55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2226 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2226  transcriptional regulator  100 
 
 		 136 aa  277  4e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.782341  normal  0.540615 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3174  XRE family transcriptional regulator  80.36 
 
 		 98 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00826056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  57.41 
 
 		 93 aa  63.2  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 97 aa  58.2  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4582  transcriptional regulator, XRE family  48.44 
 
 		 99 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.752323 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 103 aa  55.5  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3276  hypothetical protein  49.18 
 
 		 105 aa  52  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 104 aa  50.8  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 104 aa  50.8  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 104 aa  50.8  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 89 aa  49.7  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 169 aa  49.3  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2787  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 99 aa  48.9  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  40.35 
 
 		 90 aa  48.1  0.00003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0117  putative DNA-binding protein  45.9 
 
 		 105 aa  48.9  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.197061  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3184  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 183 aa  47.8  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  38.98 
 
 		 94 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  38.98 
 
 		 94 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 95 aa  45.8  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0315  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 117 aa  45.8  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0773865 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0455  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 214 aa  45.4  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000298649 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3280  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 95 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.843876 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 93 aa  44.7  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 112 aa  44.7  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 432 aa  44.3  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1144  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 266 aa  44.7  0.0005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3256  helix-turn-helix domain-containing protein  45.28 
 
 		 136 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 115 aa  44.3  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  39.39 
 
 		 184 aa  43.9  0.0007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 94 aa  43.9  0.0008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 91 aa  43.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0763  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 91 aa  43.5  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 116 aa  43.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1535  transcriptional regulator, LacI family  38.89 
 
 		 465 aa  42.4  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.38669  decreased coverage  0.00974115 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1932  transcriptional regulator, XRE family  32.73 
 
 		 91 aa  42.4  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  30.16 
 
 		 94 aa  42.7  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5139  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 95 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 91 aa  42.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4157  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 95 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.555179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 188 aa  42  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1542  hypothetical protein  31.15 
 
 		 102 aa  41.6  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0143  transcriptional regulator, XRE family  42.22 
 
 		 825 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.514651 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  40.82 
 
 		 95 aa  41.6  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0381  XRE family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 91 aa  41.6  0.004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  36.21 
 
 		 188 aa  41.2  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4049  putative phage repressor  35.21 
 
 		 248 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00309972  hitchhiker  0.0000000001929 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 176 aa  41.2  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0970  Cro/CI family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 95 aa  40.4  0.008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0726306  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  41.51 
 
 		 81 aa  40.4  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 91 aa  40.4  0.009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0590  transcriptional regulator, XRE family  31.48 
 
 		 97 aa  40  0.01  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4562  transcriptional regulator, XRE family  31.03 
 
 		 98 aa  40  0.01  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00197637  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  29.23 
 
 		 205 aa  40  0.01  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1888  XRE family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 136 aa  40  0.01  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>