61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2529 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2529  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 93 aa  191  3e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000784971  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2648  transcriptional regulator, XRE family  86.67 
 
 		 61 aa  106  1e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.552058  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  47.83 
 
 		 90 aa  71.6  0.000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  43.53 
 
 		 94 aa  71.2  0.000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0601  transcriptional regulator, XRE family  36.59 
 
 		 108 aa  68.2  0.00000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  45.57 
 
 		 94 aa  67.4  0.00000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  40 
 
 		 90 aa  67.4  0.00000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0763  XRE family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 91 aa  65.1  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0364  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 100 aa  64.7  0.0000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000740846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0593  transcriptional regulator, XRE family  36.59 
 
 		 108 aa  64.7  0.0000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0244812  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 109 aa  63.5  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0807  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 94 aa  61.6  0.000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  42.47 
 
 		 89 aa  61.2  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  37.33 
 
 		 108 aa  60.1  0.000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  46.88 
 
 		 93 aa  60.1  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 93 aa  59.3  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1724  transcriptional regulator, XRE family  35.37 
 
 		 108 aa  56.6  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3174  XRE family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 98 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00826056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 104 aa  55.1  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 104 aa  55.1  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 104 aa  55.1  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0315  XRE family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 117 aa  54.7  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0773865 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2787  transcriptional regulator, XRE family  39.51 
 
 		 99 aa  54.7  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 		 112 aa  54.7  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 95 aa  54.7  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  47.46 
 
 		 94 aa  53.5  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2419  transcriptional regulator, XRE family  35.8 
 
 		 104 aa  53.5  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0834  XRE family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.259279 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1138  transcriptional regulator, XRE family  39.33 
 
 		 90 aa  52  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.4972  normal  0.249316 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 97 aa  51.6  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3276  hypothetical protein  36.36 
 
 		 105 aa  50.8  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1829  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 		 103 aa  50.8  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2319  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 124 aa  50.8  0.000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 116 aa  50.8  0.000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4356  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 114 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.623586  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  33.33 
 
 		 94 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  33.33 
 
 		 94 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0117  putative DNA-binding protein  36.84 
 
 		 105 aa  47.8  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.197061  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  37.66 
 
 		 91 aa  47.4  0.00006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 103 aa  47  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  33.68 
 
 		 94 aa  47  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1124  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 105 aa  46.6  0.0001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.969354  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 67 aa  45.4  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  35.53 
 
 		 115 aa  45.8  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 94 aa  44.3  0.0006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1888  XRE family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 136 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1652  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 76 aa  42.4  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000422118  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0381  XRE family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 91 aa  42.7  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0041  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 76 aa  42  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0512908  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0889  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 190 aa  41.6  0.004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000492608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  34.48 
 
 		 218 aa  41.2  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  30.77 
 
 		 342 aa  40.8  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46710  putative transcriptional regulator  43.64 
 
 		 216 aa  40.8  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0037508  decreased coverage  0.000000167672 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8282  putative transcriptional regulator, XRE family  32.86 
 
 		 92 aa  40.8  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145655  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4024  putative transcriptional regulator  43.64 
 
 		 195 aa  40.8  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3179  hypothetical protein  32.94 
 
 		 105 aa  40.4  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.534135  normal  0.837156 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2672  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  51.22 
 
 		 508 aa  40.8  0.007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  35.09 
 
 		 294 aa  40.4  0.008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  30.65 
 
 		 107 aa  40  0.01  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 91 aa  40  0.01  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3280  XRE family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 95 aa  40  0.01  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.843876 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>