72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1829 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1829  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 103 aa  210  5.999999999999999e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2419  transcriptional regulator, XRE family  92.23 
 
 		 104 aa  194  3e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  52.48 
 
 		 104 aa  113  8.999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  52.48 
 
 		 104 aa  113  8.999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  52.48 
 
 		 104 aa  113  8.999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  55 
 
 		 112 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0593  transcriptional regulator, XRE family  45.63 
 
 		 108 aa  100  9e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0244812  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0601  transcriptional regulator, XRE family  45.63 
 
 		 108 aa  99  2e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  53 
 
 		 115 aa  94.7  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  53 
 
 		 116 aa  90.5  7e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  41.75 
 
 		 108 aa  88.6  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 109 aa  87.8  4e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3280  XRE family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 95 aa  84.7  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.843876 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0315  XRE family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 117 aa  84.7  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0773865 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3276  hypothetical protein  42.86 
 
 		 105 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0834  XRE family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 107 aa  83.2  0.000000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.259279 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0117  putative DNA-binding protein  46.15 
 
 		 105 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.197061  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4157  XRE family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 95 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.555179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1724  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 108 aa  80.5  0.000000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 103 aa  79.7  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5139  XRE family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 95 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0311  transcriptional regulator  44 
 
 		 108 aa  77.4  0.00000000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1879  DNA-binding protein  44 
 
 		 108 aa  77.4  0.00000000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2787  transcriptional regulator, XRE family  44.05 
 
 		 99 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  41.86 
 
 		 93 aa  70.5  0.000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  43.75 
 
 		 90 aa  68.2  0.00000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  37.5 
 
 		 90 aa  66.6  0.0000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  40.24 
 
 		 94 aa  62.8  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  36.47 
 
 		 94 aa  62  0.000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0763  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 91 aa  61.6  0.000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0364  XRE family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 100 aa  61.2  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000740846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0807  helix-turn-helix domain-containing protein  36.14 
 
 		 94 aa  58.5  0.00000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 97 aa  58.2  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  37.25 
 
 		 94 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  37.25 
 
 		 94 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3174  XRE family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 98 aa  55.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00826056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  35.35 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 95 aa  54.3  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  37.8 
 
 		 94 aa  53.5  0.0000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  33.71 
 
 		 89 aa  52.4  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2922  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 102 aa  51.2  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.562834  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2529  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 		 93 aa  50.8  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000784971  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  35.37 
 
 		 93 aa  50.4  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  29.27 
 
 		 94 aa  49.3  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  35 
 
 		 149 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  35.37 
 
 		 91 aa  46.6  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1932  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 91 aa  46.6  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4345  transcriptional regulator, XRE family  36.56 
 
 		 135 aa  45.4  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0197394  normal  0.880673 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 		 91 aa  45.4  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  35.06 
 
 		 95 aa  44.7  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 123 aa  44.7  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 91 aa  44.7  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1722  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 204 aa  43.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5363  mobile mystery protein A  37.29 
 
 		 154 aa  43.5  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.084336 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1138  transcriptional regulator, XRE family  31.76 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.4972  normal  0.249316 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  28 
 
 		 117 aa  43.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0381  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 91 aa  42.4  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1888  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 136 aa  41.6  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 107 aa  41.2  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0017  transcriptional regulator, XRE family  31.17 
 
 		 134 aa  41.2  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0010  DNA-binding protein  30.95 
 
 		 93 aa  40.8  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.235299  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4397  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 135 aa  40.8  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3970  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 135 aa  40.8  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7019  putative transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 109 aa  40.8  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0999583 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3620  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 99 aa  40.8  0.007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.494695  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7015  putative transcriptional regulator, XRE family  31 
 
 		 112 aa  40.4  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00989255 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2651  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 112 aa  40.4  0.009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  37.29 
 
 		 95 aa  40.4  0.009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1817  DNA-binding protein  29.41 
 
 		 107 aa  40.4  0.009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.252724  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2220  DNA-binding protein  29.41 
 
 		 107 aa  40.4  0.009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0402427  normal  0.0285701 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1927  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 107 aa  40.4  0.009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1101  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 316 aa  40.4  0.009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>