More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8020 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5642  alpha amylase catalytic region  58.56 
 
 		 540 aa  678    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000211534  normal  0.444192 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1908  alpha amylase catalytic region  79.57 
 
 		 553 aa  941    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.834785  normal  0.122197 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2621  alpha amylase catalytic region  70.04 
 
 		 554 aa  827    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0541919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0315  alpha amylase catalytic region  68.48 
 
 		 555 aa  810    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.906298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1968  alpha amylase catalytic region  70.04 
 
 		 554 aa  830    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2115  alpha amylase catalytic region  79.57 
 
 		 553 aa  948    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.232775  normal  0.0296214 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8020  trehalose synthase  100 
 
 		 553 aa  1147    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4604  alpha amylase catalytic region  70.4 
 
 		 554 aa  825    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0894643  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5237  alpha amylase catalytic region  68.41 
 
 		 554 aa  816    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0387802 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2083  alpha amylase catalytic region  57.49 
 
 		 541 aa  684    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.583803 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0624  alpha amylase catalytic region  52.69 
 
 		 570 aa  617  1e-175  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00268544  normal  0.845236 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3114  alpha amylase catalytic region  53.51 
 
 		 579 aa  614  9.999999999999999e-175  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3928  alpha amylase catalytic region  51.2 
 
 		 544 aa  587  1e-166  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1579  alpha amylase catalytic region  49.17 
 
 		 543 aa  556  1e-157  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.125982 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8808  alpha amylase, catalytic region  49 
 
 		 552 aa  547  1e-154  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3708  alpha amylase catalytic region  47.69 
 
 		 521 aa  525  1e-147  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3079  alpha amylase catalytic region  47.89 
 
 		 556 aa  525  1e-147  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.493465  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2596  alpha amylase, catalytic region  47.05 
 
 		 558 aa  513  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0937  alpha amylase domain-containing protein  46.68 
 
 		 548 aa  508  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2978  alpha amylase, catalytic region  46.58 
 
 		 548 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.533119  normal  0.0820165 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3225  alpha amylase catalytic region  46.18 
 
 		 564 aa  508  9.999999999999999e-143  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262228  hitchhiker  0.0000603449 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4088  alpha amylase, catalytic region  47.45 
 
 		 563 aa  504  1e-141  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3723  alpha amylase, catalytic region  47.15 
 
 		 559 aa  495  1e-139  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0922665 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4981  alpha amylase, catalytic region  46.22 
 
 		 559 aa  488  1e-136  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4598  alpha amylase, catalytic region  46.04 
 
 		 559 aa  485  1e-136  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.541891  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4686  alpha amylase, catalytic region  46.04 
 
 		 559 aa  485  1e-136  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3686  alpha amylase, catalytic region  44.1 
 
 		 540 aa  480  1e-134  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.12163  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5383  trehalose synthase  43.52 
 
 		 1093 aa  462  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0116468  normal  0.915163 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5098  trehalose synthase  42.78 
 
 		 1093 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436768  decreased coverage  0.00978496 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2828  trehalose synthase  43.43 
 
 		 548 aa  456  1e-127  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4228  alpha amylase domain-containing protein  42.17 
 
 		 1121 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2446  putative trehalose synthase  42.64 
 
 		 1102 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.500894  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1784  trehalose synthase  42.64 
 
 		 1102 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0541  trehalose synthase  42.3 
 
 		 1061 aa  449  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00661441  normal  0.174056 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1110  trehalose synthase  42.46 
 
 		 1102 aa  451  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.531245 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2310  trehalose synthase  43.18 
 
 		 1098 aa  451  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.178439  normal  0.197937 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6822  trehalose synthase  42.04 
 
 		 1154 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.615207 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4392  trehalose synthase  41.3 
 
 		 1152 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.21351 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2862  putative trehalose synthase  41.85 
 
 		 1154 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6807  trehalose synthase  41.45 
 
 		 1088 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.267695  normal  0.5618 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3014  trehalose synthase  41.17 
 
 		 1094 aa  442  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.602191 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2761  alpha-amylase family protein  41.13 
 
 		 1108 aa  442  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.142181  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03668  alpha-amylase family protein  42.13 
 
 		 1101 aa  443  1e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5490  trehalose synthase  42.04 
 
 		 1136 aa  443  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.984156  hitchhiker  0.000243022 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1172  alpha amylase domain-containing protein  44.69 
 
 		 1095 aa  445  1e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3921  trehalose synthase  41.19 
 
 		 1085 aa  444  1e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05183  hypothetical protein  42.54 
 
 		 1160 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0584538  normal  0.396388 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7033  glycoside hydrolase family protein  41.48 
 
 		 1138 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5564  alpha-glucosidase  40.04 
 
 		 1100 aa  439  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.657284  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1598  trehalose synthase  40.78 
 
 		 1092 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0248685 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1605  Alpha amylase, catalytic region  41.54 
 
 		 1100 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2014  trehalose synthase  43.76 
 
 		 551 aa  441  9.999999999999999e-123  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2940  trehalose synthase  40.6 
 
 		 1088 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00795057 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0315  trehalose synthase-like protein  43.22 
 
 		 1121 aa  442  9.999999999999999e-123  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2713  trehalose synthase  40.6 
 
 		 1088 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.352676 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2835  trehalose synthase  40.97 
 
 		 1088 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0758325  normal  0.0859996 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7546  trehalose synthase  41.45 
 
 		 1088 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455626  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2490  Alpha amylase, catalytic region  40.59 
 
 		 1108 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0830  Alpha amylase, catalytic region  40.63 
 
 		 1104 aa  438  1e-121  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2935  trehalose synthase  41.5 
 
 		 1110 aa  438  1e-121  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.820681  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6087  trehalose synthase  41.11 
 
 		 1137 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0830562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0537  trehalose synthase-like protein  41.35 
 
 		 556 aa  436  1e-121  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1331  trehalose synthase-like  41.11 
 
 		 1137 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5591  trehalose synthase  40.93 
 
 		 1137 aa  437  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00664495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6498  trehalose synthase  41.11 
 
 		 1137 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.388171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0621  trehalose synthase/putative maltokinase  41.3 
 
 		 1131 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3938  trehalose synthase  41.8 
 
 		 1164 aa  435  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.278548 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6322  putative trehalose synthase  40.63 
 
 		 1101 aa  435  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319777  normal  0.483748 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1567  trehalose synthase/putative maltokinase  41.3 
 
 		 1131 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4051  trehalose synthase  41.8 
 
 		 1164 aa  435  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3584  trehalose synthase  44 
 
 		 601 aa  434  1e-120  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0330  trehalose synthase  43.33 
 
 		 551 aa  434  1e-120  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0534  trehalose synthase/putative maltokinase  41.3 
 
 		 1131 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0874  trehalose synthase  43.4 
 
 		 591 aa  432  1e-120  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.847656  normal  0.214789 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6321  trehalose synthase  40.74 
 
 		 1137 aa  434  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0765728  normal  0.0985799 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2678  trehalose synthase  42.17 
 
 		 1115 aa  434  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1544  alpha-glucosidase  41.3 
 
 		 1131 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0678  trehalose synthase  40.93 
 
 		 556 aa  433  1e-120  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.026654  normal  0.804097 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4038  alpha amylase catalytic region  42.94 
 
 		 544 aa  433  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0583407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3658  trehalose synthase  44.94 
 
 		 1106 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100309  hitchhiker  0.000190821 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1340  trehalose synthase/putative maltokinase  41.3 
 
 		 1131 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4059  trehalose synthase  44.3 
 
 		 1106 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0821  alpha amylase family protein  41.11 
 
 		 1131 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.145364  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0584  trehalose synthase  42.6 
 
 		 606 aa  429  1e-119  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2535  Alpha amylase, catalytic region  39.71 
 
 		 1113 aa  430  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.592261 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2294  trehalose synthase  40.77 
 
 		 1100 aa  431  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00139705  decreased coverage  0.000000883241 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4164  trehalose synthase  40.11 
 
 		 1100 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1784  trehalose synthase  44.3 
 
 		 1106 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0687531  normal  0.178352 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1106  trehalose synthase  39.7 
 
 		 1123 aa  429  1e-119  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28000  trehalose synthase, maltokinase fusion protein  40.33 
 
 		 1108 aa  429  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4791  trehalose synthase  40 
 
 		 1114 aa  426  1e-118  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0872883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1404  Alpha amylase, catalytic region  43.4 
 
 		 1100 aa  426  1e-118  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1883  trehalose synthase  39.93 
 
 		 1100 aa  428  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.12501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4101  trehalose synthase  43.26 
 
 		 610 aa  426  1e-118  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3679  trehalose synthase-like  40.48 
 
 		 1099 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2968  trehalose synthase  41.45 
 
 		 553 aa  426  1e-118  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2917  trehalose synthase  40.89 
 
 		 1130 aa  427  1e-118  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0152  trehalose synthase  41.77 
 
 		 1113 aa  426  1e-118  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.38856 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0851  trehalose synthase  43.79 
 
 		 1108 aa  425  1e-117  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3483  trehalose synthase-like  39.56 
 
 		 1100 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>