161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_1817 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_1817  DNA-binding protein  100 
 
 		 107 aa  223  6e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.252724  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2220  DNA-binding protein  100 
 
 		 107 aa  223  6e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0402427  normal  0.0285701 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1927  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 107 aa  223  6e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  45.12 
 
 		 94 aa  72.4  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  41.98 
 
 		 94 aa  65.9  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  41.98 
 
 		 94 aa  65.9  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  39.51 
 
 		 94 aa  60.1  0.000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  39.51 
 
 		 94 aa  60.1  0.000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 94 aa  58.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0834  XRE family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 107 aa  56.6  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.259279 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  37.21 
 
 		 108 aa  56.2  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 95 aa  56.2  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0593  transcriptional regulator, XRE family  43.06 
 
 		 108 aa  56.2  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0244812  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0601  transcriptional regulator, XRE family  43.06 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3588  DNA-binding protein  35.23 
 
 		 103 aa  55.1  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4003  DNA-binding protein  35.23 
 
 		 103 aa  55.1  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3722  XRE family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 103 aa  55.1  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0676164  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4157  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 95 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.555179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0099  DNA-binding protein  34.52 
 
 		 95 aa  53.9  0.0000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0039  DNA-binding protein  34.52 
 
 		 95 aa  53.9  0.0000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.514774  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0807  helix-turn-helix domain-containing protein  39.51 
 
 		 94 aa  53.5  0.0000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0889  putative transcriptional regulator, XRE family  34.09 
 
 		 99 aa  53.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  35.8 
 
 		 95 aa  52.8  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  32.93 
 
 		 94 aa  52.8  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1724  transcriptional regulator, XRE family  41.1 
 
 		 108 aa  52.8  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3280  XRE family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 95 aa  52.8  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.843876 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5139  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 95 aa  51.6  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0315  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 117 aa  50.4  0.000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0773865 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 108 aa  50.4  0.000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3100  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 97 aa  49.7  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000473627  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 104 aa  49.7  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 104 aa  49.7  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 104 aa  49.7  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0311  transcriptional regulator  37.97 
 
 		 108 aa  49.7  0.00001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1879  DNA-binding protein  37.97 
 
 		 108 aa  49.7  0.00001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  31.46 
 
 		 93 aa  49.3  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  39.51 
 
 		 112 aa  49.3  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2176  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 97 aa  48.9  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3620  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 99 aa  48.5  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.494695  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0117  putative DNA-binding protein  35.37 
 
 		 105 aa  48.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.197061  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 109 aa  48.5  0.00003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 103 aa  48.5  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  35.23 
 
 		 93 aa  48.5  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4582  transcriptional regulator, XRE family  30.34 
 
 		 99 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.752323 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5917  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.98 
 
 		 113 aa  47.8  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.19317  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 97 aa  47.4  0.00006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 123 aa  47.4  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 72 aa  47  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2787  transcriptional regulator, XRE family  35.9 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1886  DNA-binding protein  35.94 
 
 		 67 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  36.36 
 
 		 205 aa  45.4  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  36.36 
 
 		 205 aa  45.4  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3130  transcriptional regulator  35.94 
 
 		 67 aa  46.2  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4900  hypothetical protein  40.74 
 
 		 105 aa  45.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978216  normal  0.040659 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  37.31 
 
 		 149 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7086  transcriptional regulator, XRE family  31.43 
 
 		 119 aa  45.4  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.633613  normal  0.10188 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  39.29 
 
 		 236 aa  45.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 116 aa  45.4  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3344  DNA-binding protein  35.94 
 
 		 66 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  39.29 
 
 		 236 aa  45.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3276  hypothetical protein  30 
 
 		 105 aa  45.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2125  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 66 aa  45.4  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8282  putative transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 92 aa  45.4  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145655  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 193 aa  45.4  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3066  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 66 aa  45.4  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0121825  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3360  DNA-binding protein  35.94 
 
 		 67 aa  45.1  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.534769  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 72 aa  44.7  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3368  DNA-binding protein  35.94 
 
 		 67 aa  45.1  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00271776  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  39.29 
 
 		 179 aa  44.7  0.0005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  39.29 
 
 		 179 aa  44.7  0.0005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  39.29 
 
 		 179 aa  44.7  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  39.29 
 
 		 179 aa  44.7  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  39.29 
 
 		 179 aa  44.7  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  39.29 
 
 		 179 aa  44.7  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 192 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 192 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 192 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 193 aa  43.9  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 192 aa  43.9  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  36.54 
 
 		 182 aa  43.9  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1124  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 105 aa  43.9  0.0007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.969354  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 192 aa  43.9  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3143  DNA-binding protein  34.38 
 
 		 67 aa  43.5  0.0009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0283906  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3037  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 67 aa  43.5  0.0009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3390  DNA-binding protein  34.38 
 
 		 67 aa  43.5  0.0009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 189 aa  43.5  0.0009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  47.92 
 
 		 119 aa  43.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 191 aa  42.7  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  34.48 
 
 		 204 aa  43.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 191 aa  43.5  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 191 aa  43.5  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  36.08 
 
 		 115 aa  43.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3365  DNA-binding protein  34.38 
 
 		 67 aa  42.7  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  31.33 
 
 		 117 aa  43.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 197 aa  42.7  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1138  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 90 aa  43.5  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.4972  normal  0.249316 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 191 aa  43.5  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0063  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 137 aa  43.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0973127 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 190 aa  42.4  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 182 aa  42.4  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>