49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2882 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2882  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 109 aa  219  8e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00173461  normal  0.866875 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5820  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 104 aa  91.7  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.790408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2395  putative transcriptional regulator, XRE family  41.75 
 
 		 110 aa  86.3  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8306  transcriptional regulator, XRE family  48.42 
 
 		 107 aa  85.9  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.6083 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1336  helix-turn-helix domain-containing protein  44.44 
 
 		 225 aa  85.9  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1661  helix-turn-helix domain-containing protein  44.44 
 
 		 225 aa  85.9  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.333034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0390  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 104 aa  82.8  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7015  putative transcriptional regulator, XRE family  44.86 
 
 		 112 aa  82  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00989255 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8556  putative transcriptional regulator, XRE family  63.93 
 
 		 106 aa  76.6  0.00000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6666  helix-turn-helix domain protein  42.57 
 
 		 102 aa  68.2  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.384306  normal  0.352226 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13205  transcriptional regulator  41.75 
 
 		 109 aa  67.4  0.00000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000994764  normal  0.452707 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  42.39 
 
 		 123 aa  65.5  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7019  putative transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 109 aa  63.2  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0999583 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0627  transcriptional regulator, XRE family  45.68 
 
 		 101 aa  60.8  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.845219  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4345  transcriptional regulator, XRE family  36.05 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0197394  normal  0.880673 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12056  transcriptional regulator  40 
 
 		 101 aa  52.8  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  42.05 
 
 		 95 aa  51.6  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 110 aa  50.4  0.000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  32.99 
 
 		 127 aa  50.4  0.000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2805  XRE family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 123 aa  48.9  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2429  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 103 aa  48.1  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0718  Cro/CI family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 264 aa  47  0.00009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0726  Cro/CI family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 264 aa  47  0.00009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3673  helix-turn-helix domain-containing protein  31.96 
 
 		 103 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3625  helix-turn-helix domain protein  30.93 
 
 		 103 aa  45.4  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0569  helix-turn-helix domain-containing protein  42.62 
 
 		 263 aa  44.7  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0895  putative transcriptional regulator  33.9 
 
 		 110 aa  43.9  0.0007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.652502  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  32.98 
 
 		 94 aa  43.5  0.0009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  32.98 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 213 aa  42.4  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 215 aa  42.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1618  putative DNA-binding protein  36.67 
 
 		 84 aa  42.4  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1136  DNA-binding protein  45.45 
 
 		 101 aa  42.7  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.632905  normal  0.0362151 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0707  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 104 aa  42.7  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0039  DNA-binding protein  37.93 
 
 		 95 aa  42.7  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.514774  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 103 aa  42  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3687  helix-turn-helix domain protein  29.9 
 
 		 103 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3207  Fis family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 137 aa  41.6  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.14454  normal  0.140358 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1124  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 105 aa  41.6  0.004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.969354  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5489  helix-turn-helix domain-containing protein  32.04 
 
 		 124 aa  41.6  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.173303  normal  0.332694 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 68 aa  41.2  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3835  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 100 aa  40.8  0.007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 75 aa  40.4  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0024  DNA-binding protein  40 
 
 		 99 aa  40.4  0.008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0010  DNA-binding protein  40 
 
 		 99 aa  40.4  0.008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.713803 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  38.18 
 
 		 94 aa  40.4  0.009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  38.18 
 
 		 94 aa  40.4  0.009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0024  hypothetical protein  30.95 
 
 		 100 aa  40  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000416515  hitchhiker  0.00176167 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 211 aa  40  0.01  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>