95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1336 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1661  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 225 aa  455  1e-127  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.333034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1336  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 225 aa  455  1e-127  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8306  transcriptional regulator, XRE family  72.38 
 
 		 107 aa  164  9e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.6083 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0389  hypothetical protein  50.94 
 
 		 130 aa  112  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2881  hypothetical protein  56.25 
 
 		 116 aa  111  7.000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00385493  normal  0.579337 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5819  helix-turn-helix domain-containing protein  53.68 
 
 		 115 aa  105  8e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.608546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7018  hypothetical protein  50.47 
 
 		 128 aa  104  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0995041 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12057  hypothetical protein  55.56 
 
 		 201 aa  102  5e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6665  hypothetical protein  51.46 
 
 		 127 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.341245 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13204  hypothetical protein  50.53 
 
 		 114 aa  97.1  2e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000000225014  normal  0.415725 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4344  Protein of unknown function DUF2137  46.6 
 
 		 122 aa  95.9  5e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0389295  normal  0.855348 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2394  hypothetical protein  49.51 
 
 		 123 aa  91.7  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1923  diaminopimelate decarboxylase  44.76 
 
 		 124 aa  87  2e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.204228  normal  0.010651 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2882  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 109 aa  85.9  4e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00173461  normal  0.866875 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0025  hypothetical protein  41.49 
 
 		 116 aa  80.5  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000365289  hitchhiker  0.00178909 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0664  hypothetical protein  38.3 
 
 		 118 aa  77.8  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0628  hypothetical protein  40.78 
 
 		 127 aa  77.4  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2476  hypothetical protein  36.94 
 
 		 115 aa  77.4  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.330028  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1456  hypothetical protein  38.38 
 
 		 112 aa  73.9  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.125825  n/a   
 
 
-
 
NC_009516  PsycPRwf_2395  hypothetical protein  39.77 
 
 		 115 aa  72.4  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3797  hypothetical protein  41.05 
 
 		 121 aa  72.4  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.000000371687  hitchhiker  0.0000203227 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2395  putative transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 110 aa  72.4  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8556  putative transcriptional regulator, XRE family  42.16 
 
 		 106 aa  71.2  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0390  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 104 aa  68.2  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4644  hypothetical protein  34.71 
 
 		 140 aa  68.2  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.199743  normal  0.0327695 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0987  hypothetical protein  40.21 
 
 		 117 aa  66.6  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.827224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5820  XRE family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 104 aa  66.6  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.790408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5284  hypothetical protein  42.05 
 
 		 123 aa  65.1  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.719748  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0635  hypothetical protein  57.63 
 
 		 129 aa  65.1  0.0000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7015  putative transcriptional regulator, XRE family  43.48 
 
 		 112 aa  62.4  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00989255 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3626  hypothetical protein  36.56 
 
 		 117 aa  61.6  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0011  hypothetical protein  34.09 
 
 		 115 aa  60.5  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.769725 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0025  hypothetical protein  34.09 
 
 		 115 aa  60.5  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0627  transcriptional regulator, XRE family  51.56 
 
 		 101 aa  60.8  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.845219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3674  hypothetical protein  35.23 
 
 		 117 aa  57.8  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4345  transcriptional regulator, XRE family  42.25 
 
 		 135 aa  56.2  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0197394  normal  0.880673 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8075  hypothetical protein  34.78 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.712439  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 123 aa  53.1  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0301  XRE family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 167 aa  52.4  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7019  putative transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 109 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0999583 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3536  hypothetical protein  35.53 
 
 		 93 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13205  transcriptional regulator  31.43 
 
 		 109 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000994764  normal  0.452707 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6666  helix-turn-helix domain protein  35 
 
 		 102 aa  47  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.384306  normal  0.352226 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 175 aa  45.8  0.0005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3011  XRE family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 183 aa  45.4  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2377  XRE family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 183 aa  45.4  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2991  XRE family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 183 aa  45.4  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  38.57 
 
 		 194 aa  45.4  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2901  XRE family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 183 aa  45.4  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6340  XRE family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 183 aa  45.4  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2985  XRE family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 183 aa  45.4  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3038  XRE family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 183 aa  45.4  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  39.66 
 
 		 251 aa  44.3  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7028  hypothetical protein  34.57 
 
 		 121 aa  44.7  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.117515 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3096  transcriptional regulator, XRE family  45.95 
 
 		 192 aa  44.3  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00124629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  56.41 
 
 		 203 aa  43.9  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0569  helix-turn-helix domain-containing protein  35.48 
 
 		 263 aa  43.9  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102394  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  48.65 
 
 		 118 aa  44.3  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  38.98 
 
 		 264 aa  43.5  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  38.98 
 
 		 264 aa  43.5  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 179 aa  43.1  0.003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  40.74 
 
 		 144 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  32.31 
 
 		 180 aa  43.1  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 503 aa  43.1  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  48.72 
 
 		 204 aa  42.7  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 252 aa  42.7  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  44.19 
 
 		 199 aa  42.7  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 528 aa  42.7  0.004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0591  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 68 aa  43.1  0.004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  52.63 
 
 		 255 aa  43.1  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  37.5 
 
 		 94 aa  43.1  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1386  XRE family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 101 aa  42.4  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 199 aa  42.4  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 200 aa  42.7  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  39.62 
 
 		 182 aa  42.7  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 77 aa  42.4  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.19 
 
 		 199 aa  42.7  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  48.98 
 
 		 95 aa  42.7  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 110 aa  42.4  0.006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 103 aa  42.4  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12056  transcriptional regulator  35.8 
 
 		 101 aa  42  0.007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 182 aa  42  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 182 aa  42  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 182 aa  42.4  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  47.5 
 
 		 122 aa  42  0.008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  39.62 
 
 		 182 aa  42  0.008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 176 aa  42  0.008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0277  XRE family transcriptional regulator  51.28 
 
 		 204 aa  42  0.008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.128046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 182 aa  42  0.008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  39.62 
 
 		 182 aa  42  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  35.94 
 
 		 188 aa  42  0.008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  27.47 
 
 		 127 aa  42  0.008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0944  transcriptional regulator  44.19 
 
 		 189 aa  42  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4668  transcriptional regulator, XRE family  44.19 
 
 		 183 aa  41.6  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.443743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0010  DNA-binding protein  43.75 
 
 		 93 aa  41.6  0.01  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.235299  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>