38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4345 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_4345  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
135 aa  267  4e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0197394  normal  0.880673 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7019  putative transcriptional regulator, XRE family  43.52 
 
 
109 aa  89  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0999583 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2395  putative transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 
110 aa  70.1  0.000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7015  putative transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 
112 aa  67  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00989255 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0627  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
101 aa  66.6  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.845219  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8556  putative transcriptional regulator, XRE family  45.95 
 
 
106 aa  66.2  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  46.91 
 
 
123 aa  66.6  0.0000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8306  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 
107 aa  66.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.6083 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0390  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 
104 aa  57.8  0.00000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5820  XRE family transcriptional regulator  40.4 
 
 
104 aa  57.4  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.790408  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1336  helix-turn-helix domain-containing protein  42.25 
 
 
225 aa  56.2  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1661  helix-turn-helix domain-containing protein  42.25 
 
 
225 aa  56.2  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.333034  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2882  XRE family transcriptional regulator  36.05 
 
 
109 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00173461  normal  0.866875 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2805  XRE family transcriptional regulator  41.33 
 
 
123 aa  55.5  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13205  transcriptional regulator  35.71 
 
 
109 aa  53.5  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000994764  normal  0.452707 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12056  transcriptional regulator  39.51 
 
 
101 aa  52.4  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2429  helix-turn-helix domain-containing protein  47.17 
 
 
103 aa  46.2  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1829  transcriptional regulator, XRE family  36.56 
 
 
103 aa  45.4  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1618  putative DNA-binding protein  42.42 
 
 
84 aa  44.7  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2419  transcriptional regulator, XRE family  34.41 
 
 
104 aa  44.3  0.0006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3798  helix-turn-helix domain-containing protein  41.82 
 
 
123 aa  43.9  0.0008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000456685  hitchhiker  0.000109219 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  48.21 
 
 
115 aa  42.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0986  helix-turn-helix domain protein  33.71 
 
 
124 aa  42  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.85534  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2214  hypothetical protein  41.82 
 
 
103 aa  41.6  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.351958 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0424  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 
282 aa  41.6  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 
104 aa  41.2  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 
104 aa  41.2  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  30.23 
 
 
89 aa  41.6  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 
104 aa  41.2  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  44.74 
 
 
180 aa  41.2  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3687  helix-turn-helix domain protein  32.65 
 
 
103 aa  40.8  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3219  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
125 aa  40.4  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1998  hypothetical protein  43.1 
 
 
142 aa  40.8  0.007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.846621  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0338  XRE family transcriptional regulator  36.78 
 
 
171 aa  40.4  0.008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2518  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 
100 aa  40.4  0.009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.99787 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0024  DNA-binding protein  39.66 
 
 
99 aa  40  0.01  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0010  DNA-binding protein  39.66 
 
 
99 aa  40  0.01  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.713803 
 
 
-
 
NC_004310  BR2077  hypothetical protein  43.1 
 
 
126 aa  40  0.01  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>