76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0601 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0601  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 108 aa  220  4.9999999999999996e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0593  transcriptional regulator, XRE family  96.3 
 
 		 108 aa  211  3.9999999999999995e-54  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0244812  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  75.96 
 
 		 108 aa  160  4.0000000000000004e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1724  transcriptional regulator, XRE family  72.22 
 
 		 108 aa  157  4e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  71.84 
 
 		 109 aa  146  7e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0834  XRE family transcriptional regulator  64.08 
 
 		 107 aa  138  1.9999999999999998e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.259279 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2419  transcriptional regulator, XRE family  49.51 
 
 		 104 aa  104  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  51 
 
 		 104 aa  103  7e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  51 
 
 		 104 aa  103  7e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  51 
 
 		 104 aa  103  7e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1829  transcriptional regulator, XRE family  45.63 
 
 		 103 aa  99  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0315  XRE family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 117 aa  85.1  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0773865 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2787  transcriptional regulator, XRE family  43.82 
 
 		 99 aa  82.8  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3276  hypothetical protein  44.33 
 
 		 105 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  45.65 
 
 		 93 aa  80.9  0.000000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0763  XRE family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 91 aa  77.8  0.00000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 94 aa  72.4  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  37.25 
 
 		 112 aa  70.9  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0117  putative DNA-binding protein  48.72 
 
 		 105 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.197061  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 103 aa  68.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2529  transcriptional regulator, XRE family  36.59 
 
 		 93 aa  68.2  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000784971  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  46.99 
 
 		 95 aa  67.8  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  44.19 
 
 		 94 aa  67.4  0.00000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 115 aa  67  0.00000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  40.96 
 
 		 93 aa  63.2  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  37.8 
 
 		 94 aa  62.8  0.000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0311  transcriptional regulator  42.17 
 
 		 108 aa  62.4  0.000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1879  DNA-binding protein  42.17 
 
 		 108 aa  62.4  0.000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 97 aa  60.8  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0807  helix-turn-helix domain-containing protein  39.76 
 
 		 94 aa  60.8  0.000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 116 aa  60.8  0.000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0364  XRE family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 100 aa  60.1  0.000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000740846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4157  XRE family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 95 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.555179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3280  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 95 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.843876 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  42.67 
 
 		 89 aa  59.3  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  36.71 
 
 		 90 aa  56.6  0.0000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5139  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 95 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2220  DNA-binding protein  43.06 
 
 		 107 aa  54.7  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0402427  normal  0.0285701 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1817  DNA-binding protein  43.06 
 
 		 107 aa  54.7  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.252724  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1927  XRE family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 107 aa  54.7  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3174  XRE family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 98 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00826056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  33.72 
 
 		 90 aa  55.1  0.0000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1462  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 104 aa  52.4  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4582  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 99 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.752323 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4003  DNA-binding protein  33.75 
 
 		 103 aa  49.3  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3588  DNA-binding protein  33.75 
 
 		 103 aa  49.3  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3722  XRE family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 103 aa  49.3  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0676164  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  43.24 
 
 		 91 aa  48.5  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13300  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  47.37 
 
 		 509 aa  48.1  0.00004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.801467  normal  0.209244 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 91 aa  47.4  0.00006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 91 aa  47  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  44.64 
 
 		 218 aa  46.6  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0381  XRE family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 91 aa  46.2  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 123 aa  45.4  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2805  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1138  transcriptional regulator, XRE family  35.37 
 
 		 90 aa  45.4  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.4972  normal  0.249316 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1535  transcriptional regulator, LacI family  38.24 
 
 		 465 aa  45.1  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.38669  decreased coverage  0.00974115 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  43.86 
 
 		 517 aa  43.5  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8282  putative transcriptional regulator, XRE family  39.22 
 
 		 92 aa  42.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145655  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0535  transcriptional regulator  29.47 
 
 		 131 aa  42.4  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00965435  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2425  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 99 aa  42.7  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  32.93 
 
 		 94 aa  41.6  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0099  DNA-binding protein  31.91 
 
 		 95 aa  42  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  32.93 
 
 		 94 aa  41.6  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0039  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 377 aa  41.2  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0718  transcriptional regulator, XRE family  39.22 
 
 		 224 aa  41.2  0.005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.439384  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0590  transcriptional regulator, XRE family  47.27 
 
 		 97 aa  40.8  0.006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1909  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 107 aa  40.4  0.007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3798  helix-turn-helix domain-containing protein  32.95 
 
 		 123 aa  40.8  0.007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000456685  hitchhiker  0.000109219 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0039  DNA-binding protein  30.85 
 
 		 95 aa  40.8  0.007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.514774  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1662  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 242 aa  40.4  0.008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.126051  hitchhiker  0.00273483 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1932  transcriptional regulator, XRE family  32.58 
 
 		 91 aa  40.4  0.009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1722  helix-turn-helix domain-containing protein  37.74 
 
 		 204 aa  40  0.009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  34.38 
 
 		 374 aa  40  0.01  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  31.71 
 
 		 94 aa  40  0.01  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  46.81 
 
 		 119 aa  40  0.01  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>