50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_2396 on replicon NC_009516
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009516  PsycPRwf_2396  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 100 aa  200  5e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2518  XRE family transcriptional regulator  94 
 
 		 100 aa  189  7e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.99787 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0010  DNA-binding protein  54.08 
 
 		 99 aa  120  6e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.713803 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0024  DNA-binding protein  54.08 
 
 		 99 aa  120  6e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1380  transcription regulator  51 
 
 		 100 aa  113  6.9999999999999995e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000272076  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0024  hypothetical protein  45 
 
 		 100 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000416515  hitchhiker  0.00176167 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0665  XRE family transcriptional regulator  41 
 
 		 100 aa  94.7  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1457  putative transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 100 aa  93.2  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0521049  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3835  XRE family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 100 aa  82  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2672  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 100 aa  80.5  0.000000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.474837  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3807  hypothetical protein  36.71 
 
 		 100 aa  60.1  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3798  helix-turn-helix domain-containing protein  37.63 
 
 		 123 aa  58.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000456685  hitchhiker  0.000109219 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0718  Cro/CI family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 264 aa  58.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0726  Cro/CI family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 264 aa  58.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2805  XRE family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 123 aa  57.4  0.00000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  35.94 
 
 		 149 aa  56.2  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2429  helix-turn-helix domain-containing protein  34.41 
 
 		 103 aa  54.7  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0895  putative transcriptional regulator  41.94 
 
 		 110 aa  53.9  0.0000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.652502  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8074  transcriptional regulator  32 
 
 		 95 aa  53.5  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.725371  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0097  putative transcriptional regulator  32.61 
 
 		 114 aa  52  0.000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2214  hypothetical protein  50 
 
 		 103 aa  50.8  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.351958 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0986  helix-turn-helix domain protein  42.37 
 
 		 124 aa  49.3  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.85534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0636  transcriptional regulator  33.7 
 
 		 127 aa  47.4  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 91 aa  46.2  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 91 aa  45.4  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1909  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 107 aa  45.4  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5523  helix-turn-helix domain-containing protein  34.48 
 
 		 118 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0720631  hitchhiker  0.0000000329462 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5489  helix-turn-helix domain-containing protein  43.14 
 
 		 124 aa  44.7  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.173303  normal  0.332694 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 117 aa  45.1  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 91 aa  43.9  0.0007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 123 aa  43.5  0.0009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8282  putative transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 		 92 aa  43.5  0.0009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145655  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  37.5 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3687  helix-turn-helix domain protein  34.78 
 
 		 103 aa  42.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  34.72 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 110 aa  42.4  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2395  putative transcriptional regulator, XRE family  37.33 
 
 		 110 aa  42.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7015  putative transcriptional regulator, XRE family  29.63 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00989255 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3625  helix-turn-helix domain protein  34.78 
 
 		 103 aa  41.6  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0590  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 97 aa  41.6  0.003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12056  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 101 aa  42  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3673  helix-turn-helix domain-containing protein  34.78 
 
 		 103 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1932  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 91 aa  41.6  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1144  transcriptional regulator, XRE family  35.09 
 
 		 266 aa  41.6  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7019  putative transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 109 aa  40.8  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0999583 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0647  XRE family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 97 aa  40.4  0.007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.459505 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1801  DNA-binding transcriptional regulator HipB  33.85 
 
 		 83 aa  40.4  0.008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0381  XRE family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 91 aa  40.4  0.009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5283  hypothetical protein  28.12 
 
 		 131 aa  40  0.01  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.488524  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>