122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4158 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4158  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 403 aa  812    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0178123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1530  XRE family transcriptional regulator  82.88 
 
 		 403 aa  654    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0255908 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0299  hypothetical protein  40.43 
 
 		 337 aa  238  2e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.206461  normal  0.73105 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8549  transcriptional regulator, XRE family  31.78 
 
 		 410 aa  159  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0123157  hitchhiker  0.000343252 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4245  transcriptional regulator, XRE family  37.82 
 
 		 397 aa  150  4e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3045  XRE family transcriptional regulator  33.25 
 
 		 406 aa  150  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.181635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2462  XRE family transcriptional regulator  29.4 
 
 		 524 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3599  XRE family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 407 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.34153  hitchhiker  0.000152397 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3359  helix-turn-helix domain-containing protein  29.17 
 
 		 407 aa  125  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1102  transcriptional regulator, XRE family  29.46 
 
 		 403 aa  123  5e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4372  transcriptional regulator, XRE family  30.49 
 
 		 400 aa  105  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2778  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.03 
 
 		 401 aa  101  3e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2078  hypothetical protein  28.85 
 
 		 350 aa  100  3e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0683232  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1528  XRE family transcriptional regulator  29 
 
 		 411 aa  99  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5282  hypothetical protein  33.03 
 
 		 470 aa  96.7  7e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1646  transcriptional regulator, XRE family  27.91 
 
 		 403 aa  91.3  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.24387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30330  predicted transcriptional regulator  25.56 
 
 		 411 aa  89.7  9e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.502087 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4820  hypothetical protein  27.37 
 
 		 399 aa  86.3  9e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.906768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6329  putative transcriptional regulator, XRE family  25.93 
 
 		 407 aa  80.5  0.00000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.523133 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2850  hypothetical protein  27.61 
 
 		 445 aa  79  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.431926  normal  0.395619 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8757  putative transcriptional regulator, XRE family  26.42 
 
 		 414 aa  79.3  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1330  XRE family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 404 aa  76.3  0.0000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0301  XRE family transcriptional regulator  57.38 
 
 		 167 aa  74.3  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1631  transcriptional regulator, XRE family  28.41 
 
 		 401 aa  70.1  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.182309 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0669  transcriptional regulator, XRE family  27.02 
 
 		 383 aa  67.4  0.0000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8589  transcriptional regulator, XRE family  29.04 
 
 		 402 aa  66.2  0.0000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00719609  normal  0.402307 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3690  XRE family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 402 aa  65.5  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.456142 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0194  transcriptional regulator, XRE family  23.46 
 
 		 401 aa  65.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2579  hypothetical protein  25.59 
 
 		 562 aa  62.4  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.113551 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1360  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  24.16 
 
 		 406 aa  60.8  0.00000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0039  transcriptional regulator, XRE family  28.02 
 
 		 377 aa  60.8  0.00000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17420  predicted transcriptional regulator  25.39 
 
 		 414 aa  60.1  0.00000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.697974  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1521  XRE family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 401 aa  58.5  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.965018 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0010  XRE family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 401 aa  57.4  0.0000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.141867  hitchhiker  0.00323142 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4132  XRE family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 416 aa  53.1  0.000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4908  XRE family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 402 aa  51.2  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382252 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1817  hypothetical protein  27.37 
 
 		 527 aa  51.2  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 77 aa  50.8  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 		 217 aa  50.4  0.00005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  52.08 
 
 		 124 aa  50.4  0.00006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  36.11 
 
 		 356 aa  50.4  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  28.46 
 
 		 182 aa  49.3  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4570  transcriptional regulator, XRE family  28.88 
 
 		 414 aa  48.9  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6139  putative transcriptional regulator, XRE family  25.13 
 
 		 428 aa  48.9  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 219 aa  48.9  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 219 aa  48.9  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 219 aa  48.9  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1131  hypothetical protein  30.38 
 
 		 491 aa  48.1  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 201 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  36.11 
 
 		 186 aa  47  0.0006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 186 aa  47  0.0006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 189 aa  47  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  36.11 
 
 		 186 aa  47  0.0006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2513  DNA-binding protein  36.11 
 
 		 152 aa  47  0.0006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00277307  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  36.11 
 
 		 186 aa  47  0.0006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 143 aa  47  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4441  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 123 aa  46.6  0.0008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  34.72 
 
 		 186 aa  46.6  0.0009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 181 aa  45.8  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 181 aa  45.8  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  25.62 
 
 		 175 aa  46.2  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 197 aa  46.2  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 146 aa  45.8  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  27.96 
 
 		 107 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  39.39 
 
 		 370 aa  45.4  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1328  XRE family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 174 aa  45.4  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000725972  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  27.52 
 
 		 188 aa  45.1  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0734  transcriptional regulator, XRE family  31.43 
 
 		 139 aa  45.4  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 176 aa  45.4  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  31.17 
 
 		 192 aa  45.1  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  27.96 
 
 		 107 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  30.43 
 
 		 105 aa  45.4  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  34.43 
 
 		 181 aa  45.4  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  40.91 
 
 		 489 aa  45.4  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  33.73 
 
 		 171 aa  45.1  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  31.17 
 
 		 217 aa  44.7  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  31.17 
 
 		 217 aa  44.7  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  31.17 
 
 		 217 aa  44.7  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0255  transcriptional regulator, putative  34.25 
 
 		 308 aa  44.7  0.003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  34.43 
 
 		 181 aa  44.7  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 181 aa  44.3  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 181 aa  44.3  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 528 aa  44.7  0.003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 162 aa  44.7  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  34.43 
 
 		 181 aa  44.7  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 186 aa  44.3  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 181 aa  44.7  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  34.43 
 
 		 181 aa  44.7  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 181 aa  44.3  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 166 aa  44.3  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 490 aa  44.3  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4554  transcriptional regulator, XRE family  22.73 
 
 		 408 aa  44.3  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551464  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  32.35 
 
 		 232 aa  43.9  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 192 aa  43.9  0.005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0338  helix-turn-helix domain protein  26.56 
 
 		 397 aa  43.9  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  32.26 
 
 		 233 aa  43.9  0.005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 134 aa  43.9  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 134 aa  43.9  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2300  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 135 aa  43.9  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0137231  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1649  transcriptional regulator, XRE family  26.67 
 
 		 108 aa  43.9  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000457933  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>