79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1932 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1932  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
91 aa  186  1e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  64.44 
 
 
91 aa  125  1.0000000000000001e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  61.54 
 
 
91 aa  123  1e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0647  XRE family transcriptional regulator  63.33 
 
 
97 aa  123  1e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.459505 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  61.54 
 
 
91 aa  122  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0381  XRE family transcriptional regulator  60.44 
 
 
91 aa  121  3e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0590  transcriptional regulator, XRE family  61.54 
 
 
97 aa  120  5e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1909  XRE family transcriptional regulator  57.14 
 
 
107 aa  114  3.9999999999999997e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1858  XRE family transcriptional regulator  45.56 
 
 
100 aa  68.6  0.00000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1386  XRE family transcriptional regulator  48.61 
 
 
101 aa  67  0.00000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2425  transcriptional regulator  46.58 
 
 
99 aa  63.2  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0665  XRE family transcriptional regulator  35.23 
 
 
100 aa  55.8  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 
104 aa  53.1  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 
104 aa  53.1  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 
104 aa  53.1  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  36.11 
 
 
90 aa  52  0.000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1380  transcription regulator  34.62 
 
 
100 aa  51.2  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000272076  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  29.63 
 
 
94 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  30 
 
 
149 aa  49.3  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  29.63 
 
 
94 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  33.33 
 
 
94 aa  49.3  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 
503 aa  49.3  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  28.95 
 
 
103 aa  48.5  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3798  helix-turn-helix domain-containing protein  40.35 
 
 
123 aa  47.4  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000456685  hitchhiker  0.000109219 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 
109 aa  47.4  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  33.8 
 
 
93 aa  47.4  0.00007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1829  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 
103 aa  46.6  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 
513 aa  46.6  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0039  DNA-binding protein  28.75 
 
 
95 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.514774  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0024  hypothetical protein  28.95 
 
 
100 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000416515  hitchhiker  0.00176167 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2419  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 
104 aa  46.2  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  32.47 
 
 
95 aa  45.8  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2805  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 
123 aa  45.8  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  28.38 
 
 
90 aa  45.8  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2672  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  39.68 
 
 
508 aa  45.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0155  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 
83 aa  45.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.540606  hitchhiker  0.00139635 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  38.6 
 
 
517 aa  45.1  0.0004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  32.18 
 
 
123 aa  45.1  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  39.62 
 
 
513 aa  45.1  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  32.53 
 
 
94 aa  44.3  0.0005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  30.68 
 
 
112 aa  44.3  0.0006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0834  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 
107 aa  43.9  0.0008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.259279 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13300  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  38.6 
 
 
509 aa  43.9  0.0008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.801467  normal  0.209244 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0024  DNA-binding protein  28.95 
 
 
99 aa  43.5  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  42.37 
 
 
345 aa  43.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0010  DNA-binding protein  28.95 
 
 
99 aa  43.5  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.713803 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1292  cytoskeletal protein RodZ  42.37 
 
 
368 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  28.75 
 
 
94 aa  43.5  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3280  XRE family transcriptional regulator  32.53 
 
 
95 aa  43.5  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.843876 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  42.37 
 
 
363 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3174  XRE family transcriptional regulator  31.17 
 
 
98 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00826056  normal 
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2518  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 
100 aa  43.1  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.99787 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  26.67 
 
 
94 aa  42.7  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1457  putative transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 
100 aa  42.7  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0521049  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12438  transcriptional regulator, XRE family protein  38.03 
 
 
99 aa  42.7  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0697698  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0726  Cro/CI family transcriptional regulator  37.93 
 
 
264 aa  42.4  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 
108 aa  42.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  32.18 
 
 
115 aa  42.7  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0718  Cro/CI family transcriptional regulator  37.93 
 
 
264 aa  42.4  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0807  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 
94 aa  42.7  0.002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3477  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 
737 aa  42  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.552103  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 
116 aa  41.6  0.003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  37.74 
 
 
516 aa  41.6  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  28.17 
 
 
95 aa  42  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0099  DNA-binding protein  27.5 
 
 
95 aa  41.6  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009516  PsycPRwf_2396  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 
100 aa  41.6  0.004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1911  putative transcription regulator protein  33.93 
 
 
112 aa  41.6  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4157  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 
95 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.555179  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2214  hypothetical protein  38.6 
 
 
103 aa  41.2  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.351958 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7019  putative transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 
109 aa  41.2  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0999583 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15700  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  35.85 
 
 
507 aa  40.4  0.008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.645755  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0099  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 
178 aa  40.4  0.008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 
83 aa  40.4  0.008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1724  transcriptional regulator, XRE family  35.14 
 
 
108 aa  40.4  0.009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  27.27 
 
 
94 aa  40.4  0.009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3863  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  32.14 
 
 
507 aa  40.4  0.009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.640494  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0601  transcriptional regulator, XRE family  32.58 
 
 
108 aa  40.4  0.009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1896  transcriptional regulator, XRE family  35.85 
 
 
512 aa  40  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0568  transcriptional regulator, XRE family  39.62 
 
 
304 aa  40  0.01  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.415819  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>