102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0315 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_0315  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 117 aa  231  2.0000000000000002e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0773865 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2787  transcriptional regulator, XRE family  86.17 
 
 		 99 aa  166  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  53.68 
 
 		 104 aa  96.3  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  53.68 
 
 		 104 aa  96.3  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  53.68 
 
 		 104 aa  96.3  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3280  XRE family transcriptional regulator  57.78 
 
 		 95 aa  94.4  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.843876 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5139  XRE family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 95 aa  91.7  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0807  helix-turn-helix domain-containing protein  47.25 
 
 		 94 aa  90.1  1e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 103 aa  87.8  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2419  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 104 aa  88.2  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  49.44 
 
 		 94 aa  87.8  5e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1724  transcriptional regulator, XRE family  44.9 
 
 		 108 aa  87.4  6e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4157  XRE family transcriptional regulator  55.17 
 
 		 95 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.555179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0601  transcriptional regulator, XRE family  46.74 
 
 		 108 aa  85.1  3e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1829  transcriptional regulator, XRE family  47.83 
 
 		 103 aa  84.7  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0593  transcriptional regulator, XRE family  47.25 
 
 		 108 aa  84.7  4e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0244812  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 95 aa  84  6e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0311  transcriptional regulator  45.26 
 
 		 108 aa  83.2  0.000000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1879  DNA-binding protein  45.26 
 
 		 108 aa  83.2  0.000000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0834  XRE family transcriptional regulator  46.59 
 
 		 107 aa  81.3  0.000000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.259279 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 108 aa  81.6  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  49.44 
 
 		 116 aa  80.9  0.000000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  51.25 
 
 		 112 aa  80.5  0.000000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 109 aa  80.5  0.000000000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  52.94 
 
 		 93 aa  80.5  0.000000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0117  putative DNA-binding protein  52.44 
 
 		 105 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.197061  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3276  hypothetical protein  54.22 
 
 		 105 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  48.89 
 
 		 93 aa  78.2  0.00000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0763  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 91 aa  75.9  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  50.62 
 
 		 115 aa  72  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  51.28 
 
 		 97 aa  72  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 89 aa  68.9  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3174  XRE family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 98 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00826056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  41.03 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  41.18 
 
 		 94 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  41.18 
 
 		 94 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  41.25 
 
 		 94 aa  61.6  0.000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  38.37 
 
 		 90 aa  60.8  0.000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  38.82 
 
 		 94 aa  59.7  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  36.47 
 
 		 94 aa  59.3  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  38.82 
 
 		 94 aa  58.5  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1138  transcriptional regulator, XRE family  41.3 
 
 		 90 aa  57.4  0.00000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.4972  normal  0.249316 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4582  transcriptional regulator, XRE family  35.56 
 
 		 99 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.752323 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2529  transcriptional regulator, XRE family  41.25 
 
 		 93 aa  54.7  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000784971  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0099  DNA-binding protein  35.63 
 
 		 95 aa  54.3  0.0000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  36.14 
 
 		 117 aa  54.3  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1462  XRE family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 104 aa  52  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0364  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 100 aa  50.8  0.000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000740846  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  36.47 
 
 		 108 aa  50.4  0.000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1817  DNA-binding protein  42.31 
 
 		 107 aa  50.4  0.000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.252724  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2220  DNA-binding protein  42.31 
 
 		 107 aa  50.4  0.000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0402427  normal  0.0285701 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1927  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 107 aa  50.4  0.000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1888  XRE family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 136 aa  49.7  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0039  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 95 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.514774  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 91 aa  48.9  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  36.47 
 
 		 91 aa  48.9  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1124  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 105 aa  47.8  0.00005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.969354  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  36.25 
 
 		 95 aa  47.8  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2651  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 112 aa  47.4  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0647  XRE family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.459505 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0889  putative transcriptional regulator, XRE family  34.52 
 
 		 99 aa  46.2  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1909  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 107 aa  46.2  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  36.25 
 
 		 91 aa  46.2  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3620  transcriptional regulator, XRE family  34.52 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.494695  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2922  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 102 aa  45.8  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.562834  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2805  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 123 aa  45.4  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2293  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 184 aa  45.4  0.0003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.351634 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2218  XRE family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 68 aa  44.7  0.0004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0010  DNA-binding protein  32.58 
 
 		 93 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.235299  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8282  putative transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 92 aa  44.3  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145655  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0590  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 97 aa  43.9  0.0007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1442  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 103 aa  43.9  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 68 aa  43.9  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_004310  BR0726  Cro/CI family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 264 aa  43.9  0.0008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0718  Cro/CI family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 264 aa  43.9  0.0008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2896  hypothetical protein  54.76 
 
 		 105 aa  43.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2208  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 73 aa  43.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0421873 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  46.15 
 
 		 188 aa  43.5  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  45.83 
 
 		 516 aa  42.7  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 176 aa  43.5  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2226  transcriptional regulator  43.86 
 
 		 136 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.782341  normal  0.540615 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0538  XRE family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 202 aa  42.7  0.002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  33.77 
 
 		 149 aa  42.4  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0569  helix-turn-helix domain-containing protein  46.15 
 
 		 263 aa  42.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102394  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3505  transcriptional regulator, XRE family  44 
 
 		 97 aa  42.4  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  41.51 
 
 		 210 aa  42.4  0.002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4042  molybdate metabolism transcriptional regulator  34.29 
 
 		 376 aa  42  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.805509  normal  0.419577 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  56.41 
 
 		 513 aa  42  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  44.9 
 
 		 91 aa  41.2  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3707  molybdate metabolism transcriptional regulator  37.04 
 
 		 374 aa  41.2  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.487138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0631  hypothetical protein  34.48 
 
 		 73 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3298  DNA-binding protein  38.33 
 
 		 156 aa  41.2  0.004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.441123  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13300  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  44.23 
 
 		 509 aa  41.2  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.801467  normal  0.209244 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  35.37 
 
 		 123 aa  40.8  0.006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0051  putative transcriptional regulator  36.07 
 
 		 138 aa  40.8  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4176  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 104 aa  40.4  0.007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2818  transcriptional regulator, XRE family  30.51 
 
 		 173 aa  40.8  0.007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  47.92 
 
 		 119 aa  40.4  0.009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7086  transcriptional regulator, XRE family  30.39 
 
 		 119 aa  40.4  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.633613  normal  0.10188 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15700  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  41.67 
 
 		 507 aa  40.4  0.009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.645755  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>