46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0986 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0986  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 124 aa  242  9.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.85534  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0097  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 114 aa  96.7  9e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5283  hypothetical protein  50 
 
 		 131 aa  90.9  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.488524  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2805  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 123 aa  90.1  9e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0636  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 127 aa  83.6  8e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3798  helix-turn-helix domain-containing protein  40.19 
 
 		 123 aa  77.8  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000456685  hitchhiker  0.000109219 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2429  helix-turn-helix domain-containing protein  55 
 
 		 103 aa  73.2  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3807  hypothetical protein  41.05 
 
 		 100 aa  67  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5523  helix-turn-helix domain-containing protein  54.55 
 
 		 118 aa  63.2  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0720631  hitchhiker  0.0000000329462 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0895  putative transcriptional regulator  43.33 
 
 		 110 aa  62  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.652502  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8074  transcriptional regulator  38.89 
 
 		 95 aa  61.2  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.725371  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0010  DNA-binding protein  41.24 
 
 		 99 aa  59.7  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.713803 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0024  DNA-binding protein  41.24 
 
 		 99 aa  59.7  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3835  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 100 aa  57.8  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2214  hypothetical protein  42.03 
 
 		 103 aa  57.4  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.351958 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5489  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 124 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.173303  normal  0.332694 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0024  hypothetical protein  42.27 
 
 		 100 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000416515  hitchhiker  0.00176167 
 
 
-
 
NC_009516  PsycPRwf_2396  XRE family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 100 aa  53.5  0.0000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0718  Cro/CI family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 264 aa  52.8  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0726  Cro/CI family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 264 aa  52.8  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2518  XRE family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 100 aa  52.8  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.99787 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0665  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 100 aa  51.6  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1457  putative transcriptional regulator, XRE family  45.26 
 
 		 100 aa  51.6  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0521049  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1380  transcription regulator  32.61 
 
 		 100 aa  51.6  0.000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000272076  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  41.46 
 
 		 149 aa  50.4  0.000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3687  helix-turn-helix domain protein  40.48 
 
 		 103 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1480  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  51.06 
 
 		 92 aa  48.5  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.695506 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0569  helix-turn-helix domain-containing protein  42.11 
 
 		 263 aa  48.1  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2672  XRE family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 100 aa  48.1  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.474837  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3625  helix-turn-helix domain protein  40.48 
 
 		 103 aa  47.8  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3673  helix-turn-helix domain-containing protein  40.48 
 
 		 103 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2395  putative transcriptional regulator, XRE family  39.33 
 
 		 110 aa  47.4  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12056  transcriptional regulator  36.56 
 
 		 101 aa  47.4  0.00008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8556  putative transcriptional regulator, XRE family  40.28 
 
 		 106 aa  46.6  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3535  XRE family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 103 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7019  putative transcriptional regulator, XRE family  39.77 
 
 		 109 aa  44.7  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0999583 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2922  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 102 aa  43.9  0.0008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.562834  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 123 aa  42.7  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0627  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 101 aa  43.5  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.845219  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4345  transcriptional regulator, XRE family  37.33 
 
 		 135 aa  43.5  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0197394  normal  0.880673 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13205  transcriptional regulator  39.22 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000994764  normal  0.452707 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1386  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 101 aa  41.2  0.004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0315  XRE family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 117 aa  40.4  0.007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0773865 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3722  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 103 aa  40  0.01  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0676164  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3588  DNA-binding protein  39.62 
 
 		 103 aa  40  0.01  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4003  DNA-binding protein  39.62 
 
 		 103 aa  40  0.01  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>