90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1724 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1724  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 108 aa  221  3e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0834  XRE family transcriptional regulator  74.76 
 
 		 107 aa  161  2.0000000000000002e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.259279 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0593  transcriptional regulator, XRE family  72.22 
 
 		 108 aa  159  1e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0244812  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0601  transcriptional regulator, XRE family  72.22 
 
 		 108 aa  157  4e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  71.84 
 
 		 109 aa  157  4e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  68.93 
 
 		 108 aa  142  1e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 104 aa  95.1  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 104 aa  95.1  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 104 aa  95.1  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2787  transcriptional regulator, XRE family  43.3 
 
 		 99 aa  88.6  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0315  XRE family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 117 aa  87.4  6e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0773865 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  48.86 
 
 		 93 aa  81.3  0.000000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1829  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 103 aa  80.5  0.000000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2419  transcriptional regulator, XRE family  40.78 
 
 		 104 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3276  hypothetical protein  43.3 
 
 		 105 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 103 aa  73.2  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  46.84 
 
 		 94 aa  72.8  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  34.26 
 
 		 112 aa  72  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  48.1 
 
 		 94 aa  71.2  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0117  putative DNA-binding protein  50 
 
 		 105 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.197061  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0763  XRE family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 91 aa  70.5  0.000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1879  DNA-binding protein  39.36 
 
 		 108 aa  70.1  0.00000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0311  transcriptional regulator  39.36 
 
 		 108 aa  70.1  0.00000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 95 aa  69.7  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  39.62 
 
 		 115 aa  70.1  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  43.04 
 
 		 93 aa  68.6  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  39.53 
 
 		 94 aa  65.5  0.0000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0807  helix-turn-helix domain-containing protein  38.89 
 
 		 94 aa  65.5  0.0000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 116 aa  63.9  0.0000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 97 aa  63.5  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5139  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 95 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4157  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 95 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.555179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  39.51 
 
 		 90 aa  60.8  0.000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3280  XRE family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 95 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.843876 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  38.64 
 
 		 89 aa  58.2  0.00000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2529  transcriptional regulator, XRE family  35.37 
 
 		 93 aa  56.6  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000784971  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  33.72 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4582  transcriptional regulator, XRE family  35.9 
 
 		 99 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.752323 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0364  XRE family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 100 aa  55.5  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000740846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1927  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2220  DNA-binding protein  41.1 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0402427  normal  0.0285701 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1817  DNA-binding protein  41.1 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.252724  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  45.33 
 
 		 91 aa  50.8  0.000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 123 aa  50.4  0.000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  44 
 
 		 91 aa  50.1  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1138  transcriptional regulator, XRE family  36.05 
 
 		 90 aa  49.7  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.4972  normal  0.249316 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  39.47 
 
 		 91 aa  48.1  0.00004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  35.8 
 
 		 94 aa  48.1  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0381  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 91 aa  47.8  0.00004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  30.43 
 
 		 117 aa  47  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2805  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 123 aa  46.2  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  42.86 
 
 		 218 aa  45.8  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0099  DNA-binding protein  34.94 
 
 		 95 aa  45.4  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  32.1 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  32.1 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0390  XRE family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 104 aa  45.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1858  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 100 aa  44.3  0.0005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3174  XRE family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 98 aa  44.7  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00826056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1535  transcriptional regulator, LacI family  44.07 
 
 		 465 aa  44.3  0.0006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.38669  decreased coverage  0.00974115 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0039  DNA-binding protein  37.68 
 
 		 95 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.514774  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0590  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 97 aa  43.9  0.0007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  43.86 
 
 		 517 aa  43.9  0.0007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2319  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 124 aa  43.9  0.0008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0039  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 377 aa  43.5  0.0008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5820  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 104 aa  43.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.790408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0415  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 88 aa  43.5  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.187389  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1888  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 136 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2425  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 99 aa  42.4  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13300  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  43.86 
 
 		 509 aa  42.7  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.801467  normal  0.209244 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 		 513 aa  42.7  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4055  molybdate metabolism transcriptional regulator  38.98 
 
 		 377 aa  42.4  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00182658  normal  0.26319 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3477  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 737 aa  42.7  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.552103  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4042  molybdate metabolism transcriptional regulator  42 
 
 		 376 aa  41.6  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.805509  normal  0.419577 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0718  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 224 aa  41.2  0.004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.439384  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3588  DNA-binding protein  29.41 
 
 		 103 aa  41.6  0.004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0647  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 97 aa  41.6  0.004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.459505 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4003  DNA-binding protein  29.41 
 
 		 103 aa  41.6  0.004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3722  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 103 aa  41.6  0.004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0676164  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 134 aa  41.6  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1066  transcriptional regulator, XRE family  45.65 
 
 		 78 aa  41.2  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0147385  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1909  XRE family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 107 aa  41.6  0.004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 110 aa  41.2  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25910  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  45.95 
 
 		 144 aa  41.2  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 169 aa  41.2  0.005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  37.93 
 
 		 127 aa  40.8  0.007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0535  transcriptional regulator  38.6 
 
 		 131 aa  40.4  0.009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00965435  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2141  helix-turn-helix domain protein  39.22 
 
 		 82 aa  40  0.009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1932  transcriptional regulator, XRE family  35.14 
 
 		 91 aa  40.4  0.009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  39.22 
 
 		 210 aa  40  0.01  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>