95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2243 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 112 aa  232  1.0000000000000001e-60  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  77.78 
 
 		 116 aa  161  2.0000000000000002e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  74.29 
 
 		 115 aa  153  9e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2419  transcriptional regulator, XRE family  57 
 
 		 104 aa  110  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1829  transcriptional regulator, XRE family  55 
 
 		 103 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  50.98 
 
 		 104 aa  105  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  50.98 
 
 		 104 aa  105  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  50.98 
 
 		 104 aa  105  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3276  hypothetical protein  60.53 
 
 		 105 aa  99  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0117  putative DNA-binding protein  56.96 
 
 		 105 aa  93.6  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.197061  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3280  XRE family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 95 aa  89  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.843876 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4157  XRE family transcriptional regulator  51.25 
 
 		 95 aa  84  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.555179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0834  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 107 aa  82.8  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.259279 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0315  XRE family transcriptional regulator  51.25 
 
 		 117 aa  80.5  0.000000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0773865 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5139  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 95 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  40.82 
 
 		 108 aa  79.3  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  52.05 
 
 		 94 aa  77  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  46.15 
 
 		 90 aa  76.3  0.0000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2787  transcriptional regulator, XRE family  46.34 
 
 		 99 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  41 
 
 		 109 aa  73.6  0.0000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  50 
 
 		 90 aa  73.6  0.0000000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1879  DNA-binding protein  48.78 
 
 		 108 aa  73.6  0.0000000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0311  transcriptional regulator  48.78 
 
 		 108 aa  73.6  0.0000000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1724  transcriptional regulator, XRE family  34.26 
 
 		 108 aa  72  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0593  transcriptional regulator, XRE family  37.25 
 
 		 108 aa  71.2  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0244812  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0601  transcriptional regulator, XRE family  37.25 
 
 		 108 aa  70.9  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 97 aa  69.7  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 103 aa  69.7  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  43.43 
 
 		 94 aa  68.2  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  45.12 
 
 		 94 aa  67.4  0.00000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  45.12 
 
 		 94 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  45.12 
 
 		 94 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  43.21 
 
 		 93 aa  65.1  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 95 aa  64.3  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  46.05 
 
 		 95 aa  63.9  0.0000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3174  XRE family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 98 aa  63.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00826056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0010  DNA-binding protein  42.68 
 
 		 93 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.235299  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4582  transcriptional regulator, XRE family  41.46 
 
 		 99 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.752323 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2922  transcriptional regulator, XRE family  45.83 
 
 		 102 aa  57.8  0.00000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.562834  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  35 
 
 		 149 aa  58.2  0.00000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  40.48 
 
 		 94 aa  58.2  0.00000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0763  XRE family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 91 aa  57.8  0.00000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0807  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 94 aa  57.4  0.00000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0364  XRE family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 100 aa  54.7  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000740846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2529  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 		 93 aa  54.7  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000784971  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 		 93 aa  51.2  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0889  putative transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 99 aa  50.8  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2775  transcriptional regulator, XRE family  51.92 
 
 		 180 aa  50.1  0.000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.31723  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  30.86 
 
 		 89 aa  49.7  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1817  DNA-binding protein  39.51 
 
 		 107 aa  49.3  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.252724  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2743  transcriptional regulator, XRE family  52.08 
 
 		 180 aa  49.3  0.00002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1927  XRE family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 107 aa  49.3  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2220  DNA-binding protein  39.51 
 
 		 107 aa  49.3  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0402427  normal  0.0285701 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1565  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 179 aa  48.5  0.00003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1138  transcriptional regulator, XRE family  35.8 
 
 		 90 aa  48.1  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.4972  normal  0.249316 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3354  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 179 aa  47.8  0.00005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.604997  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2805  XRE family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 123 aa  47  0.00008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0099  DNA-binding protein  33.73 
 
 		 95 aa  46.6  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0039  DNA-binding protein  35.53 
 
 		 95 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.514774  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  33.71 
 
 		 91 aa  46.6  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0512  XRE family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 185 aa  46.2  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2079  XRE family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 186 aa  45.8  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0185194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7086  transcriptional regulator, XRE family  30.59 
 
 		 119 aa  45.4  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.633613  normal  0.10188 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  31.52 
 
 		 91 aa  45.4  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 91 aa  44.7  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1909  XRE family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 107 aa  44.7  0.0005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1932  transcriptional regulator, XRE family  30.68 
 
 		 91 aa  44.3  0.0006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0024  DNA-binding protein  31.03 
 
 		 99 aa  44.3  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0010  DNA-binding protein  31.03 
 
 		 99 aa  44.3  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.713803 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3835  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 100 aa  44.3  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 117 aa  43.9  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3620  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 99 aa  43.9  0.0007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.494695  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  27.5 
 
 		 94 aa  43.9  0.0008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  32.18 
 
 		 108 aa  43.5  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0726  Cro/CI family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 264 aa  43.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0718  Cro/CI family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 264 aa  43.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2293  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 184 aa  42.7  0.002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.351634 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1888  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 136 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  43.4 
 
 		 68 aa  42.4  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0665  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 100 aa  42.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5363  mobile mystery protein A  35.16 
 
 		 154 aa  42.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.084336 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 205 aa  41.6  0.003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 123 aa  41.6  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4176  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 104 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0868  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 179 aa  41.6  0.004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0024  hypothetical protein  34.38 
 
 		 100 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000416515  hitchhiker  0.00176167 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3045  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 406 aa  41.2  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.181635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2214  hypothetical protein  36.49 
 
 		 103 aa  40.8  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.351958 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8282  putative transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 92 aa  40.8  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145655  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1542  hypothetical protein  30.51 
 
 		 102 aa  40.4  0.008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3505  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 97 aa  40.4  0.008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0647  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 97 aa  40.4  0.008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.459505 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 210 aa  40.4  0.009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2651  transcriptional regulator, XRE family  62.96 
 
 		 112 aa  40.4  0.009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  34.72 
 
 		 143 aa  40  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>