52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_pSN254_0024 on replicon NC_009140
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009140  SNSL254_pSN254_0024  hypothetical protein  100 
 
 		 100 aa  203  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000416515  hitchhiker  0.00176167 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1457  putative transcriptional regulator, XRE family  67 
 
 		 100 aa  141  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0521049  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0665  XRE family transcriptional regulator  63.27 
 
 		 100 aa  140  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2672  XRE family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 100 aa  118  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.474837  n/a   
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2518  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 100 aa  100  8e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.99787 
 
 
-
 
NC_009516  PsycPRwf_2396  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 100 aa  99.8  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0024  DNA-binding protein  45.92 
 
 		 99 aa  98.2  3e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0010  DNA-binding protein  45.92 
 
 		 99 aa  98.2  3e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.713803 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3835  XRE family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 100 aa  84.7  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1380  transcription regulator  38.78 
 
 		 100 aa  81.3  0.000000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000272076  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2805  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 123 aa  59.3  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  49.15 
 
 		 149 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3807  hypothetical protein  35.8 
 
 		 100 aa  55.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2429  helix-turn-helix domain-containing protein  36.56 
 
 		 103 aa  55.5  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8074  transcriptional regulator  35.8 
 
 		 95 aa  54.7  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.725371  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2214  hypothetical protein  46.67 
 
 		 103 aa  53.1  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.351958 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0986  helix-turn-helix domain protein  42.39 
 
 		 124 aa  52.8  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.85534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3583  hypothetical protein  31.63 
 
 		 86 aa  52  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4226  hypothetical protein  31.63 
 
 		 86 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0718  Cro/CI family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 264 aa  50.8  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0726  Cro/CI family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 264 aa  50.8  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3798  helix-turn-helix domain-containing protein  45.76 
 
 		 123 aa  50.8  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000456685  hitchhiker  0.000109219 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  36.71 
 
 		 94 aa  50.4  0.000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  36.71 
 
 		 94 aa  50.4  0.000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0895  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 110 aa  48.9  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.652502  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7019  putative transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 109 aa  48.5  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0999583 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  35.53 
 
 		 94 aa  48.1  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  35.53 
 
 		 94 aa  48.1  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5283  hypothetical protein  34.09 
 
 		 131 aa  47.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.488524  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0097  putative transcriptional regulator  35.48 
 
 		 114 aa  47.8  0.00006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1932  transcriptional regulator, XRE family  28.95 
 
 		 91 aa  45.8  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  40.35 
 
 		 90 aa  43.9  0.0008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5820  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.790408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2922  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.562834  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  38.57 
 
 		 95 aa  43.5  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4582  transcriptional regulator, XRE family  30.67 
 
 		 99 aa  42.7  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.752323 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1480  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.82 
 
 		 92 aa  42  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.695506 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  27.85 
 
 		 123 aa  42.4  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3687  helix-turn-helix domain protein  35.71 
 
 		 103 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0636  transcriptional regulator  36.17 
 
 		 127 aa  41.2  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5523  helix-turn-helix domain-containing protein  41.94 
 
 		 118 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0720631  hitchhiker  0.0000000329462 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 112 aa  41.2  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  28 
 
 		 91 aa  41.2  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8556  putative transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 106 aa  41.2  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3673  helix-turn-helix domain-containing protein  34.72 
 
 		 103 aa  40.8  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 91 aa  40.8  0.006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1909  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  30.14 
 
 		 91 aa  40.8  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  31.11 
 
 		 127 aa  40.4  0.007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3625  helix-turn-helix domain protein  35.71 
 
 		 103 aa  40.4  0.008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 169 aa  40.4  0.009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2882  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 109 aa  40  0.01  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00173461  normal  0.866875 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>