90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_4356 on replicon NC_008573
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008573  Shewana3_4356  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 114 aa  231  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.623586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2717  hypothetical protein  54.87 
 
 		 119 aa  120  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.570521 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2529  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 93 aa  49.3  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000784971  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1009  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 170 aa  47.8  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000623644  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1064  transcriptional regulator, XRE family  31.94 
 
 		 206 aa  47.4  0.00006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0300833  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0552  XRE family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 117 aa  47.4  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 		 256 aa  46.6  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  42.11 
 
 		 383 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0041  XRE family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 76 aa  46.2  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0512908  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1652  XRE family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 76 aa  46.6  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000422118  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  35.85 
 
 		 105 aa  46.6  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 178 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 178 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  39.66 
 
 		 178 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2981  helix-turn-helix domain-containing protein  35.14 
 
 		 387 aa  46.2  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  39.66 
 
 		 178 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  39.66 
 
 		 178 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  39.66 
 
 		 178 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  39.66 
 
 		 178 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  39.66 
 
 		 178 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 255 aa  45.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  26.79 
 
 		 110 aa  44.7  0.0005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  32.26 
 
 		 191 aa  43.9  0.0007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0077  phage repressor like transcriptional regulator  43.64 
 
 		 207 aa  43.9  0.0007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0498  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 84 aa  43.9  0.0008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000229661  normal  0.0571144 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 300 aa  43.5  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 201 aa  43.5  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0009  HTH-type transcriptional regulator SinR  39.58 
 
 		 60 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 219 aa  42.7  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0086  hipB protein, putative  42.55 
 
 		 61 aa  43.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.288329  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 106 aa  43.5  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1025  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 219 aa  43.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 175 aa  43.5  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 203 aa  43.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0488  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 84 aa  42.4  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.592265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 72 aa  42.4  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0059  XRE family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 61 aa  42.7  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6209  hypothetical protein  47.06 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.280043  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0551  XRE family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 106 aa  42.4  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 188 aa  41.6  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 192 aa  42  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 188 aa  41.6  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  36.84 
 
 		 192 aa  42  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 84 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 206 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 178 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 206 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 224 aa  41.6  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 182 aa  42  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 184 aa  42  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 180 aa  41.6  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 206 aa  41.6  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  35.62 
 
 		 87 aa  41.2  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  37.25 
 
 		 145 aa  41.2  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  31.88 
 
 		 207 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  32.14 
 
 		 182 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 182 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 188 aa  41.2  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 182 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7086  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 119 aa  41.2  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.633613  normal  0.10188 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 185 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 178 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 185 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 178 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 221 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  32.14 
 
 		 182 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 108 aa  41.2  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 182 aa  40.8  0.006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.85 
 
 		 119 aa  40.8  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  35.09 
 
 		 195 aa  40.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 191 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  36.49 
 
 		 86 aa  40.8  0.006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1157  XRE family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 106 aa  40.8  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00152463  hitchhiker  0.0000187625 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 143 aa  40.8  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  35.09 
 
 		 195 aa  40.8  0.007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  35.09 
 
 		 195 aa  40.8  0.007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  35.09 
 
 		 195 aa  40.8  0.007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  28 
 
 		 191 aa  40.4  0.007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  35.09 
 
 		 195 aa  40.8  0.007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 134 aa  40.4  0.007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  35.09 
 
 		 195 aa  40.8  0.007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0683  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 239 aa  40.4  0.008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  34.29 
 
 		 199 aa  40.4  0.008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  26.32 
 
 		 196 aa  40.4  0.008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 191 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2282  transcriptional regulator, XRE family  32.43 
 
 		 89 aa  40.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1163  transcriptional regulator, XRE family  31.19 
 
 		 129 aa  40.4  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4773  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 187 aa  40.4  0.009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0282623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 75 aa  40  0.01  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 78 aa  40  0.01  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>