84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_F0039 on replicon NC_009786
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009786  EcE24377A_F0039  DNA-binding protein  100 
 
 		 95 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.514774  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0099  DNA-binding protein  95.79 
 
 		 95 aa  188  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  48.35 
 
 		 94 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  48.35 
 
 		 94 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  45.88 
 
 		 95 aa  83.6  7e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 94 aa  83.6  8e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 94 aa  83.2  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  43.21 
 
 		 94 aa  69.7  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0010  DNA-binding protein  36.56 
 
 		 93 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.235299  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 93 aa  62  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 95 aa  60.5  0.000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  36.05 
 
 		 90 aa  60.5  0.000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  34.15 
 
 		 89 aa  58.5  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  33.33 
 
 		 90 aa  57.8  0.00000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 103 aa  57  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 91 aa  56.6  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  32.1 
 
 		 91 aa  56.6  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 91 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  36.47 
 
 		 93 aa  55.1  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2220  DNA-binding protein  34.52 
 
 		 107 aa  53.9  0.0000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0402427  normal  0.0285701 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1927  XRE family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 107 aa  53.9  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1817  DNA-binding protein  34.52 
 
 		 107 aa  53.9  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.252724  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1909  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5139  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 95 aa  52  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4582  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 		 99 aa  52  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.752323 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1879  DNA-binding protein  36.78 
 
 		 108 aa  50.4  0.000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0311  transcriptional regulator  36.78 
 
 		 108 aa  50.4  0.000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 97 aa  49.7  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0315  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 117 aa  50.1  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0773865 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  32.18 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  36.08 
 
 		 115 aa  49.3  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  33.33 
 
 		 94 aa  49.3  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0569  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 		 263 aa  48.5  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0807  helix-turn-helix domain-containing protein  33.71 
 
 		 94 aa  48.1  0.00003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0381  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 91 aa  48.9  0.00003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 109 aa  48.5  0.00003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4157  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 95 aa  48.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.555179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 104 aa  48.1  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 104 aa  48.1  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 104 aa  48.1  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3276  hypothetical protein  33 
 
 		 105 aa  48.1  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 110 aa  47  0.00009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 116 aa  47  0.00009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0763  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 91 aa  47  0.00009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  35.53 
 
 		 112 aa  46.6  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3280  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 95 aa  46.6  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.843876 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0117  putative DNA-binding protein  36.14 
 
 		 105 aa  46.6  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.197061  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3256  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 136 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0143  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 825 aa  45.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.514651 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0983  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 80 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.525138  normal  0.0218109 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2787  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1932  transcriptional regulator, XRE family  28.75 
 
 		 91 aa  45.8  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 117 aa  45.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5820  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 104 aa  45.8  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.790408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1462  XRE family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 104 aa  45.8  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0647  XRE family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 97 aa  45.4  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.459505 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  36.25 
 
 		 108 aa  45.1  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 149 aa  44.7  0.0004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0889  putative transcriptional regulator, XRE family  32.1 
 
 		 99 aa  44.3  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0590  transcriptional regulator, XRE family  30.43 
 
 		 97 aa  44.3  0.0006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1906  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.46 
 
 		 128 aa  44.3  0.0006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000000040825  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1724  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 108 aa  44.3  0.0006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0834  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.259279 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0390  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0718  Cro/CI family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 264 aa  42.7  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8282  putative transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 		 92 aa  42.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145655  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2882  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 109 aa  42.7  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00173461  normal  0.866875 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 104 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0726  Cro/CI family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 264 aa  42.7  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2256  Cro/CI family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 104 aa  41.2  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  42.59 
 
 		 188 aa  41.6  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0364  XRE family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 100 aa  41.6  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000740846  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1535  transcriptional regulator, LacI family  35.71 
 
 		 465 aa  41.6  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.38669  decreased coverage  0.00974115 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 176 aa  41.2  0.004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3339  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 733 aa  41.6  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7086  transcriptional regulator, XRE family  27.06 
 
 		 119 aa  41.2  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.633613  normal  0.10188 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2805  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 123 aa  40.8  0.006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0593  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 108 aa  40.8  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0244812  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3620  transcriptional regulator, XRE family  28.24 
 
 		 99 aa  40.8  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.494695  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2419  transcriptional regulator, XRE family  30.39 
 
 		 104 aa  40.8  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0601  transcriptional regulator, XRE family  30.85 
 
 		 108 aa  40.8  0.007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 300 aa  40.8  0.007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 432 aa  40.4  0.009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>