38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1457 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1457  putative transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 100 aa  201  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0521049  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0024  hypothetical protein  67 
 
 		 100 aa  141  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000416515  hitchhiker  0.00176167 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0665  XRE family transcriptional regulator  67 
 
 		 100 aa  140  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2672  XRE family transcriptional regulator  55 
 
 		 100 aa  115  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.474837  n/a   
 
 
-
 
NC_009516  PsycPRwf_2396  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 100 aa  93.2  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2518  XRE family transcriptional regulator  43 
 
 		 100 aa  92  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.99787 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0024  DNA-binding protein  45.83 
 
 		 99 aa  89.4  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0010  DNA-binding protein  45.83 
 
 		 99 aa  89.4  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.713803 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3835  XRE family transcriptional regulator  43 
 
 		 100 aa  82.4  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1380  transcription regulator  38 
 
 		 100 aa  79  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000272076  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2805  XRE family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 123 aa  59.3  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2214  hypothetical protein  50 
 
 		 103 aa  55.1  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.351958 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8074  transcriptional regulator  42.65 
 
 		 95 aa  54.7  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.725371  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  45.76 
 
 		 149 aa  53.5  0.0000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3798  helix-turn-helix domain-containing protein  50.85 
 
 		 123 aa  53.5  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000456685  hitchhiker  0.000109219 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0718  Cro/CI family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 264 aa  52.4  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0726  Cro/CI family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 264 aa  52.4  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0986  helix-turn-helix domain protein  50.82 
 
 		 124 aa  50.1  0.000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.85534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2429  helix-turn-helix domain-containing protein  35.48 
 
 		 103 aa  49.3  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3807  hypothetical protein  34.15 
 
 		 100 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0895  putative transcriptional regulator  40.32 
 
 		 110 aa  48.1  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.652502  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3583  hypothetical protein  34.65 
 
 		 86 aa  47.8  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4226  hypothetical protein  34.65 
 
 		 86 aa  47.8  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0636  transcriptional regulator  34.95 
 
 		 127 aa  46.2  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7019  putative transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 109 aa  46.2  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0999583 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1932  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 91 aa  42.7  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3673  helix-turn-helix domain-containing protein  36.11 
 
 		 103 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 91 aa  41.6  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3687  helix-turn-helix domain protein  36.11 
 
 		 103 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2922  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 102 aa  42  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.562834  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  39.39 
 
 		 227 aa  41.2  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3625  helix-turn-helix domain protein  36.11 
 
 		 103 aa  41.6  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5283  hypothetical protein  40.3 
 
 		 131 aa  41.6  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.488524  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 91 aa  41.2  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 91 aa  41.2  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4582  transcriptional regulator, XRE family  28.92 
 
 		 99 aa  40.8  0.007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.752323 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0097  putative transcriptional regulator  35.71 
 
 		 114 aa  40.4  0.008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5523  helix-turn-helix domain-containing protein  36.17 
 
 		 118 aa  40  0.009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0720631  hitchhiker  0.0000000329462 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>