170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2461 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2461  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 79 aa  161  2.0000000000000002e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000100603  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0632  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 71 aa  50.8  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000285782  unclonable  0.0000000000746668 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 145 aa  49.7  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0752  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 69 aa  49.7  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.273056  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 218 aa  48.9  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 213 aa  48.5  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0954  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 63 aa  48.5  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3385  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 169 aa  48.1  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2176  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 97 aa  47.4  0.00006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3100  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 97 aa  47.4  0.00006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000473627  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 76 aa  47  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 122 aa  46.6  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1416  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 77 aa  46.2  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.239445  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  33.8 
 
 		 178 aa  45.8  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5660  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 490 aa  45.4  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176576  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 71 aa  45.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  41.79 
 
 		 233 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1032  DNA-binding protein  42.42 
 
 		 69 aa  45.4  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0899  transcriptional regulator  42.42 
 
 		 69 aa  45.4  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0252882  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 91 aa  45.1  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1886  DNA-binding protein  54.17 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3360  DNA-binding protein  54.17 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.534769  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2047  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 83 aa  44.7  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1211  XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 179 aa  44.7  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3344  DNA-binding protein  54.17 
 
 		 66 aa  45.1  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0235  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 66 aa  44.7  0.0004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3896  Cro/CI family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 215 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  41.79 
 
 		 233 aa  44.7  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  41.79 
 
 		 233 aa  44.7  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3368  DNA-binding protein  54.17 
 
 		 67 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00271776  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2125  XRE family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 66 aa  44.3  0.0006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1664  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 66 aa  43.9  0.0007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.609845  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 104 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 120 aa  43.9  0.0008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 120 aa  43.9  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 105 aa  43.5  0.0008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 67 aa  43.9  0.0008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 120 aa  43.9  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0320  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 66 aa  43.9  0.0008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0834258  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 182 aa  43.5  0.0009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 106 aa  43.5  0.0009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0397  XRE family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 67 aa  43.5  0.0009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000557711  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0407  helix-turn-helix domain-containing protein  53.85 
 
 		 67 aa  43.5  0.0009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000097753  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0548  DNA-binding protein  47.27 
 
 		 67 aa  43.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  40.98 
 
 		 180 aa  43.5  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3130  transcriptional regulator  44.26 
 
 		 67 aa  43.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2132  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 121 aa  43.5  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0318081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3505  transcriptional regulator, XRE family  46.94 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3871  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0238675  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0009  HTH-type transcriptional regulator SinR  48.08 
 
 		 60 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 104 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 142 aa  43.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  34.67 
 
 		 105 aa  43.1  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0813  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 66 aa  43.5  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.284678  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0874  helix-turn-helix domain-containing protein  36.54 
 
 		 206 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000967944  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0524  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 67 aa  43.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.138157  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0189  XRE family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 65 aa  43.5  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 76 aa  43.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0195  helix-turn-helix domain-containing protein  47.92 
 
 		 65 aa  43.5  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2256  Cro/CI family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 104 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3739  XRE family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 910 aa  42.7  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0768606  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7007  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 110 aa  42.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3817  XRE family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 72 aa  42.7  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00145193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0346  transcriptional regulator of molybdate metabolism, XRE family  38.81 
 
 		 377 aa  42  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  38.98 
 
 		 245 aa  42.4  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 175 aa  42  0.002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4414  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 99 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.514306 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 77 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3445  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 335 aa  42.4  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 217 aa  42.7  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4362  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0277  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 77 aa  42.4  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.189848  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1247  transcriptional regulator, XRE family  26.03 
 
 		 165 aa  42  0.003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.797623  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0427  transcriptional regulator  40 
 
 		 66 aa  42  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.423701  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1677  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 72 aa  41.6  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 300 aa  42  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0390  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 104 aa  42  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0858  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 497 aa  41.6  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.359757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 208 aa  42  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2271  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 141 aa  42  0.003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.571583 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_489  DNA-binding protein  45.45 
 
 		 67 aa  42  0.003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.140066  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 432 aa  42  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0455  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 214 aa  42  0.003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000298649 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 199 aa  41.6  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0638  putative transcriptional regulator  40.58 
 
 		 184 aa  41.6  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  39.34 
 
 		 175 aa  42  0.003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0029  transcriptional regulator, XRE family  29.73 
 
 		 85 aa  42  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3066  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 66 aa  42  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0121825  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 182 aa  41.2  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0764  DNA-binding protein  53.33 
 
 		 66 aa  41.2  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0661  DNA-binding protein  53.33 
 
 		 66 aa  41.2  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0823  DNA-binding protein  53.33 
 
 		 66 aa  41.2  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0103184  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0605  transcriptional regulator  53.33 
 
 		 66 aa  41.2  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.769041  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0695  DNA-binding protein  53.33 
 
 		 66 aa  41.2  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2991  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 183 aa  41.2  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0610  XRE family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 66 aa  41.2  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081465  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2218  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 68 aa  41.6  0.004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  47.06 
 
 		 251 aa  41.2  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3011  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 183 aa  41.2  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>