110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2787 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2787  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 99 aa  200  5e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0315  XRE family transcriptional regulator  86.17 
 
 		 117 aa  166  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0773865 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  56.99 
 
 		 104 aa  95.5  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  56.99 
 
 		 104 aa  95.5  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  56.99 
 
 		 104 aa  95.5  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3280  XRE family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 95 aa  90.1  8e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.843876 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0807  helix-turn-helix domain-containing protein  48.89 
 
 		 94 aa  90.1  9e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5139  XRE family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 95 aa  88.6  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1724  transcriptional regulator, XRE family  43.3 
 
 		 108 aa  88.6  3e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 109 aa  84.3  5e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  47.19 
 
 		 94 aa  83.2  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4157  XRE family transcriptional regulator  52.87 
 
 		 95 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.555179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0601  transcriptional regulator, XRE family  43.82 
 
 		 108 aa  82.8  0.000000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0834  XRE family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 107 aa  82.4  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.259279 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0593  transcriptional regulator, XRE family  44.32 
 
 		 108 aa  82  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0244812  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2419  transcriptional regulator, XRE family  45.35 
 
 		 104 aa  80.9  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  47.25 
 
 		 95 aa  80.5  0.000000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 103 aa  80.5  0.000000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  47.5 
 
 		 108 aa  79.7  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3276  hypothetical protein  55.42 
 
 		 105 aa  78.6  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0311  transcriptional regulator  42.55 
 
 		 108 aa  78.2  0.00000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1879  DNA-binding protein  42.55 
 
 		 108 aa  78.2  0.00000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0763  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 91 aa  77.8  0.00000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1829  transcriptional regulator, XRE family  44.05 
 
 		 103 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 93 aa  76.3  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  49.41 
 
 		 93 aa  75.5  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  46.34 
 
 		 112 aa  75.1  0.0000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0117  putative DNA-binding protein  52.56 
 
 		 105 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.197061  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  51.35 
 
 		 116 aa  70.5  0.000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 97 aa  70.1  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 115 aa  67.4  0.00000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  39.77 
 
 		 90 aa  64.7  0.0000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  41.86 
 
 		 94 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 89 aa  62.8  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  41.86 
 
 		 94 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3174  XRE family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 98 aa  61.6  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00826056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  39.53 
 
 		 94 aa  60.5  0.000000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  36.36 
 
 		 90 aa  59.7  0.00000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  34.88 
 
 		 94 aa  59.7  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  39.53 
 
 		 94 aa  59.3  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  39.53 
 
 		 94 aa  58.2  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2529  transcriptional regulator, XRE family  39.51 
 
 		 93 aa  54.7  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000784971  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  37.33 
 
 		 117 aa  52.8  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4582  transcriptional regulator, XRE family  36.14 
 
 		 99 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.752323 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0364  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 100 aa  51.6  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000740846  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1138  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 90 aa  51.6  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.4972  normal  0.249316 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0099  DNA-binding protein  32.18 
 
 		 95 aa  50.4  0.000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1888  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 136 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2922  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 102 aa  48.5  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.562834  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 108 aa  48.1  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2651  transcriptional regulator, XRE family  48.15 
 
 		 112 aa  47.4  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  36.47 
 
 		 91 aa  47  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 91 aa  47  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  46.15 
 
 		 210 aa  46.6  0.0001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1817  DNA-binding protein  35.9 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.252724  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1124  XRE family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 105 aa  46.6  0.0001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.969354  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2220  DNA-binding protein  35.9 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0402427  normal  0.0285701 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1927  XRE family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 68 aa  46.2  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2226  transcriptional regulator  50 
 
 		 136 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.782341  normal  0.540615 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0039  DNA-binding protein  29.89 
 
 		 95 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.514774  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3620  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 99 aa  46.2  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.494695  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8282  putative transcriptional regulator, XRE family  38.03 
 
 		 92 aa  45.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145655  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 176 aa  45.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  48.08 
 
 		 188 aa  44.7  0.0004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1909  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 107 aa  44.3  0.0005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0010  DNA-binding protein  30.23 
 
 		 93 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.235299  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0569  helix-turn-helix domain-containing protein  46.15 
 
 		 263 aa  44.3  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102394  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0889  putative transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 		 99 aa  44.3  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2218  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 68 aa  43.9  0.0007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  40.32 
 
 		 178 aa  43.9  0.0008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  36.49 
 
 		 91 aa  43.5  0.0009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0726  Cro/CI family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 264 aa  43.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0647  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 97 aa  43.5  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.459505 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0538  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 202 aa  43.1  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2293  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 184 aa  43.1  0.001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.351634 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0718  Cro/CI family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 264 aa  43.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  48.94 
 
 		 516 aa  43.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  43.1 
 
 		 95 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3298  DNA-binding protein  40 
 
 		 156 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.441123  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3505  transcriptional regulator, XRE family  46 
 
 		 97 aa  43.5  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2395  putative transcriptional regulator, XRE family  35.11 
 
 		 110 aa  42.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2319  transcriptional regulator, XRE family  30.51 
 
 		 124 aa  42.7  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  39.66 
 
 		 119 aa  42  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2567  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.35 
 
 		 120 aa  41.6  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.375259 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2208  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 73 aa  41.6  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0421873 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2805  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 123 aa  41.6  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4176  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 104 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3970  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 135 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1542  hypothetical protein  30.38 
 
 		 102 aa  41.2  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4397  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 135 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0590  transcriptional regulator, XRE family  33.8 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0017  transcriptional regulator, XRE family  35.63 
 
 		 134 aa  41.2  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0631  hypothetical protein  34.48 
 
 		 73 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3893  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3707  molybdate metabolism transcriptional regulator  37.5 
 
 		 374 aa  40.8  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.487138  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  46.81 
 
 		 513 aa  40.8  0.006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 169 aa  40.8  0.006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2822  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 73 aa  40.8  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00025519  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5820  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 104 aa  40.4  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.790408  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>