38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8074 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8074  transcriptional regulator  100 
 
 		 95 aa  192  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.725371  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3807  hypothetical protein  49.45 
 
 		 100 aa  98.6  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0895  putative transcriptional regulator  54.05 
 
 		 110 aa  90.5  8e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.652502  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2429  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 103 aa  85.9  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0636  transcriptional regulator  48.15 
 
 		 127 aa  78.2  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3798  helix-turn-helix domain-containing protein  51.39 
 
 		 123 aa  77.4  0.00000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000456685  hitchhiker  0.000109219 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2214  hypothetical protein  52.38 
 
 		 103 aa  75.1  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.351958 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3687  helix-turn-helix domain protein  46.75 
 
 		 103 aa  67  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1380  transcription regulator  35 
 
 		 100 aa  66.6  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000272076  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3625  helix-turn-helix domain protein  47.83 
 
 		 103 aa  66.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3673  helix-turn-helix domain-containing protein  46.38 
 
 		 103 aa  65.5  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0010  DNA-binding protein  37.97 
 
 		 99 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.713803 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0024  DNA-binding protein  37.97 
 
 		 99 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5283  hypothetical protein  44.16 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.488524  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0726  Cro/CI family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0718  Cro/CI family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0097  putative transcriptional regulator  37.63 
 
 		 114 aa  62.8  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3535  XRE family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 103 aa  61.6  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0986  helix-turn-helix domain protein  39.19 
 
 		 124 aa  59.7  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.85534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0665  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 100 aa  57.4  0.00000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 123 aa  56.2  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1480  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  49.06 
 
 		 92 aa  56.2  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.695506 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3835  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 100 aa  54.7  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0024  hypothetical protein  35.8 
 
 		 100 aa  54.7  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000416515  hitchhiker  0.00176167 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1457  putative transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 		 100 aa  54.7  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0521049  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2805  XRE family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 123 aa  54.7  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0569  helix-turn-helix domain-containing protein  45.45 
 
 		 263 aa  53.5  0.0000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009516  PsycPRwf_2396  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 100 aa  53.5  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2672  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 100 aa  53.5  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.474837  n/a   
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2518  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 100 aa  52.8  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.99787 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5489  helix-turn-helix domain-containing protein  37.36 
 
 		 124 aa  50.4  0.000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.173303  normal  0.332694 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12056  transcriptional regulator  40.3 
 
 		 101 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7019  putative transcriptional regulator, XRE family  36.78 
 
 		 109 aa  45.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0999583 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  48.15 
 
 		 91 aa  44.3  0.0005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 91 aa  43.9  0.0008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7015  putative transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 112 aa  43.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00989255 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8306  transcriptional regulator, XRE family  37.08 
 
 		 107 aa  41.2  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.6083 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8556  putative transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 106 aa  40.4  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>