47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0390 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0390  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 104 aa  210  4.9999999999999996e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5820  XRE family transcriptional regulator  88.46 
 
 		 104 aa  191  2e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.790408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4468  hypothetical protein  66.67 
 
 		 125 aa  87.8  4e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0174205 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2882  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 109 aa  82.8  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00173461  normal  0.866875 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7015  putative transcriptional regulator, XRE family  46.32 
 
 		 112 aa  77.4  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00989255 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7019  putative transcriptional regulator, XRE family  40.37 
 
 		 109 aa  76.6  0.00000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0999583 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8306  transcriptional regulator, XRE family  47.47 
 
 		 107 aa  75.9  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.6083 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8556  putative transcriptional regulator, XRE family  43.12 
 
 		 106 aa  73.9  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1336  helix-turn-helix domain-containing protein  43.14 
 
 		 225 aa  68.2  0.00000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1661  helix-turn-helix domain-containing protein  43.14 
 
 		 225 aa  68.2  0.00000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.333034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6666  helix-turn-helix domain protein  40.38 
 
 		 102 aa  65.1  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.384306  normal  0.352226 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13205  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 109 aa  64.7  0.0000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000994764  normal  0.452707 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  47.76 
 
 		 123 aa  63.2  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2395  putative transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 110 aa  60.5  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4345  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 135 aa  57.8  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0197394  normal  0.880673 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0627  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 		 101 aa  51.2  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.845219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12056  transcriptional regulator  39.19 
 
 		 101 aa  49.3  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0010  DNA-binding protein  45.76 
 
 		 93 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.235299  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 200 aa  46.6  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1724  transcriptional regulator, XRE family  35.37 
 
 		 108 aa  45.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 91 aa  43.9  0.0007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  36.14 
 
 		 95 aa  43.9  0.0008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 91 aa  43.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  45.28 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0039  DNA-binding protein  41.82 
 
 		 95 aa  43.5  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.514774  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  33.77 
 
 		 219 aa  43.5  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 227 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  36.62 
 
 		 393 aa  42.4  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0065  hypothetical protein  37.29 
 
 		 79 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2461  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 79 aa  42  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000100603  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 122 aa  41.6  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  39.68 
 
 		 149 aa  41.6  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 117 aa  41.6  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2869  TetR family transcriptional regulator  57.89 
 
 		 285 aa  41.6  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  39.62 
 
 		 227 aa  41.6  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  33.78 
 
 		 108 aa  41.2  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 219 aa  41.2  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0099  DNA-binding protein  40 
 
 		 95 aa  41.2  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 91 aa  41.2  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3853  XRE family molybdate metabolism transcriptional regulator  38.81 
 
 		 377 aa  40.8  0.006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.593506  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5660  XRE family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 490 aa  40.4  0.008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176576  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 		 217 aa  40.4  0.008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3207  Fis family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 137 aa  40  0.01  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.14454  normal  0.140358 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 104 aa  40  0.01  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 104 aa  40  0.01  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 104 aa  40  0.01  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>