90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_8306 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_8306  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 107 aa  213  9e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.6083 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1336  helix-turn-helix domain-containing protein  72.38 
 
 		 225 aa  164  2.9999999999999998e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1661  helix-turn-helix domain-containing protein  72.38 
 
 		 225 aa  164  2.9999999999999998e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.333034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2882  XRE family transcriptional regulator  48.42 
 
 		 109 aa  85.9  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00173461  normal  0.866875 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8556  putative transcriptional regulator, XRE family  49.5 
 
 		 106 aa  80.9  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5820  XRE family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 104 aa  78.2  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.790408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2395  putative transcriptional regulator, XRE family  48.45 
 
 		 110 aa  78.2  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0390  XRE family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 104 aa  75.9  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7015  putative transcriptional regulator, XRE family  46.32 
 
 		 112 aa  71.6  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00989255 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4345  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 135 aa  67  0.00000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0197394  normal  0.880673 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7019  putative transcriptional regulator, XRE family  41.76 
 
 		 109 aa  60.8  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0999583 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0627  transcriptional regulator, XRE family  58.18 
 
 		 101 aa  60.5  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.845219  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 123 aa  58.9  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12056  transcriptional regulator  36.9 
 
 		 101 aa  50.8  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  41.11 
 
 		 95 aa  49.7  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13205  transcriptional regulator  36 
 
 		 109 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000994764  normal  0.452707 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0301  XRE family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 167 aa  46.2  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6666  helix-turn-helix domain protein  37 
 
 		 102 aa  44.7  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.384306  normal  0.352226 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  39.29 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2441  transcriptional regulator, XRE family  36.62 
 
 		 113 aa  44.7  0.0004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 179 aa  45.1  0.0004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  41.27 
 
 		 194 aa  44.7  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2429  helix-turn-helix domain-containing protein  34.33 
 
 		 103 aa  44.3  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1124  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 105 aa  43.9  0.0008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.969354  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  56.76 
 
 		 255 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3746  putative prophage repressor  41.86 
 
 		 216 aa  43.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 130 aa  43.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 200 aa  43.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 182 aa  42.4  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4158  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 403 aa  42.4  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0178123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 176 aa  42.7  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  40.74 
 
 		 144 aa  42  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  36.51 
 
 		 188 aa  42.7  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0591  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 		 68 aa  42  0.002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0010  DNA-binding protein  46.94 
 
 		 93 aa  42.7  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.235299  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3096  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 192 aa  42  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00124629  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  31.15 
 
 		 68 aa  42  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  38.1 
 
 		 175 aa  42  0.003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 197 aa  42  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  35.29 
 
 		 182 aa  42  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 107 aa  42  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 118 aa  41.6  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 115 aa  41.6  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  43.64 
 
 		 185 aa  41.6  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  43.64 
 
 		 185 aa  41.2  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  43.64 
 
 		 185 aa  41.2  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4668  transcriptional regulator, XRE family  52.78 
 
 		 183 aa  41.2  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.443743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  43.64 
 
 		 185 aa  41.2  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3011  XRE family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 183 aa  41.2  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  43.64 
 
 		 185 aa  41.2  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8074  transcriptional regulator  37.08 
 
 		 95 aa  41.2  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.725371  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  43.64 
 
 		 185 aa  41.2  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 185 aa  41.2  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  31.75 
 
 		 180 aa  41.2  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2377  XRE family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 183 aa  41.2  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 175 aa  41.6  0.004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2991  XRE family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 183 aa  41.2  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 208 aa  41.2  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  55.26 
 
 		 203 aa  41.6  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  43.75 
 
 		 143 aa  41.2  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  43.64 
 
 		 185 aa  41.2  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  43.64 
 
 		 185 aa  41.2  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0807  helix-turn-helix domain-containing protein  32.95 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 503 aa  41.2  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3038  XRE family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 183 aa  41.2  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  35.38 
 
 		 182 aa  41.2  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2985  XRE family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 183 aa  41.2  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0944  transcriptional regulator  52.78 
 
 		 189 aa  41.2  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1905  XRE family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 152 aa  41.2  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.561511 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  35.38 
 
 		 182 aa  41.2  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6340  XRE family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 183 aa  41.2  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2901  XRE family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 183 aa  41.2  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 187 aa  40.8  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2220  DNA-binding protein  41.82 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0402427  normal  0.0285701 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1817  DNA-binding protein  41.82 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.252724  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1927  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 194 aa  40.4  0.007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 103 aa  40.8  0.007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2451  transcriptional regulator, XRE family  55.88 
 
 		 139 aa  40.4  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000925763  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0277  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 204 aa  40.4  0.008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.128046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  36.67 
 
 		 182 aa  40.4  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.67 
 
 		 199 aa  40.4  0.008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 199 aa  40.4  0.008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1542  hypothetical protein  29.11 
 
 		 102 aa  40  0.01  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2846  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 443 aa  40  0.01  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.675443  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5460  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 79 aa  40  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0289484  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2087  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 195 aa  40  0.01  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 76 aa  40  0.01  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0569  helix-turn-helix domain-containing protein  38.89 
 
 		 263 aa  40  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3217  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  43.64 
 
 		 185 aa  40  0.01  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931444 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>