22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8129 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8129  conjugal transfer protein Dtr system  100 
 
 		 71 aa  137  3.9999999999999997e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.201985  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8048  conjugal transfer protein Dtr system  100 
 
 		 71 aa  137  3.9999999999999997e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.428769  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7062  conjugal transfer protein TraD  78.87 
 
 		 81 aa  114  6e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.604351  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5395  conjugal transfer protein TraD  76.06 
 
 		 71 aa  107  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.488744  normal  0.457429 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5516  Conjugal transfer TraD family protein  76.06 
 
 		 71 aa  105  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.184996  normal  0.022587 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4673  conjugal transfer TraD  75.71 
 
 		 71 aa  102  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.353098  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9187  conjugal transfer protein TraD  84.51 
 
 		 81 aa  97.1  7e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5050  conjugal transfer TraD family protein  76.79 
 
 		 64 aa  85.5  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.609822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9590  conjugal transfer protein Dtr system  54.69 
 
 		 92 aa  67.4  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.285665  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4202  conjugal transfer TraD  82.05 
 
 		 50 aa  62.8  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.30131  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4332  conjugal transfer TraD  55.22 
 
 		 97 aa  59.3  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5001  conjugal transfer TraD family protein  50 
 
 		 80 aa  54.7  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.973418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0147  conjugal transfer TraD  49.23 
 
 		 86 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.777947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3948  conjugal transfer TraD  50.79 
 
 		 89 aa  47.8  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0996  conjugal transfer TraD  47.62 
 
 		 89 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000550634 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0270  conjugal transfer TraD family protein  46.03 
 
 		 88 aa  45.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0619355 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2655  conjugal transfer TraD family protein  46.03 
 
 		 88 aa  45.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0437  conjugal transfer protein traD  43.08 
 
 		 72 aa  43.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0185  hypothetical protein  65.62 
 
 		 89 aa  41.2  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4518  conjugal transfer TraD  44.44 
 
 		 89 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527505 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5573  Conjugal transfer TraD family protein  44 
 
 		 65 aa  40.4  0.009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0258543  normal  0.0242363 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2274  conjugal transfer TraD  47.06 
 
 		 88 aa  40.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.667805  normal  0.112089 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>