
265 aa  137  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.470614  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  31.08 
 
 
273 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  32.08 
 
 
279 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  38.39 
 
 
254 aa  137  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4383  IclR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
269 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0499083 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0612  transcriptional regulator IclR  33.49 
 
 
255 aa  136  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000145018 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1265  IclR family transcriptional regulator  34.77 
 
 
280 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5128  transcriptional regulator, IclR family  33.77 
 
 
251 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4887  transcriptional regulator, IclR family  35.4 
 
 
255 aa  134  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3829  transcriptional regulator, IclR family  35.59 
 
 
264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1249  transcriptional regulator, IclR family  34.94 
 
 
262 aa  133  3e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.775121  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2873  IclR family transcriptional regulator  32.28 
 
 
269 aa  133  3e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.394804 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
262 aa  132  3.9999999999999996e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1249  transcriptional regulator  31.47 
 
 
271 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.568713  normal  0.308528 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  30.83 
 
 
253 aa  132  3.9999999999999996e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  28.98 
 
 
273 aa  132  5e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1825  transcriptional regulator, IclR family  36.86 
 
 
266 aa  132  5e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.191409  normal  0.0157827 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3307  IclR family transcriptional regulator  27.24 
 
 
269 aa  132  5e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4439  IclR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
291 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00103527 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2308  transcriptional regulator, IclR family  32.03 
 
 
255 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4201  transcriptional regulator, IclR family  35.29 
 
 
254 aa  130  1.0000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.191751  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  31.64 
 
 
267 aa  131  1.0000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1604  IclR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
259 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379428  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  34.35 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1375  pca regulon regulatory protein  32.4 
 
 
291 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.162445 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4348  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  32.4 
 
 
291 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.974938  normal  0.0336257 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3839  IclR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
264 aa  130  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>