49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_3835 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_3835  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 100 aa  197  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0665  XRE family transcriptional regulator  44 
 
 		 100 aa  99.8  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0024  DNA-binding protein  46.94 
 
 		 99 aa  90.1  8e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0010  DNA-binding protein  46.94 
 
 		 99 aa  90.1  8e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.713803 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2672  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 100 aa  85.9  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.474837  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1380  transcription regulator  45.74 
 
 		 100 aa  84.7  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000272076  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0024  hypothetical protein  43.16 
 
 		 100 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000416515  hitchhiker  0.00176167 
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2518  XRE family transcriptional regulator  48 
 
 		 100 aa  83.2  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.99787 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1457  putative transcriptional regulator, XRE family  43 
 
 		 100 aa  82.4  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0521049  n/a   
 
 
-
 
NC_009516  PsycPRwf_2396  XRE family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 100 aa  82  0.000000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0726  Cro/CI family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 264 aa  57  0.00000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0718  Cro/CI family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 264 aa  57  0.00000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  45 
 
 		 149 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2805  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 123 aa  56.6  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2429  helix-turn-helix domain-containing protein  34.41 
 
 		 103 aa  54.7  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8074  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 95 aa  54.7  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.725371  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0986  helix-turn-helix domain protein  41.94 
 
 		 124 aa  53.9  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.85534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0895  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 		 110 aa  52  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.652502  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3807  hypothetical protein  37.8 
 
 		 100 aa  51.2  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1480  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  48.98 
 
 		 92 aa  49.7  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.695506 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2214  hypothetical protein  44.64 
 
 		 103 aa  48.5  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.351958 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2395  putative transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 108 aa  47.4  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  28.05 
 
 		 123 aa  46.6  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3798  helix-turn-helix domain-containing protein  38.67 
 
 		 123 aa  46.6  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000456685  hitchhiker  0.000109219 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5523  helix-turn-helix domain-containing protein  33.82 
 
 		 118 aa  45.4  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0720631  hitchhiker  0.0000000329462 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  31.82 
 
 		 94 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  31.82 
 
 		 94 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 112 aa  44.3  0.0006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5489  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 124 aa  43.5  0.0009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.173303  normal  0.332694 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  32.94 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6666  helix-turn-helix domain protein  29.67 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.384306  normal  0.352226 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  32.88 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0636  transcriptional regulator  32.26 
 
 		 127 aa  43.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  37.88 
 
 		 227 aa  42.4  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 116 aa  42.4  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2922  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 102 aa  42.7  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.562834  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0227  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  38 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4582  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 99 aa  42  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.752323 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1719  transcriptional regulator, XRE family  31.17 
 
 		 104 aa  42  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.134789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3620  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 99 aa  41.6  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.494695  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0889  putative transcriptional regulator, XRE family  38.96 
 
 		 99 aa  41.6  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5283  hypothetical protein  33.71 
 
 		 131 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.488524  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 115 aa  41.2  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  30.43 
 
 		 95 aa  41.2  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3687  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 103 aa  40.8  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2882  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 109 aa  40.8  0.007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00173461  normal  0.866875 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7086  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 119 aa  40.4  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.633613  normal  0.10188 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>